La isobutilcoenzima A es un material de partida para muchos productos naturales derivados de las líneas de ensamblaje de la policétido sintasa (PKS), así como de las líneas de ensamblaje híbridas PKS-NRPS. Estos productos a menudo se pueden utilizar como antibióticos. Cabe destacar que también es un intermediario en el metabolismo del aminoácido valina y estructuralmente similar a los intermediarios en el catabolismo de otros aminoácidos pequeños.