Las últimas cuatro etapas de la Copa Santander Libertadores 2008 son las fases eliminatorias : octavos de final, cuartos de final, semifinales y final.
Las etapas restantes del torneo constituyen un torneo de eliminación simple . En cada etapa, los equipos jugarán contra un oponente en una eliminatoria de ida y vuelta en modalidad de ida y vuelta. Cada equipo ganará tres puntos por victoria, un punto por empate y cero puntos por derrota. El equipo con más puntos al final de cada eliminatoria avanzará.
Para desempatar en los puntos [1] se utilizarán los siguientes criterios :
Los 16 equipos clasificados en la ronda eliminatoria serán clasificados de acuerdo con sus resultados en la fase de grupos . Los mejores equipos de cada grupo serán clasificados del 1 al 8, siendo el equipo con más puntos el favorito 1 y el equipo con menos el favorito 8. Los segundos mejores equipos de cada grupo serán clasificados del 9 al 16, siendo el equipo con más puntos el favorito 9 y el equipo con menos el favorito 16. Los equipos con un mejor clasificado jugarán el partido de vuelta de cada eliminatoria en casa.
Los octavos de final se jugaron entre el 29 y 30 de abril y el 1, 6 y 8 de mayo. [1] El equipo #1 jugó el partido de vuelta en casa.
Fluminense avanzó 6-0 en puntos.
LDU Quito 3–3 Estudiantes por puntos. LDU Quito avanzó por mejor diferencia de goles (+1).
Atlas avanzó 4-1 en puntos.
Boca Juniors avanzó 6-0 en puntos.
América 3-3 Flamengo por puntos. América avanzó por mejor diferencia de goles (+1).
São Paulo avanzó 4-1 por puntos.
San Lorenzo avanzó 4-1 en puntos.
Santos avanzó 6-0 en puntos.
Los cuartos de final se jugaron el 14, 15, 21 y 22 de mayo. [1] El equipo n.° 1 jugó el partido de vuelta en casa.
Boca Juniors avanzó 4-1 en puntos.
Fluminense y São Paulo empataron 3-3 a puntos. Fluminense avanzó por diferencia de goles (+1).
LDU Quito y San Lorenzo empataron 2-2 en puntos y 0-0 en diferencia de goles. LDU Quito avanzó 5-3 en penales.
América y Santos empataron 3-3 a puntos. América avanzó por diferencia de goles (+1).
Las Semifinales se jugaron entre el 27 y 28 de mayo y el 3 y 4 de junio. [1] El equipo #1 jugó el partido de vuelta en casa.
LDU Quito 2–2 América por puntos. LDU Quito avanzó gracias a los goles fuera de casa.
Fluminense avanzó 4-1 en puntos.