La Liga de Campeones de la AFC de 2006 fue la 25.ª edición del máximo torneo de fútbol de clubes asiáticos y la cuarta edición del actual título de la Liga de Campeones de la AFC. Al-Ittihad se clasificó automáticamente para los cuartos de final como campeón.
Jeonbuk Hyundai Motors ganó su primer título de la Liga de Campeones de la AFC después de vencer a Al-Karamah por 3-2 en el global de la final. Jeonbuk también se convirtió en el primer equipo en la historia de Asia en ganar la Liga de Campeones antes del título de la liga nacional (ganó su primer campeonato de la K League tres años después, en 2009 ).
Un total de 28 clubes se dividieron en siete grupos de cuatro, según la región. Cada club jugó todos contra todos (de local y de visitante) contra otros tres miembros del grupo durante un total de seis partidos. Los clubes recibieron tres puntos por victoria, uno por empate y ningún punto por derrota. Los clubes se clasificaron según los puntos. Si dos o más equipos empataban en puntos, se aplicaban los siguientes criterios de desempate:
Los siete ganadores de grupo junto con el campeón defensor avanzaron a los cuartos de final.
Los 8 clubes fueron emparejados aleatoriamente; sin embargo, la única restricción fue que los clubes del mismo país no podían enfrentarse entre sí en los cuartos de final. Los partidos se jugaron en dos partidos, de ida y vuelta, y el marcador global decidió el ganador. Si el marcador global estaba empatado, se utilizó la regla de los goles de visitante . Si seguía habiendo empate, los clubes jugaban tiempo extra , donde seguía aplicándose la regla de los goles de visitante. Si seguía habiendo empate, el partido se iba a los penales .
Jeonbuk Hyundai Motors ganó 4-3 en el global.
Al Qadisiya ganó 5-2 en el global.
Ulsan Hyundai Horang-i ganó 7-0 en el global.
Al-Karamah ganó 4-2 en el global.
Jeonbuk Hyundai Motors ganó 6-4 en el global.
Al-Karamah ganó 1-0 en el global.
Jeonbuk Hyundai Motors ganó 3-2 en el global.