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Iniciativa de estándares de proteómica

La Proteomics Standards Initiative ( PSI ) es un grupo de trabajo de la Human Proteome Organization . Su objetivo es definir estándares de datos para la proteómica a fin de facilitar la comparación , el intercambio y la verificación de datos . [1] [2]

La Iniciativa de Estándares de Proteómica se centra en los siguientes temas: información mínima sobre un experimento de proteómica define los metadatos que se deben proporcionar junto con un experimento de proteómica. [3] un lenguaje de marcado de datos para codificar los datos y ontologías de metadatos para una anotación y representación consistentes.

Información mínima sobre un experimento de proteómica

Información mínima sobre un experimento de proteómica ( MIAPE ) es un estándar de información mínima , creado por la Iniciativa de Estándares de Proteómica de la Organización del Proteoma Humano , para informar sobre experimentos de proteómica. [4] No se pueden simplemente introducir los resultados de un análisis, se pretende especificar toda la información necesaria para interpretar los resultados del experimento de forma inequívoca y potencialmente reproducir el experimento. [ cita requerida ] Si bien las pautas MIAPE definen el contenido requerido para los informes compatibles, no especifican el formato en el que se deben presentar estos datos (que se deja al formato *ML correspondiente, también definido por PSI [5] ), ni definen cómo realizar experimentos. [6]

Grupos de trabajo

Varios grupos de trabajo trabajan en varios documentos que cubren las diferentes áreas de la proteómica : [7]

El grupo de trabajo sobre electroforesis en gel definió los requisitos de presentación de informes para los experimentos de electroforesis en gel. El documento se encuentra en la etapa de recomendación y ya se publicó. [8] El formato de intercambio de datos correspondiente se denomina GelML y a finales de 2007 se publicó una versión estable. [9]

El grupo de trabajo sobre electroforesis en gel también se centra en el análisis de imágenes, con la recomendación de informática de imágenes en gel que actualmente se encuentra en la fase de revisión pública, mientras que el formato de intercambio correspondiente es sólo un borrador (a abril de 2009). [9]

El grupo de trabajo de procesamiento de muestras define los requisitos relativos a todos los pasos de preprocesamiento de muestras que se llevan a cabo antes de aplicar la electroforesis en gel o la espectrometría de masas . Dos documentos relativos a la cromatografía en columna y la electroforesis capilar se encuentran en las primeras etapas de redacción y la preparación y manipulación de muestras sigue siendo un proyecto (a fecha de abril de 2009). El formato de intercambio de datos (spML) también está en desarrollo. [10]

El grupo de trabajo sobre espectrometría de masas ha publicado documentos sobre espectrometría de masas [11] e informática de espectrometría de masas [12] como recomendaciones.

El grupo de trabajo ha publicado varios formatos de intercambio de datos: el mzML, para la captura de datos generados por un espectrómetro de masas, que es una fusión de los anteriores mzData (desarrollado por PSI) y mzXML (desarrollado en el Seattle Proteome Center en el Institute for Systems Biology); mzIdentML, para el análisis informático de espectros de masas que captura los resultados de la identificación de proteínas y péptidos a partir de datos de espectrometría de masas; y TraML, para el archivo de entrada de monitorización de reacciones seleccionadas . Finalmente, desarrollaron MS CV , un vocabulario controlado para usar con los formatos de archivo anteriores. [13]

El grupo de trabajo de interacciones moleculares del PSI trabaja únicamente en PSI MI XML , un formato de intercambio de datos, y en sus ontologías correspondientes. Han publicado las directrices MIMIx (información mínima sobre un experimento de interacción molecular)

También se están planificando o redactando el diseño del estudio, la generación de muestras y el análisis estadístico de los datos. [7]

Repositorios de proteómica que cumplen con los estándares

Existen varios repositorios de proteómica que cumplen con los estándares y permiten a los investigadores publicar sus datos al tiempo que cumplen con las pautas de MIAPE. Por ejemplo: MIAPEGelDB [14] (para datos de electroforesis en gel), PRIDE [15] (para datos de espectrometría de masas) y la herramienta ProteoRed MIAPE Generator [16] (para datos de electroforesis en gel y espectrometría de masas).

Se espera que los editores de revistas eventualmente soliciten a los autores que publiquen todos sus datos en dichos repositorios antes de su publicación [ cita requerida ] .

Iniciativas similares

Existen iniciativas similares que intentan definir requisitos mínimos. Para los microarrays, la Sociedad MGED definió la información mínima sobre un experimento de microarrays (MIAME). [17] Los estándares para informar sobre la precisión diagnóstica (STARD) están disponibles para estudios que informan sobre la precisión de los diagnósticos médicos . [18]

Referencias

  1. ^ Taylor, CF; Hermjakob, H.; Julian, RK; Garavelli, JS; Aebersold, R. ; Apweiler, R. (2006). "El trabajo de la Iniciativa de estándares de proteómica de la Organización del Proteoma Humano (HUPO PSI)". OMICS: una revista de biología integrativa . 10 (2): 145–151. doi :10.1089/omi.2006.10.145. PMID  16901219.
  2. ^ "Página de inicio de la Iniciativa de estándares de proteómica de la HUPO". Iniciativa de estándares de proteómica de la HUPO . Consultado el 6 de diciembre de 2008 .
  3. ^ Taylor, CF; Paton, noroeste ; Lilley, KS; Binz, Pensilvania; Julián Jr, RK; Jones, AR; Zhu, W.; Apweiler, R .; Aebersold, R.; Deutsch, EW; Dunn, MJ; Diablos, AJR; Leitner, A.; Macht, M.; Mann, M.; Martens, L.; Neubert, TA; Patterson, SD; Ping, P.; Seymour, SL; Souda, P.; Tsugita, A.; Vandekerckhove, J.; Vondriska, TM; Whitelegge, JP; Wilkins, señor; Xenarios, I.; Yates Jr, JR; Hermjakob, H. (2007). "La información mínima sobre un experimento de proteómica (MIAPE)". Biotecnología de la Naturaleza . 25 (8): 887–893. doi : 10.1038/nbt1329 . PMID:  17687369.
  4. ^ "Página de inicio de MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 13 de mayo de 2013 .
  5. ^ Hermjakob, H (2006). "La iniciativa de estándares proteómicos de HUPO: cómo superar la fragmentación de los datos proteómicos". Practical Proteomics . 6 (S2): 34–38. doi :10.1002/pmic.200600537. PMID  17031794. S2CID  20005411.
  6. ^ Taylor, Chris (2006). "Requisitos mínimos de presentación de informes para proteómica: una introducción a MIAPE". Practical Proteomics . 6 (S2): 39–44. doi :10.1002/pmic.200600549. PMID  17031795. S2CID  8175511.
  7. ^ ab "Página de inicio de HUPO PSI". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 13 de mayo de 2013 .
  8. ^ Gibson, Frank; Leigh Anderson; Gyorgy Babnigg; Mark Baker; Matthias Berth; Pierre-Alain Binz; Andy Borthwick; Phil Cash; Billy W Day; David B Friedman; Donita Garland; Howard B Gutstein; Christine Hoogland; Neil A Jones; Alamgir Khan; Joachim Klose; Angus I Lamond; Peter F Lemkin; Kathryn S Lilley ; Jonathan Minden; Nicholas J Morris; Norman W Paton; Michael R Pisano; John E Prime; Thierry Rabilloud; David A Stead; Chris F Taylor; Hans Voshol; Anil Wipat; Andrew R Jones (2008). "Directrices para informar sobre el uso de la electroforesis en gel en proteómica". Nat. Biotechnol . 26 (8): 863–864. arXiv : 0904.0694 . : Doi :10.1038/nbt0808-863. ISSN  1087-0156. PMID  18688234. S2CID  1231720.
  9. ^ ab "Página del grupo de trabajo sobre electroforesis en gel de MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 23 de abril de 2009 .
  10. ^ "Página del grupo de trabajo sobre procesamiento de muestras de MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 23 de abril de 2009 .
  11. ^ Taylor, Chris F; Pierre-Alain Binz; Ruedi Aebersold; Michel Affolter; Robert Barkovich; Eric W Deutsch; David M Horn; Andreas Huhmer; Martin Kussmann; Kathryn Lilley; Marcus Macht; Matthias Mann; Dieter Muller; Thomas A Neubert; Janice Nickson; Scott D Patterson; Roberto Raso; Kathryn Resing; Sean L Seymour; Akira Tsugita; Ioannis Xenarios; Rong Zeng; Randall K Julian (2008). "Directrices para informar sobre el uso de la espectrometría de masas en proteómica". Nat. Biotechnol . 26 (8): 860–861. doi :10.1038/nbt0808-860. ISSN  1087-0156. Número de modelo: PMID  18688232. Número de modelo: S2CID  205270031.
  12. ^ Binz, Pierre-Alain; Robert Barkovich; Ronald C Beavis; David Creasy; David M Horn; Randall K Julian; Sean L Seymour; Chris F Taylor; Yves Vandenbrouck (2008). "Directrices para informar sobre el uso de la informática de espectrometría de masas en proteómica". Nat. Biotechnol . 26 (8): 862. doi : 10.1038/nbt0808-862 . ISSN:  1087-0156. PMID:  18688233. S2CID  : 205270035.
  13. ^ "Página del grupo de trabajo sobre espectrometría de masas de MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 23 de abril de 2009 .
  14. ^ "Página de inicio de MIAPEGelDB". ExPASy . Consultado el 7 de diciembre de 2008 .
  15. ^ "Página de inicio de la base de datos de identificación de PRIDE PRoteomics". Instituto Europeo de Bioinformática . Consultado el 7 de diciembre de 2008 .
  16. ^ "Herramienta generadora de MIAPE". ProteoRed . Archivado desde el original el 15 de abril de 2013. Consultado el 6 de marzo de 2009 .
  17. ^ Brazma, Alvis; Pascal Hingamp; John Quackenbush; Gavin Sherlock; Paul Spellman; Chris Stoeckert; John Aach; Wilhelm Ansorge; Catherine A. Ball; Helen C. Causton; Terry Gaasterland; Patrick Glenisson; Frank CP Holstege; Irene F. Kim; Victor Markowitz; John C. Matese; Helen Parkinson; Alan Robinson; Ugis Sarkans; Steffen Schulze-Kremer; Jason Stewart; Ronald Taylor; Jaak Vilo; Martin Vingron (diciembre de 2001). "Información mínima sobre un experimento de microarrays (MIAME) - hacia estándares para datos de microarrays". Nat Genet . 29 (4): 365–371. doi : 10.1038/ng1201-365 . ISSN  1061-4036. PMID  11726920.
  18. ^ Bossuyt, Patrick M.; Johannes B. Reitsma; David E. Bruns; Constantino A. Gatsonis; Paul P. Glasziou; Les M. Irwig; David Moher; Drummond Rennie; Henrica CW de Vet; Jeroen G. Lijmer (1 de enero de 2003). "La Declaración STARD para informes de estudios de precisión diagnóstica: explicación y elaboración". Clínica Química . 49 (1): 7–18. doi : 10.1373/49.1.7 . PMID  12507954.

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