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DPANN

DPANN es un superfilo de Archaea propuesto por primera vez en 2013. [2] Muchos miembros muestran signos novedosos de transferencia horizontal de genes desde otros dominios de la vida. [2] Se les conoce como nanoarchaea o arqueas ultrapequeñas debido a su menor tamaño (nanométrico) en comparación con otras arqueas.

DPANN es un acrónimo formado por las iniciales de los cinco primeros grupos descubiertos, Diapherotrites , Parvarchaeota , Aenigmarchaeota , Nanoarchaeota y Nanohaloarchaeota . Posteriormente Woesearchaeota y Pacearchaeota fueron descubiertos y propuestos dentro del superfilo DPANN. [3] En 2017, se colocó otro filo Altiarchaeota en este superfilo. [4] La monofilia de DPANN aún no se considera establecida, debido a la alta tasa de mutación de los filos incluidos, lo que puede conducir al artefacto de la atracción de rama larga (LBA), donde los linajes se agrupan de forma basal o artificial en la base de el árbol filogenético sin estar relacionados. [5] [6] En cambio, estos análisis sugieren que DPANN pertenece a Euryarchaeota o es polifilético y ocupa varias posiciones dentro de Euryarchaeota. [5] [6] [7]

El DPANN agrupa diferentes filos con una variedad de distribución ambiental y metabolismo, que van desde formas simbióticas y termófilas como Nanoarchaeota , acidófilos como Parvarchaeota y no extremófilos como Aenigmarchaeota y Diapherotrites . DPANN también se detectó en aguas subterráneas ricas en nitratos, en la superficie del agua pero no debajo, lo que indica que estos taxones todavía son bastante difíciles de localizar. [8]

Características

Se caracterizan por tener un tamaño pequeño respecto a otras arqueas (tamaño nanométrico) y de acuerdo con su pequeño genoma , tienen capacidades catabólicas limitadas pero suficientes para llevar una vida libre, aunque muchas se piensa que son episimbiontes que dependen de un sistema simbiótico o asociación parasitaria con otros organismos. Muchas de sus características son similares o análogas a las de las bacterias ultrapequeñas (grupo CPR). [3]

Las capacidades metabólicas limitadas son producto del genoma pequeño y se reflejan en el hecho de que muchos carecen de vías biosintéticas centrales para nucleótidos , aminoácidos y lípidos ; de ahí que la mayoría de las arqueas DPANN, como las arqueas ARMAN , que dependen de otros microbios para satisfacer sus necesidades biológicas. Pero aquellos que tienen potencial para vivir libremente son heterótrofos fermentativos y aeróbicos . [3]

Son en su mayoría anaeróbicos y no han sido cultivados. Viven en ambientes extremos como termófilos, hiperacidófilos, hiperhalófilos o resistentes a los metales; o también en el ambiente templado de sedimentos marinos y lacustres . Rara vez se encuentran en la tierra o en mar abierto. [3]

Clasificación

Filogenia

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con vigencia en la nomenclatura (LPSN) [22] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [23]

Superfilo "DPANN" Rinke et al. 2013 (= reino propuesto Nanobdellati Rinke, Schwientek, Sczyrba, Ivanova, Anderson, Cheng, Darling, Malfatti, Swan, Gies, Dodsworth, Hedlund, Tsiamis, Sievert, Liu, Eisen, Hallam, Kyrpides, Stepanauskas, Rubin, Hugenholtz y Woyke 2024 [27] )

Ver también

Referencias

  1. ^ Castelle CJ, Banfield JF (2018). "Importantes grupos microbianos nuevos amplían la diversidad y alteran nuestra comprensión del árbol de la vida". Celúla . 172 (6): 1181-1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . PMID  29522741.
  2. ^ ab Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, Ivanova NN, Anderson IJ, Cheng JF, Darling A, Malfatti S, Swan BK, Gies EA, Dodsworth JA, Hedlund BP, Tsiamis G, Sievert SM, Liu WT, Eisen JA, Hallam SJ, Kyrpides NC, Stepanauskas R, Rubin EM, Hugenholtz P, Woyke T (julio de 2013). "Conocimientos sobre la filogenia y el potencial de codificación de la materia oscura microbiana" (PDF) . Naturaleza . 499 (7459): 431–437. Código Bib :2013Natur.499..431R. doi : 10.1038/naturaleza12352 . PMID  23851394. S2CID  4394530.
  3. ^ abcdefg Castelle CJ, Wrighton KC, Thomas BC, Hug LA, Brown CT, Wilkins MJ, Frischkorn KR, Tringe SG, Singh A, Markillie LM, Taylor RC, Williams KH, Banfield JF (marzo de 2015). "La expansión genómica del dominio arquea destaca las funciones de los organismos de nuevos filos en el ciclo anaeróbico del carbono". Biología actual . 25 (6): 690–701. doi : 10.1016/j.cub.2015.01.014 . PMID  25702576.
  4. ^ Spang A, Caceres EF, Ettema TJ (agosto de 2017). "Exploración genómica de la diversidad, ecología y evolución del dominio de la vida arqueal". Ciencia . 357 (6351): eaf3883. doi : 10.1126/ciencia.aaf3883 . PMID  28798101.
  5. ^ abc Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Diversidad genómica, estilos de vida y orígenes evolutivos de las arqueas DPANN. Naturaleza.
  6. ^ abcd Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "Árboles de proteínas ribosómicas multidominio y el origen planctobacteriano de neomura (eucariotas, arqueobacterias)". Protoplasma . 257 (3): 621–753. doi :10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096 . PMID  31900730. 
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  8. ^ Ludington WB, Seher TD, Applegate O, Li X, Kliegman JI, Langelier C, Atwill ER, Harter T, DeRisi JL (6 de abril de 2017). "Evaluación del potencial biosintético de las aguas subterráneas agrícolas mediante secuenciación metagenómica: una comunidad diversa de anammox domina las aguas subterráneas ricas en nitratos". MÁS UNO . 12 (4): e0174930. doi : 10.1371/journal.pone.0174930 . PMC 5383146 . PMID  28384184. 
  9. ^ Base de datos en línea de genomas
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