Administrativamente, el archipiélago pertenece a la provincia de Papúa Suroccidental.
No muy lejos, se halla el mayor parque nacional marino de Indonesia, el parque nacional marítimo Golfo de Cenderawasih, cuya superficie total (terrestre y marina) es de aproximadamente 46 000 km².
[1] Raja Ampat se encuentra en el denominado Triángulo del Coral, un centro de biodiversidad marina.
[2] El ictiólogo australiano Gerald R. Allen contó 283 especies de peces en una sola exploración submarina.
Destaca este parque por ser la primera zona protegida en Indonesia y una de las primeras donde se protegen a tiburones y mantas.