Fue fundada por el obispo William Elphinstone bajo la autoridad de una bula obtenida entre 1494 y 1495.
Es la tercera universidad más antigua de Escocia y la quinta del Reino Unido.
La universidad se inició con 36 empleados y estudiantes, y pronto (en 1497) tuvo la primera cátedra de medicina en el mundo de habla inglesa.
Tomando como modelo las grandes universidades europeas de París y Bolonia, la universidad de Elphinstone adoptó la enseñanza de todas las ramas del saber conocido: Artes, Teología, y Derecho Civil y Canónico.
Cuenta con licenciaturas en artes y teología; ciencias naturales; medicina clínica; ciencias sociales; economía; ingeniería, matemáticas y derecho.