Complejo multiproteico que funciona durante la fase de iniciación de la traducción eucariota.
El factor de iniciación eucariota 3 ( eIF3 ) es un complejo multiproteico que funciona durante la fase de iniciación de la traducción eucariota . [2] Es esencial para la mayoría de las formas de iniciación de la traducción dependiente e independiente de la capuchón . En los seres humanos, eIF3 consta de 13 subunidades no idénticas (eIF3a-m) con un peso molecular combinado de ~800 kDa, lo que lo convierte en el mayor factor de iniciación de la traducción . [3] El complejo eIF3 está ampliamente conservado en eucariotas, pero la conservación de subunidades individuales varía entre organismos. Por ejemplo, mientras que la mayoría de los complejos eIF3 de mamíferos están compuestos por 13 subunidades, el eIF3 de la levadura en ciernes tiene solo seis subunidades (eIF3a, b, c, g, i, j). [4]
Función
El eIF3 estimula casi todos los pasos de la iniciación de la traducción. [4] El eIF3 también parece participar en otras fases de la traducción, como el reciclaje, donde promueve la división de los ribosomas posteriores a la terminación. [5] En casos especializados de reiniciación después de uORFs , el eIF3 puede permanecer unido al ribosoma a través de la elongación y la terminación para promover eventos de iniciación posteriores. [6] La investigación también ha indicado que el eIF3 desempeña un papel en la lectura programada del codón de terminación en la levadura, al interactuar con complejos de pre-terminación e interferir con la decodificación. [7]
Interacciones
El eIF3 se une a la subunidad ribosomal pequeña (40S) en y cerca de su lado solvente y sirve como andamiaje para varios otros factores de iniciación, el factor auxiliar DHX29 y el ARNm . El eIF3 es un componente del complejo multifactorial (MFC) y de los complejos de preiniciación (PIC) 43S y 48S. [4] Las interacciones del eIF3 con otros factores de iniciación pueden variar entre especies; por ejemplo, el eIF3 de los mamíferos interactúa directamente con el complejo eIF4F (a través de eIF4G ), mientras que la levadura en ciernes carece de esta conexión. [4] Sin embargo, tanto el eIF3 de los mamíferos como de la levadura se unen independientemente a eIF1 , eIF4B y eIF5 . [2] [8]
Varias subunidades de eIF3 contienen motivos de reconocimiento de ARN (RRM) y otros dominios de unión de ARN para formar una interfaz de unión de ARN de múltiples subunidades a través de la cual eIF3 interactúa con el ARNm IRES celular y viral , incluido el IRES del VHC . [4] También se ha demostrado que eIF3 se une específicamente al ARN modificado m 6 A dentro de los 5'UTR para promover la traducción independiente de la tapa. [9]
Las cinco subunidades centrales del eIF3 de la levadura en ciernes están presentes en los gránulos de estrés inducido por calor , junto con varios otros factores de traducción. [10]
Estructura
Un complejo eIF3 funcional puede purificarse a partir de fuentes nativas o reconstituirse a partir de subunidades expresadas de forma recombinante. [11] [12] Las subunidades individuales se han caracterizado estructuralmente mediante cristalografía de rayos X y RMN , mientras que los complejos se han caracterizado mediante crio-EM . [13] [14] [15] No se dispone de ninguna estructura del eIF3 humano completo, pero se ha determinado el complejo casi completo a resolución media en el contexto del PIC 43S. [1] El núcleo estructural del eIF3 mamífero se describe a menudo como una partícula de cinco lóbulos con características antropomórficas, compuesta en gran parte por el octámero PCI/MPN. [12] Los dominios PCI se denominan así por las similitudes estructurales entre la tapa del proteasoma (P), el señalosoma COP9 (C) y eIF3 (I), mientras que los dominios MPN se denominan así por la similitud estructural con los dominios N-terminales Mpr1-PadI. [12]
Señalización
eIF3 actúa como un centro para la señalización celular a través de S6K1 y mTOR / Raptor . [16] En particular, eIF3 está unido a S6K1 en su estado inactivo, y mTOR/Raptor activado se une a eIF3 y fosforila S6K1 para promover su liberación de eIF3. El S6K1 fosforilado queda entonces libre para fosforilar varios de sus propios objetivos, incluido eIF4B , actuando así como un mecanismo de control de la traducción.
Enfermedad
Las subunidades individuales de eIF3 se sobreexpresan (a, b, c, h, i y m) y se subexpresan (e, f) en múltiples cánceres humanos. [3] En el cáncer de mama y el cáncer de próstata maligno, eIF3h se sobreexpresa. [17] También se ha demostrado que eIF3 se une a un conjunto específico de ARNm de proliferación celular y regula su traducción. [18] eIF3 también funciona en los ciclos de vida de varios patógenos humanos importantes, incluidos el VIH y el VHC . En particular, la subunidad d de eIF3 es un sustrato de la proteasa del VIH , y la eliminación genética de las subunidades d, e o f de eIF3 da como resultado una mayor infectividad viral por razones desconocidas. [19]
Subunidades
Las subunidades eIF3 existen en igual estequiometría dentro del complejo, con la excepción de eIF3J , que está débilmente unida y no es esencial para la viabilidad en varias especies. [11] [20] [21] Las subunidades se organizaron originalmente alfabéticamente por peso molecular en mamíferos (A como el más alto), pero la disposición del peso molecular puede variar entre especies. [22]
^ ab des Georges, Amedee; Dhote, Vidya; Kuhn, Lauriane; Hellen, Christopher UT; Pestova, Tatyana V.; Frank, Joachim; Hashem, Yaser (2015). "Estructura de eIF3 de mamíferos en el contexto del complejo de preiniciación 43S". Nature . 525 (1770): 491–5. Bibcode :2015Natur.525..491D. doi :10.1038/nature14891. ISSN 0028-0836. PMC 4719162 . PMID 26344199.
^ ab Aitken, Colin E.; Lorsch, Jon R. (2012). "Una visión general mecanicista de la iniciación de la traducción en eucariotas". Nat. Struct. Mol. Biol . 19 (6): 568–576. doi :10.1038/nsmb.2303. PMID 22664984. S2CID 9201095.
^ abcdefghij Hershey, John WB (2015). "El papel de eIF3 y sus subunidades individuales en el cáncer". Biochim. Biophys. Acta . 1849 (7): 792–800. doi :10.1016/j.bbagrm.2014.10.005. ISSN 1874-9399. PMID 25450521.
^ abcdefgh Hinnebusch, Alan G. (2006). "eIF3: un andamiaje versátil para complejos de iniciación de la traducción". Trends Biochem. Sci . 31 (10): 553–562. doi :10.1016/j.tibs.2006.08.005. ISSN 0968-0004. PMID 16920360.
^ Pisarev, Andrey V.; Hellen, Christopher UT; Pestova, Tatyana V. (2007). "Reciclaje de complejos ribosómicos post-terminación eucariotas". Celúla . 131 (2): 286–99. doi :10.1016/j.cell.2007.08.041. PMC 2651563 . PMID 17956730.
^ Sonenberg, Nahum; Hinnebusch, Alan G. (2009). "Regulación de la iniciación de la traducción en eucariotas: mecanismos y objetivos biológicos". Cell . 136 (4): 731–745. doi :10.1016/j.cell.2009.01.042. PMC 3610329 . PMID 19239892.
^ Beznoskova, Petra; Wagner, Susan; Jansen, Myrte Esmeralda; von der Haar, Tobias; Valasek, Leos Shivaya (2015). "El factor de iniciación de la traducción eIF3 promueve la lectura programada del codón de terminación". Nucleic Acids Res . 43 (10): 5099–5111. doi :10.1093/nar/gkv421. PMC 4446449 . PMID 25925566.
^ Jackson, Richard J.; Hellen, Christopher UT; Pestova, Tatyana V. (2010). "El mecanismo de iniciación de la traducción eucariota y principios de su regulación". Nat. Rev. Mol. Cell Biol . 11 (2): 113–127. doi :10.1038/nrm2838. PMC 4461372. PMID 20094052 .
^ Meyer, Kate D.; Patil, Deepak P.; Zhou, junio; Zinoviev, Alexandra; Skabkin, Maxim A.; Elemento, Olivier; Pestova, Tatiana V.; Qiang, Shu-Bing; Jaffrey, Samie R. (noviembre de 2015). "5 'UTR m6A promueve la traducción independiente del límite". Celúla . 163 (4): 999–1010. doi :10.1016/j.cell.2015.10.012. PMC 4695625 . PMID 26593424.
^ Wallace, Edward WJ; Kear-Scott, Jamie L.; Pilipenko, Evgeny V.; Schwartz, Michael H.; Laskowsk, Pawel R.; Rojek, Alexander E.; Katansk, Christopher D.; Riback, Joshua A.; Dion, Michael F.; Franks, Alexander M.; Airoldi, Edoardo M .; Pan, Tao; Budnik, Bogdan A.; Drummond, D. Allan (2015). "Agregados reversibles, específicos y activos de proteínas endógenas se ensamblan tras estrés térmico". Cell . 162 (6): 1286–1298. doi :10.1016/j.cell.2015.08.041. PMC 4567705 . PMID 26359986.
^ abcd Zhou, Min; Sandercock, Alan M.; Fraser, Christopher S.; Ridlova, Gabriela; Stephens, Elaine; Schenauer, Matthew R.; Yokoi-Fong, Theresa; Barsky, Daniel; Leary, Julie A.; Hershey, John W.; Doudna, Jennifer A.; Robinson, Carol V. (noviembre de 2008). "La espectrometría de masas revela modularidad y un mapa completo de interacción de subunidades del factor de traducción eucariota eIF3". Proc. Natl. Sci . 105 (47): 18139–44. doi : 10.1073/pnas.0801313105 . PMC 2587604. PMID 18599441 .
^ abcdefghij Sol, Chaomin; Todorovic, Aleksandar; Querol-Audi, Jordi; Bai, Yun; Villa, Nancy; Snyder, Mónica; Ashchyan, John; Lewis, Christopher S.; Hartland, Abadía; Gradia, Scott; Fraser, Christopher S.; Doudna, Jennifer A.; Nogales, Eva; Cate, Jamie HD (2011). "Reconstitución funcional del factor 3 de iniciación de la traducción eucariótica humana (eIF3)". Proc. Nacional. Acad. Ciencia . 108 (51): 20473–20478. Código bibliográfico : 2011PNAS..10820473S. doi : 10.1073/pnas.1116821108 . PMC 3251073 . PMID 22135459.
^ Liu, Yi; Neumann, Piotr; Kuhle, Berhard; Monecke, Thomas; Schell, Stephanie; Chari, Ashwin; Ficner, Ralph (2014). "El factor de iniciación de la traducción eIF3b contiene una hélice b de nueve palas e interactúa con la subunidad ribosómica 40S". Estructura . 22 (6): 923–930. doi : 10.1016/j.str.2014.03.010 . PMID 24768115.
^ ElAntak, Latifa; Wagner, Susan; Herrmannova, Anna; Karaskova, Martina; Rutkai, Edit; Lukavsky, Peter J.; Valasek, Leos (2010). "La mitad N-terminal indispensable de eIF3j/HCR1 coopera con su socio de unión estructuralmente conservado eIF3b/PRT1-RRM y con eIF1A en la selección estricta de AUG". J. Mol. Biol . 396 (4): 1097–1116. doi :10.1016/j.jmb.2009.12.047. PMC 2824034. PMID 20060839 .
^ Siridechadilok, Bunpote; Fraser, Christopher S.; Hall, Richard J.; Doudna, Jennifer A.; Nogales, Eva (2005). "Funciones estructurales del factor de traducción humano eIF3 en la iniciación de la síntesis de proteínas". Science . 310 (5753): 1513–1515. Bibcode :2005Sci...310.1513S. doi :10.1126/science.1118977. PMID 16322461. S2CID 6341705.
^ Holz, Marina K.; Ballif, Bryan A.; Gygi, Steven P.; Blenis, John (2005). "mTOR y S6K1 median el ensamblaje del complejo de preiniciación de la traducción a través del intercambio dinámico de proteínas y eventos de fosforilación ordenados". Cell . 123 (4): 569–580. doi : 10.1016/j.cell.2005.10.024 . PMID 16286006.
^ Xu, Yichen; Ruggero, Davide (2020). "El papel del control de la traducción en la tumorigénesis y sus implicaciones terapéuticas". Revisión anual de biología del cáncer . 4 : 437–457. doi : 10.1146/annurev-cancerbio-030419-033420 .
^ abcde Lee, Amy SY; Kranusch, Philip J.; Cate, Jamie HD (2015). "eIF3 se dirige a los ARN mensajeros de proliferación celular para la activación o represión de la traducción". Nature . 522 (7554): 111–114. Bibcode :2015Natur.522..111L. doi :10.1038/nature14267. ISSN 0028-0836. PMC 4603833 . PMID 25849773.
^ de Jäger, Stefanie; Cimermancic, Peter; Gulbahce, Natali; Johnson, Jeffrey R.; McGovern, Kathryn E.; Clarke, Starlynn C.; Shales, Michael; Mercenne, Gaelle; Pache, Lars; Li, Kathy; Hernández, Hilda; Jang, Gwendolyn M.; Roth, Shoshannah L.; Akiva, Eyal; Marlett, John; Stephens, Melanie; D'Orso, Ivan; Fernandes, Jason; Fahey, Marie; Mahon, Cathal; O'Donoghue, Anthony J.; Todorovic, Aleksandar; Morris, John H.; Maltby, David A.; Alber, Tom; Cagney, Gerard; Bushman, Frederic D.; Young, John A.; Chanda, Sumit K.; Sundquist, Wesley I.; Kortemme, Tanja ; Hernández, Ryan D.; Craik, Charles S.; Burlingame, Alma; Sali, Andrej; Frankel, Alan D.; Krogan, Nevan J. (2011). "Paisaje global de los complejos proteínicos humanos-VIH". Nature . 481 (7381): 365–70. doi :10.1038/nature10719. ISSN 0028-0836. PMC 3310911 . PMID 22190034.
^ Valasek, Leos; Hasek, Jiri; Trachsel, Hans; Imre, Esther Maria; Ruis, Helmut (1999). "El gen HCR1 de Saccharomyces cerevisiae que codifica un homólogo de la subunidad p35 del factor de iniciación de la traducción humana 3 (eIF3) es un supresor de alto número de copias de una mutación sensible a la temperatura en la subunidad Rpg1p del eIF3 de levadura". J. Biol. Chem . 274 (39): 27567–72. doi : 10.1074/jbc.274.39.27567 . PMID 10488093.
^ abcde Smith, M. Duane; Yu, Gu; Querol-Audí, Jordi; Vogan, Jacob M.; Nitido, Adam; Cate, Jamie HD (noviembre de 2013). "Factor 3 de iniciación de la traducción eucariota similar al humano de Neurospora crassa". PLOS ONE . 8 (11): e78715. Bibcode :2013PLoSO...878715S. doi : 10.1371/journal.pone.0078715 . PMC 3826745 . PMID 24250809.
^ Browning, Karen S.; Gallie, Daniel R.; Hershey, John WB; Maitra, Umadas; Merrick, William C.; Norbury, Chris (mayo de 2001). "Nomenclatura unificada para las subunidades del factor de iniciación eucariota 3". Trends Biochem. Sci . 26 (5): 284. doi :10.1016/S0968-0004(01)01825-4. PMID 11426420.
^ Lee, Amy SY; Kranzusch, Philip J.; Doudna, Jennifer A.; Cate, Jamie HD (27 de julio de 2016). "eIF3d es una proteína de unión a la tapa del ARNm que se requiere para la iniciación de la traducción especializada". Nature . 536 (7614). Springer Nature: 96–99. Bibcode :2016Natur.536...96L. doi :10.1038/nature18954. ISSN 0028-0836. PMC 5003174 . PMID 27462815.
^ Akiyoshi, Yuji; Clayton, Jason; Phan, Lon; Yamamoto, Masayuki; Hinnebusch, Alan G.; Watanabe, Yoshinori; Asano, Katsura (2000-12-27). "El homólogo de levadura de fisión de la proteína Int-6 murina, codificada por el sitio de integración del virus del tumor mamario de ratón, está asociado con las subunidades centrales conservadas del factor 3 de iniciación de la traducción eucariota". Revista de química biológica . 276 (13). Sociedad Estadounidense de Bioquímica y Biología Molecular (ASBMB): 10056–10062. doi : 10.1074/jbc.m010188200 . ISSN 0021-9258. PMID 11134033.
^ Ray, Anirban; Bandyopadhyay, Amitabha; Matsumoto, Tomohiro; Deng, Haiteng; Maitra, Umadas (2008). "La subunidad eIF3h del factor de iniciación de la traducción de la levadura de fisión 3 no es esencial para la iniciación de la traducción global, pero la eliminación de eif3h+ afecta la formación de esporas". Levadura . 25 (11). Wiley-Blackwell: 809–823. doi : 10.1002/yea.1635 . ISSN 0749-503X. PMID 19061185. S2CID 25980313.
^ Smith, M. Duane; Arake-Tacca, Luisa; Nitido, Adam; Montabana, Elizabeth; Park, Annsea; Cate, Jamie H. (2016). "Ensamblaje de eIF3 mediado por inserción de subunidades mutuamente dependientes". Estructura . 24 (6). Elsevier BV: 886–896. doi :10.1016/j.str.2016.02.024. ISSN 0969-2126. PMC 4938246 . PMID 27210288.
^ Johnson, Alex G.; Petrov, Alexey N.; Fuchs, Gabriele; Majzoub, Karim; Grosely, Rosslyn; Choi, Junhong; Puglisi, Joseph D. (9 de noviembre de 2017). "EIF3 humano marcado con fluorescencia para espectroscopia de una sola molécula". Investigación de ácidos nucleicos . 46 (2). Oxford University Press (OUP): e8. doi :10.1093/nar/gkx1050. ISSN 0305-1048. PMC 5778468 . PMID 29136179.
^ Fraser, Christopher S.; Berry, Katherine E.; Hershey, John WB; Doudna, Jennifer A. (2007). "eIF3j se encuentra en el centro de decodificación de la subunidad ribosomal humana 40S". Molecular Cell . 26 (6): 811–819. doi : 10.1016/j.molcel.2007.05.019 . PMID 17588516.