El ferrocarril Waigolshausen–Gemünden (también conocido en alemán como Werntalbahn , «ferrocarril del valle de Wern») es una línea ferroviaria principal electrificada de vía única en la Baja Franconia, en el estado alemán de Baviera . Recorre el valle de Wern desde Waigolshausen pasando por Arnstein hasta Gemünden am Main y actualmente se utiliza principalmente para el transporte de mercancías.
El 1 de julio de 1854 se inauguró la línea Schweinfurt-Würzburg como parte del Ferrocarril Ludwig-Ost y se prolongó hasta Aschaffenburg ese mismo año. A pesar de las tortuosas rutas que implicaba pasar por Würzburg, la ruta directa por el valle de Wern no se inauguró hasta el 15 de mayo de 1879. La línea tenía su importancia, sobre todo para el tráfico regional de mercancías y pasajeros. Sin embargo, el tráfico de pasajeros disminuyó cada vez más en la segunda mitad del siglo XX hasta que los servicios de pasajeros cesaron por completo el 30 de mayo de 1976. El tráfico de mercancías nunca perdió su importancia en el Ferrocarril del Valle de Wern, que todavía se utiliza como circunvalación del nudo de Würzburg. Por este motivo, en 1971 se electrificó junto con la línea Bamberg -Waigolshausen (la línea Waigolshausen- Rottendorf pasó a funcionar con electricidad en el horario de verano de 1972) y, a partir de 2002, se renovó y modernizó en gran medida. Al mismo tiempo, también se están realizando esfuerzos para restablecer el servicio de pasajeros, por ejemplo, en verano circula un tren para ciclistas de Aschaffenburg a Bamberg los fines de semana en el Werntalbahn, pero sin realizar paradas. Además, Erfurter Bahn utiliza la línea para el transporte de material rodante vacío.
A partir de 2016, los servicios de Regional-Express entre Frankfurt y Bamberg funcionan los fines de semana, cuatro veces al día por el ferrocarril del valle de Wern, con una duración total de aproximadamente 2,5 horas. Los trenes se utilizan con trenes TWINDEXX de Bombardier, una nueva clase de trenes que no paran en esta línea.
Al sur de la estación de Waigolshausen, el ferrocarril del valle de Wern se separa de la línea principal de Schweinfurt a Würzburg y discurre por el valle de Wern. Primero discurre por la orilla izquierda (sur) y luego por la orilla derecha (norte) del Wern hasta Arnstein , donde gira hacia el suroeste. La línea continúa hasta Stetten en la orilla sur, donde describe un arco hacia el noroeste. Hasta poco después de Stetten discurre en su mayor parte paralela a la carretera federal B 26 , que luego discurre hacia Karlstadt , mientras que el ferrocarril del valle de Wern continúa por el valle de Wern. Desde Eußenheim, la línea debe cruzar el Wern varias veces antes de encontrarse con el ferrocarril Main-Spessart desde Würzburg en Wernfeld, con el que no se fusiona, sino que discurre paralela a él hasta Gemünden.