El 25 de marzo de 1798, perdió territorio para establecer la Diócesis de Wigry . El 3 de julio de 1848, ganó territorio de la entonces persistente Diócesis de Vilna , ahora la otra sede metropolitana de Lituania. El 9 de junio de 1920, perdió territorio a la existente Diócesis de Riga (en Letonia ), mientras que al año siguiente ganó territorio de la persistente Diócesis de Sejny (en Polonia ).
Stanislovas Kiška ( Stanisław Kiszka ) (1618.11.26 – muerte 1626.02.13)
Abraomas Voina ( Abraham Woyna ) (1626.07.20 – 1631.03.24), anteriormente obispo titular de Modon (1611.05.25 – 1626.07.20) y obispo auxiliar de Vilnius (Lituania) (1611.05.25 – 1626.07.20); más tarde obispo de Vilnius (1631.03.24 – muerte 1649.04.14)
Merkelis Elijaševičius Geišas (Melchior Elijaszewicz Geisz) (11.06.1631 – muerte 28.01.1633)
Jurgis Tiškevičius ( Jerzy Tyszkiewicz ) (1633.12.19 – 1649.12.09), anteriormente obispo titular de Modon (1627.05.17 – 1633.12.19) y obispo auxiliar de Vilnius (1627.05.17 – 1633.12.19); más tarde obispo de Vilnius (1649.12.09 – fallecimiento 1656.01.17)
Petras Parčevskis ( Piotr Parczewski ) (1649.12.09 – fallecimiento 1658.12.06), anteriormente obispo de Smolensk (Lituania) (1636.09.01 – 1649.12.09)
Aleksandras Kazimieras Sapiega ( Aleksander Kazimierz Sapieha ) (1660.01.12 – 1667.07.18), anteriormente obispo titular de Modon (1655.08.02 – 1660.01.12) y obispo auxiliar de Vilnius (Lituania) (1655.08.02 – 1660.01.12); más tarde obispo de Vilnius (1667.07.18 – fallecimiento 1671.05.22)
Kazimieras Pacas ( Kazimierz Pac ) (1667.10.03 – fallecimiento 1695), anteriormente obispo de Smolensk (Lituania) (1664.01.14 – 1667.10.03)
Jonas Jeronimas Krišpinas-Kiršenšteinas (Jan Hieronim Kryszpin-Kirszensztein) (1695.09.19 - muerte 1708.07.14), anteriormente obispo titular de Martiria (1696.01.02 - 1706.01.25) y obispo auxiliar de Vilnius (1696.01.02 ) – 1710.07.21)
Jonas Mikalojus Zgierskis (Jan Mikołaj Zgierski) (1710.07.21 – fallecimiento 1713.12.06), anteriormente obispo titular de Martiria (1696.01.02 – 1706.01.25) y obispo auxiliar de Vilnius (Lituania) (1696.01.02 – 1710.07.21) y próximo obispo de Smolensk (Rusia) (1706.01.25 – 1710.07.21)
Povilas Pranciškus Sapiega (Paweł Franciszek Sapieha), cistercienses (O. Cist.) (1715.01.21 – muerte 1715.10.01)
Aleksandras Mikalojus Gorainis (Aleksander Mikołaj Horain) (1716.12.07 – fallecimiento 1735.12.07), anteriormente obispo titular de Tiberíades (1704.09.15 – 1711.12.23) y obispo auxiliar de Vilnius (1704.09.15 – 1711.12.23), obispo de Smolensk (Rusia) (1711.12.23 – 1716.12.07)
Juozapas Mykolas Karpis (Józef Michał Karp) (1736.11.19 – muerte 1739.12.10)
Antanas Tiškevičius (Antoni Dominik Tyszkiewicz) (1740.09.16 - muerte 1762.01.31), anteriormente obispo titular de Mennith (1739.07.20 - 1740.09.16) y obispo auxiliar de Kijów-Czernihów (Polonia) (1739.07.20 - 1740.09.16 )
Dominykas Lopacinskis (Jan Dominik Łopaciński) (1762.04.19 – muerte 1778.01.11)
Obispo Jan Stefan Giedroyć (1778.03.30 – se retiró el 1802.05.13), anteriormente obispo titular de Verinopolis (1763.08.22 – 1765.04.22) y obispo auxiliar de Vilnius (1763.08.22 – 1765.04.22), obispo de Inflanty (Letonia) (1765.04.22 – 1778.03.30)
Juozapas Arnulfas Giedraitis (Józef Arnulf Giedroyć) (1802.05.13 – muerte 1838.07.17), sucediendo como obispo coadjutor de Samogitia ([1790.12.04] 1791.04.11 – 1802.05.13 y obispo titular de Orthosia (1791.04.11 – 1802.05.13)
Administrador Apostólico Simonas Mikalojus Giedraitis (Szymon Michal Józef Arnold Giedroyć) (1838.07.17 – 1844.08.07), ex Obispo titular de Adramyttium (1804.08.20 – 1838.07.17), Obispo auxiliar de Samogitia (1804.08.20 – 1829.12) y Obispo coadjutor de Samogitia (1829.12 – 1838.07.17, no sucedió formalmente)
Jonas Krizostomas Gintila (1844.08.07 – 1849.09.28 no poseído )
Motiejus Valančius (Maciej Kazimierz Wołonczewski) (28.09.1849 – muerte 29.05.1875)
Administrador apostólico Aleksandras Kazimieras Beresnevičius (Aleksander Kazimierz Bereśniewicz) (1875.05.30 – 1883.03.15), obispo titular de Maximianópolis (1858.09.27 – 1883.03.15), ex obispo auxiliar de Samogitia (1858.09.27 – 1875.05.30); más tarde obispo de Kujawy-Kalisz (Polonia) (15.03.1883 - 04.06.1902)
Mečislovas Leonardas Paliulionis (Mieczysław Leonard Pallulon) (15.03.1883 - muerte 02.05.1908)
Gaspar Felicjan Cyrtowt (1910.04.07 – fallecimiento 1913.09.20), anteriormente obispo titular de Castoria (1897.07.21 – 1910.04.07) y obispo auxiliar de Samogitia (1897.07.21 – 1910.04.07)
Pranciškus Karevičius, Padre Mariano (MIC) (27.02.1914 – 23.03.1926), emérito como Arzobispo titular de Escitópolis (23.03.1926 – 30.05.1945)
Arzobispos metropolitanos de Kaunas
Arzobispo Juozapas Skvireckas (05.04.1926 – fallecimiento 03.12.1959), anteriormente obispo titular de Ceramus y obispo auxiliar de Kaunas (10.03.1919 – 05.04.1926)
Arzobispo Sigitas Tamkevičius , Compañía de Jesús (SJ) (04.05.1996 – jubilado 11.06.2015), también Presidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (03.11.1999 – 20.09.2002), Vicepresidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (20.09.2002 – 20.09.2005), Presidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (20.09.2005 – 28.10.2014); anteriormente Obispo titular de Turuda y Obispo auxiliar de Kaunas (08.05.1991 – 04.05.1996); como emérito, se convirtió en Cardenal-Sacerdote de Sant'Angela Merici 10.05.2019
Arzobispo Lionginas Virbalas , SJ (2015 – se jubiló el 01.03.2019), también vicepresidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (28.10.2014 – 11.06.2015); anteriormente obispo de Panevėžys (06.06.2013 – 11.06.2015)