La bahía de Matanzas es una bahía de agua salada en el condado de St. Johns, Florida ; la entrada a la bahía desde el Atlántico Sur se realiza a través de la ensenada de St. Augustine. Técnicamente, este tramo de agua que corre a lo largo de la costa de la ciudad es parte del río Matanzas, aunque se lo suele llamar bahía o puerto. Los cuerpos de agua que se conectan con la bahía, además del Atlántico Sur, están en el sentido de las agujas del reloj desde la ensenada:
Río Matanzas : canal de mareas; parte del Canal Intracostero que fluye en dirección este y luego hacia el sur durante aproximadamente 15 millas, separando la isla Anastasia del continente. Otro canal de mareas, el río San Sebastián, fluye hacia el oeste desde el río Matanzas y crea una península de la sección original de la era española de San Agustín.
Mareas : La caída promedio de las mareas en la Bahía de Matanzas es de 4.5 pies entre la marea alta y la marea baja.
Puentes : La carretera estatal A1A cruza la bahía a través del Puente de los Leones , que conecta la parte continental de San Agustín con la parte de la ciudad ubicada en la isla Anastasia.
Humedales : Una gran parte de los humedales de marea que se encuentran directamente frente a la bahía han sido arrasados debido a la construcción del malecón en el casco antiguo de San Agustín y la construcción de Davis Shores, un desarrollo residencial creado en tierras recuperadas de la isla Anastasia y un malecón posterior. Las partes del Canal Intracostero conectadas a la Bahía de Matanzas tienen humedales de diferentes cantidades y grados de estado natural.