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Insertar (biología molecular)

Secuencia insertada

En biología molecular , un inserto es un trozo de ADN que se inserta en un vector de ADN más grande mediante una técnica de ADN recombinante , como ligación o recombinación . Esto permite multiplicarlo, seleccionarlo, manipularlo o expresarlo en un organismo huésped . [1]

Los insertos pueden variar desde adiciones físicas de nucleótidos utilizando un sistema técnico o la adición de estructuras artificiales en una molécula mediante productos químicos mutagénicos , como bromuro de etidio o cristales.

Las inserciones en el genoma de un organismo normalmente se producen por causas naturales. Estas causas incluyen condiciones ambientales y procesos intracelulares. Los insertos ambientales van desde la exposición a radiaciones radiactivas como la ultravioleta , productos químicos mutagénicos o virus de ADN . Las inserciones intracelulares pueden ocurrir a través de cambios hereditarios en las células madre o errores en la replicación o reparación del ADN .

Se pueden utilizar técnicas de inserción de genes para mutaciones características en un organismo para una expresión génica fenotípica deseada . Un cambio de inserto genético se puede expresar en una gran variedad de extremos. Estas variantes pueden variar desde la pérdida o ganancia de la función proteica hasta cambios en la estructura física, es decir, el color del cabello o de los ojos. El objetivo de los cambios en la expresión se centra en una ganancia de función en las proteínas para la regulación [2] o en la terminación de la función celular para la prevención de enfermedades. [3] Los resultados de las variaciones dependen del lugar en el genoma donde se ubica la adición o mutación. El objetivo es aprender, comprender y posiblemente predecir la expresión del material genético en organismos mediante análisis físicos y químicos. Para ver los resultados de mutaciones genéticas, o inserciones, se  pueden observar técnicas como la secuenciación de ADN , la electroforesis en gel , el inmunoensayo o la microscopía .

Historia

El campo se ha expandido significativamente desde la publicación en 1973 con los bioquímicos Stanley N. Cohen y Herbert W. Boyer utilizando la bacteria E. coli para aprender a cortar fragmentos, volver a unir diferentes fragmentos e insertar nuevos genes. [4] El campo se ha expandido enormemente en términos de precisión y exactitud desde entonces. Las computadoras y la tecnología han hecho que sea tecnológicamente más fácil lograr reducir el error y ampliar la comprensión en este campo. Computadoras con una alta capacidad de datos y cálculos que hicieron tangible el procesamiento del gran volumen de información, es decir, el uso de ChIP y secuencia de genes .

Técnicas y protocolos

La reparación dirigida por homología (HDR) es una técnica que repara roturas o lesiones en las moléculas de ADN. La técnica más común para agregar inserciones a secuencias deseadas es el uso de recombinación homóloga. [5] Esta técnica tiene un requisito específico en el que el inserto solo se puede agregar después de que se haya introducido en el núcleo de la célula, que se puede agregar al genoma principalmente durante las fases G2 y S del ciclo celular . [6]

Edición de genes CRISPR

Edición de genes CRISPR basada en repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente interespaciadas (CRISPR): Cas9 es una enzima que utiliza secuencias de genes [7] para ayudar a controlar, escindir y separar secuencias de ADN específicas que son complementarias a una secuencia CRISPR. [8] [9] Estas secuencias y enzimas se derivaron originalmente de bacteriófagos. [10] La importancia de esta técnica en el campo de la ingeniería genética es que brinda la capacidad de realizar una edición genética dirigida de manera altamente precisa y el factor de costo de esta técnica es bajo en comparación con otras herramientas. [11] [12] [13] La capacidad de insertar secuencias de ADN en el organismo es fácil y rápida, aunque puede generar problemas de expresión en organismos de mayor complejidad. [14] [15]

Nucleasa efectora similar a un activador de la transcripción

La nucleasa efectora similar a un activador de la transcripción , TALEN, es un conjunto de enzimas de restricción que se crean para cortar las secuencias de ADN deseadas. [16] Estas enzimas se utilizan principalmente en combinación con CRISPR-CAS9, nucleasa de dedos de zinc o HDR. La razón principal de esto es la capacidad de estas enzimas de tener la precisión para cortar y separar la secuencia deseada dentro de un gen.

Nucleasa de dedos de zinc

Las nucleasas con dedos de zinc son enzimas genéticamente modificadas que combinan la fusión de un dominio de unión al ADN con dedos de zinc en un dominio de escisión del ADN . Estos también se combinan con CRISPR-CAS9 o TALEN para obtener una adición o eliminación de una secuencia específica dentro del genoma de células y organismos más complejos. [17]

pistola genética

La pistola genética , también conocida como sistema de administración de partículas biolísticas, se utiliza para administrar transgenes, proteínas o ARN al interior de la célula. Utiliza un sistema de lanzamiento de microproyectiles que dispara partículas recubiertas de un metal pesado típico que tiene ADN de interés hacia las células a alta velocidad. El material genético penetrará en la célula y entregará el contenido en un área espacial. El uso de sistemas de lanzamiento de microproyectiles es una técnica conocida como biolística. [18]

Referencias

  1. ^ "insertar - Terminología de biología molecular para insertar - GenScript". www.genscript.com . Consultado el 22 de octubre de 2017 .
  2. ^ Hahne JC, Lampis A, Valeri N (febrero de 2021). "Vault RNA: joyas ocultas en la regulación del ARN y las proteínas". Ciencias de la vida celulares y moleculares . 78 (4): 1487-1499. doi :10.1007/s00018-020-03675-9. PMC 7904556 . PMID  33063126. 
  3. ^ Levine B, Kroemer G (enero de 2019). "Funciones biológicas de los genes de la autofagia: una perspectiva de la enfermedad". Celúla . 176 (1–2): 11–42. doi : 10.1016/j.cell.2018.09.048. PMC 6347410 . PMID  30633901. 
  4. ^ "Herbert W. Boyer y Stanley N. Cohen". Instituto de Historia de la Ciencia . 2016-06-01 . Consultado el 19 de abril de 2021 .
  5. ^ Malzahn A, Lowder L, Qi Y (24 de abril de 2017). "Edición del genoma vegetal con TALEN y CRISPR". Célula y biociencia . 7 (1): 21. doi : 10.1186/s13578-017-0148-4 . PMC 5404292 . PMID  28451378. 
  6. ^ Prill K, Dawson JF (2020). "Reparación dirigida por homología en pez cebra: ¿brujería y hechicería?". Fronteras en las biociencias moleculares . 7 : 595474. doi : 10.3389/fmolb.2020.595474 . PMC 7793982 . PMID  33425990. 
  7. ^ Mojica FJ, Rodríguez-Valera F (septiembre de 2016). "El descubrimiento de CRISPR en arqueas y bacterias". El Diario FEBS . 283 (17): 3162–9. doi :10.1111/febs.13766. hdl : 10045/57676 . PMID  27234458. S2CID  42827598.
  8. ^ Barrangou R (febrero de 2015). "Las funciones de los sistemas CRISPR-Cas en la inmunidad adaptativa y más allá". Opinión actual en inmunología . 32 : 36–41. doi :10.1016/j.coi.2014.12.008. PMID  25574773.
  9. ^ Oh JH, van Pijkeren JP (29 de septiembre de 2014). "Recombinación asistida por CRISPR-Cas9 en Lactobacillus reuteri". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (17): e131. doi : 10.1093/nar/gku623. PMC 4176153 . PMID  25074379. 
  10. ^ Ishino Y, Krupovic M, Forterre P (abril de 2018). Margolin W (ed.). "Historia de CRISPR-Cas desde el encuentro con una misteriosa secuencia repetida hasta la tecnología de edición del genoma". Revista de Bacteriología . 200 (7): e00580–17, /jb/200/7/e00580–17.atom. doi :10.1128/JB.00580-17. PMC 5847661 . PMID  29358495. 
  11. ^ Ebrahimi V, Hashemi A (agosto de 2020). "Desafíos de la edición del genoma in vitro con CRISPR/Cas9 y posibles soluciones: una revisión". Gen.753 : 144813. doi : 10.1016/j.gene.2020.144813. PMID  32470504. S2CID  219103770.
  12. ^ Aird EJ, Lovendahl KN, St Martin A, Harris RS, Gordon WR (31 de mayo de 2018). "Aumento de la eficiencia de reparación dirigida por homología mediada por Cas9 mediante la unión covalente de la plantilla de reparación del ADN". Biología de las Comunicaciones . 1 (1): 54. doi :10.1038/s42003-018-0054-2. PMC 6123678 . PMID  30271937. 
  13. ^ Maganti HB, Bailey AJ, Kirkham AM, Shorr R, Pineault N, Allan DS (marzo de 2021). "Persistencia de células madre hematopoyéticas editadas con el gen CRISPR / Cas9 después del trasplante: una revisión sistemática y metanálisis de estudios preclínicos". Medicina traslacional de células madre . 10 (7): 996–1007. doi : 10.1002/sctm.20-0520 . PMC 8235122 . PMID  33666363. 
  14. ^ Bi H, Fei Q, Li R, Liu B, Xia R, Char SN y otros. (julio de 2020). "La interrupción de secuencias de miARN por TALEN y CRISPR/Cas9 induce longitudes variables de producción de miARN". Revista de Biotecnología Vegetal . 18 (7): 1526-1536. doi :10.1111/pbi.13315. PMC 7292542 . PMID  31821678. 
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  16. ^ Boch J (febrero de 2011). "Cuentos de la focalización del genoma". Biotecnología de la Naturaleza . 29 (2): 135–6. doi :10.1038/nbt.1767. PMID  21301438. S2CID  304571.
  17. ^ Maeder ML, Thibodeau-Beganny S, Osiak A, Wright DA, Anthony RM, Eichtinger M, et al. (Julio de 2008). "Ingeniería rápida de" código abierto "de nucleasas con dedos de zinc personalizadas para una modificación genética altamente eficiente". Célula molecular . 31 (2): 294–301. doi :10.1016/j.molcel.2008.06.016. PMC 2535758 . PMID  18657511. 
  18. ^ O'Brien JA, Lummis SC (junio de 2011). "Nanobiolística: un método de transfección biolística de células y tejidos utilizando una pistola genética con nuevos proyectiles de tamaño nanométrico". BMC Biotecnología . 11 (1): 66. doi : 10.1186/1472-6750-11-66 . PMC 3144454 . PMID  21663596.