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Tamaño del genoma

Rangos de tamaño del genoma (en pares de bases) de varias formas de vida

El tamaño del genoma es la cantidad total de ADN contenida en una copia de un único genoma completo . Por lo general, se mide en términos de masa en picogramos (billonésimas (10 −12 ) de un gramo , abreviado pg) o con menos frecuencia en daltons , o como el número total de pares de bases de nucleótidos , generalmente en megabases (millones de pares de bases, abreviado Mb o Mbp). Un picogramo equivale a 978 megabases. [1] En organismos diploides , el tamaño del genoma a menudo se usa indistintamente con el término valor C.

La complejidad de un organismo no es directamente proporcional al tamaño de su genoma; El contenido total de ADN varía ampliamente entre taxones biológicos. Algunos organismos unicelulares tienen mucho más ADN que los humanos, por razones que aún no están claras (ver ADN no codificante y enigma del valor C ).

Origen del término

Árbol de la vida con tamaños de genoma como barras exteriores (en número de genes, no en cantidad total de ADN)

El término "tamaño del genoma" a menudo se atribuye erróneamente a un artículo de 1976 de Ralph Hinegardner, [2] incluso en discusiones que tratan específicamente de la terminología en esta área de investigación (por ejemplo, Greilhuber 2005 [3] ). En particular, Hinegardner [2] utilizó el término sólo una vez: en el título. En realidad, el término parece haber aparecido por primera vez en 1968, cuando Hinegardner se preguntó, en el último párrafo de otro artículo, si " el contenido de ADN celular refleja, de hecho, el tamaño del genoma". [4] En este contexto, "tamaño del genoma" se utilizaba en el sentido de genotipo para referirse al número de genes .

En un artículo presentado sólo dos meses después, Wolf et al. (1969) [5] utilizó el término "tamaño del genoma" en su uso actual; por lo tanto, probablemente se debería atribuir a estos autores el mérito de haber originado el término en su sentido moderno. A principios de la década de 1970, el "tamaño del genoma" era de uso común con su definición actual, probablemente como resultado de su inclusión en el influyente libro de Susumu Ohno Evolution by Gene Duplication , publicado en 1970. [6]

Variación en el tamaño del genoma y el contenido genético.

Con la aparición de diversas técnicas moleculares en los últimos 50 años, se han analizado los tamaños del genoma de miles de eucariotas y estos datos están disponibles en bases de datos en línea para animales, plantas y hongos (ver enlaces externos). El tamaño del genoma nuclear generalmente se mide en eucariotas mediante mediciones densitométricas de núcleos teñidos con Feulgen (anteriormente usando densitómetros especializados, ahora más comúnmente usando análisis de imágenes computarizados [7] ) o citometría de flujo . En los procariotas , la electroforesis en gel de campo pulsado y la secuenciación completa del genoma son los métodos predominantes para determinar el tamaño del genoma.

Es bien sabido que los tamaños del genoma nuclear varían enormemente entre especies eucariotas. En los animales varían más de 3.300 veces, y en las plantas terrestres difieren en un factor de aproximadamente 1.000. [8] [9] Se ha informado que los genomas protistas varían más de 300.000 veces en tamaño, pero el extremo superior de este rango ( ameba ) ha sido puesto en duda. [ ¿ por quién? ] En los eucariotas (pero no en los procariotas), el tamaño del genoma no es proporcional al número de genes presentes en el genoma, una observación que se consideraba totalmente contraria a la intuición antes del descubrimiento del ADN no codificante y que se conoció como " C- "paradoja del valor " como resultado. Sin embargo, aunque ya no existe ningún aspecto paradójico en la discrepancia entre el tamaño del genoma y el número de genes, el término sigue siendo de uso común. Por razones de clarificación conceptual, un autor ha sugerido que los diversos enigmas que quedan con respecto a la variación del tamaño del genoma comprenden con mayor precisión un enigma o un enigma (el llamado " enigma del valor C ").

El tamaño del genoma se correlaciona con una variedad de características mensurables a nivel de células y organismos, incluido el tamaño celular, la tasa de división celular y, según el taxón , el tamaño corporal, la tasa metabólica , la tasa de desarrollo , la complejidad de los órganos , la distribución geográfica o el riesgo de extinción . [8] [9] Según los datos del genoma completamente secuenciados actualmente disponibles (a abril de 2009), el número de genes transformados logarítmicamente forma una correlación lineal con el tamaño del genoma transformado logarítmicamente en bacterias, arqueas, virus y orgánulos combinados, mientras que un genoma no lineal (logaritmo seminatural) se observa en eucariotas. [10] Aunque esto último contrasta con la opinión anterior de que no existe correlación para los eucariotas, la correlación no lineal observada para los eucariotas puede reflejar un aumento desproporcionadamente rápido del ADN no codificante en genomas eucariotas cada vez más grandes. Aunque los datos genómicos secuenciados están prácticamente sesgados hacia genomas pequeños, lo que puede comprometer la precisión de la correlación derivada empíricamente, y la prueba definitiva de la correlación aún debe obtenerse mediante la secuenciación de algunos de los genomas eucariotas más grandes, los datos actuales no parecen descartar una posible correlación.

Tamaño del genoma humano

Cariograma esquemático de un ser humano. Muestra 22 cromosomas homólogos , tanto la versión femenina (XX) como la masculina (XY) del cromosoma sexual (abajo a la derecha), así como el genoma mitocondrial (a escala en la parte inferior izquierda). La escala azul a la izquierda de cada par de cromosomas (y el genoma mitocondrial) muestra su longitud en términos de millones de pares de bases de ADN .

En los seres humanos, el genoma nuclear diploide femenino total por célula se extiende por 6,37 pares de gigabases (Gbp), mide 208,23 cm de largo y pesa 6,51 picogramos (pg). [11] Los valores masculinos son 6,27 Gbp, 205,00 cm, 6,41 pg. [11] Cada polímero de ADN puede contener cientos de millones de nucleótidos, como en el cromosoma 1 . El cromosoma 1 es el cromosoma humano más grande con aproximadamente 220 millones de pares de bases , y sería85 mm de largo si está enderezado. [12]

En los eucariotas , además del ADN nuclear , también existe el ADN mitocondrial (ADNmt) que codifica determinadas proteínas utilizadas por las mitocondrias. El ADNmt suele ser relativamente pequeño en comparación con el ADN nuclear. Por ejemplo, el ADN mitocondrial humano forma moléculas circulares cerradas, cada una de las cuales contiene 16.569 [13] [14] pares de bases de ADN, [15] y cada una de estas moléculas normalmente contiene un conjunto completo de genes mitocondriales. Cada mitocondria humana contiene, en promedio, aproximadamente 5 de estas moléculas de ADNmt. [15] Cada célula humana contiene aproximadamente 100 mitocondrias, lo que da un número total de moléculas de ADNmt por célula humana de aproximadamente 500. [15] Sin embargo, la cantidad de mitocondrias por célula también varía según el tipo de célula, y un óvulo puede contener 100.000 mitocondrias. , correspondiente a hasta 1.500.000 copias del genoma mitocondrial (que constituye hasta el 90% del ADN de la célula). [dieciséis]

Reducción del genoma

Tamaño del genoma comparado con el número de genes. Gráfico log-log del número total de proteínas anotadas en genomas enviados a GenBank en función del tamaño del genoma. Basado en datos de los informes del genoma del NCBI .

La reducción del genoma , también conocida como degradación del genoma , es el proceso mediante el cual el genoma de un organismo se reduce en relación con el de sus ancestros. Los genomas fluctúan de tamaño con regularidad y la reducción del tamaño del genoma es más significativa en las bacterias .

Los casos evolutivamente más significativos de reducción del genoma se pueden observar en los orgánulos eucarióticos que se sabe que derivan de bacterias: mitocondrias y plastidios . Estos orgánulos descienden de endosimbiontes primordiales , que eran capaces de sobrevivir dentro de la célula huésped y que ésta también necesitaba para sobrevivir. Muchas mitocondrias actuales tienen menos de 20 genes en todo su genoma, mientras que una bacteria moderna de vida libre generalmente tiene al menos 1.000 genes. Al parecer, muchos genes se han transferido al núcleo del huésped , mientras que otros simplemente se han perdido y su función ha sido reemplazada por procesos del huésped.

Otras bacterias se han convertido en endosimbiontes o patógenos intracelulares obligados y, como resultado, experimentaron una extensa reducción del genoma. Este proceso parece estar dominado por la deriva genética resultante del pequeño tamaño de la población , bajas tasas de recombinación y altas tasas de mutación , en contraposición a la selección de genomas más pequeños. [ cita necesaria ] Algunos bacterioplancton marinos de vida libre también muestran signos de reducción del genoma, que se supone que son impulsados ​​por la selección natural. [17] [18] [19]

En especies endosimbióticas obligadas

Las especies endosimbióticas obligadas se caracterizan por una total incapacidad para sobrevivir fuera del entorno de su huésped . Estas especies se han convertido en una amenaza considerable para la salud humana, ya que a menudo son capaces de evadir el sistema inmunológico humano y manipular el entorno del huésped para adquirir nutrientes. Una explicación común para estas habilidades manipuladoras es su estructura genómica consistentemente compacta y eficiente. Estos pequeños genomas son el resultado de pérdidas masivas de ADN extraño, un hecho que se asocia exclusivamente con la pérdida de una etapa de vida libre. Hasta el 90% del material genético puede perderse cuando una especie hace la transición evolutiva de un estilo de vida libre a un estilo de vida intracelular obligado. Durante este proceso el futuro parásito se somete a un ambiente rico en metabolitos donde de alguna manera necesita esconderse dentro de la célula huésped, esos factores reducen la retención y aumentan la deriva genética conduciendo a una aceleración de la pérdida de genes no esenciales. [20] [21] [22] Ejemplos comunes de especies con genomas reducidos incluyen Buchnera aphidicola , Rickettsia prowazekii y Mycobacterium leprae . Un endosimbionte obligado de saltahojas , Nasuia deltocephalinicola , tiene el genoma más pequeño conocido actualmente entre los organismos celulares con 112 kb. [23] A pesar de la patogenicidad de la mayoría de los endosimbiontes, algunas especies intracelulares obligadas tienen efectos positivos en la aptitud de sus huéspedes.

El modelo de evolución reductiva se ha propuesto como un esfuerzo por definir los puntos en común genómicos observados en todos los endosimbiontes obligados. [24] Este modelo ilustra cuatro características generales de los genomas reducidos y las especies intracelulares obligadas:

  1. "racionalización del genoma" resultante de una selección relajada de genes que son superfluos en el entorno intracelular;
  2. un sesgo hacia las eliminaciones (en lugar de las inserciones), que afecta en gran medida a genes que han sido alterados por la acumulación de mutaciones ( pseudogenes ); [25]
  3. muy poca o ninguna capacidad para adquirir ADN nuevo; y
  4. Reducción considerable del tamaño efectivo de la población en poblaciones endosimbióticas, particularmente en especies que dependen de la transmisión vertical de material genético.

Con base en este modelo, queda claro que los endosimbiontes enfrentan desafíos adaptativos diferentes a los de las especies de vida libre y, como se desprende del análisis entre diferentes parásitos, sus inventarios de genes son extremadamente diferentes, lo que nos lleva a la conclusión de que la miniaturización del genoma sigue un patrón diferente. para los diferentes simbiontes. [26] [27] [28]

Conversión de picogramos (pg) a pares de bases (pb)

o simplemente:

[1]

La regla de Drake

En 1991, John W. Drake propuso una regla general: que la tasa de mutación dentro de un genoma y su tamaño están inversamente correlacionados. [29] Se ha descubierto que esta regla es aproximadamente correcta para genomas simples como los de los virus de ADN y los organismos unicelulares. Se desconoce su base.

Se ha propuesto que el pequeño tamaño de los virus de ARN está encerrado en una relación de tres partes entre fidelidad de replicación, tamaño del genoma y complejidad genética. La mayoría de los virus de ARN carecen de una función de corrección de pruebas de ARN, lo que limita su fidelidad de replicación y, por tanto, el tamaño de su genoma. Esto también se ha descrito como la "paradoja propia". [30] Una excepción a la regla de tamaños de genoma pequeños en los virus de ARN se encuentra en los Nidovirus . Estos virus parecen haber adquirido una exoribonucleasa (ExoN) de 3′ a 5′ que ha permitido un aumento en el tamaño del genoma. [31]

Miniaturización del genoma y tamaño óptimo.

En 1972, Michael David Bennett [32] planteó la hipótesis de que existía una correlación con el contenido de ADN y el volumen nuclear, mientras que Commoner y van't Hoff y Sparrow antes que él postularon que incluso el tamaño celular y la duración del ciclo celular estaban controlados por la cantidad de ADN. . [33] [34] Teorías más recientes nos han llevado a discutir sobre la posibilidad de la presencia de un mecanismo que limite físicamente el desarrollo del genoma a un tamaño óptimo. [35]

Esas explicaciones han sido cuestionadas por el artículo de Cavalier-Smith [36]   donde el autor señaló que la forma de entender la relación entre el tamaño del genoma y el volumen celular estaba relacionada con la teoría esquelética. El núcleo de esta teoría está relacionado con el volumen celular, determinado por un equilibrio de adaptación entre ventajas y desventajas de un mayor tamaño celular, la optimización de la relación núcleo:citoplasma (relación carioplasmática) [37] [38] y el concepto de que los genomas más grandes proporciona son más propensos a la acumulación de transposones duplicados como consecuencia de un mayor contenido de ADN esquelético no codificante. [36] Cavalier-Smith también propuso que, como reacción consiguiente de una reducción celular, el núcleo será más propenso a una selección a favor de la deleción en comparación con la duplicación. [36]

Desde el punto de vista económico, dado que el fósforo y la energía son escasos, una reducción del ADN debería ser siempre el foco de la evolución, a menos que se obtenga un beneficio. La eliminación aleatoria será principalmente perjudicial y no se seleccionará debido a la reducción de la aptitud adquirida, pero ocasionalmente la eliminación también será ventajosa. Este equilibrio entre economía y acumulación de ADN no codificante es la clave para el mantenimiento de la proporción carioplasmática.

Mecanismos de miniaturización del genoma.

La pregunta básica detrás del proceso de miniaturización del genoma es si se produce a través de grandes pasos o debido a una erosión constante del contenido genético. Para evaluar la evolución de este proceso es necesario comparar un genoma ancestral con aquel en el que se supone que se produjo la contracción. Gracias a la similitud entre el contenido genético de Buchnera aphidicola y la bacteria entérica Escherichia coli , un 89% de identidad para el 16S rDNA y un 62% para los genes ortólogos fue posible arrojar luz sobre el mecanismo de miniaturización del genoma. [39] El genoma del endosimbionte B. aphidicola se caracteriza por un tamaño de genoma que es siete veces más pequeño que el de E. coli (643 kb en comparación con 4,6 Mb) [40] [41] y puede verse como un subconjunto del sistema entérico. inventario de genes de bacterias. [41] De la confrontación de los dos genomas surgió que algunos genes persisten parcialmente degradados. [41] indicando que la función se perdió durante el proceso y que los consiguientes eventos de erosión acortaron la longitud como se documenta en Rickettsia . [42] [43] [44] Esta hipótesis se confirma mediante el análisis de los pseudogenes de Buchnera , donde el número de deleciones fue más de diez veces mayor en comparación con la inserción. [44]

En Rickettsia prowazekii , como ocurre con otras bacterias de genoma pequeño, este endosimbionte mutualista ha experimentado una gran reducción de la actividad funcional con una excepción importante en comparación con otros parásitos que aún conservan la capacidad biosintética de producción de aminoácidos que necesita su huésped. [45] [46] [41] Los efectos comunes de la reducción del genoma entre este endosimbionte y los otros parásitos son la reducción de la capacidad de producir fosfolípidos, la reparación y la recombinación y una conversión general de la composición del gen a un AT más rico. [47] contenido debido a mutaciones y sustituciones. [20] [45] La evidencia de la eliminación de la función de reparación y recombinación es la pérdida del gen rec A, gen implicado en la vía de la recombinasa . Este evento ocurrió durante la eliminación de una región más grande que contenía diez genes para un total de casi 10 kb. [41] [45] Lo mismo ocurrió con uvr A, uvr B y uvr C, genes que codifican enzimas de escisión involucradas en la reparación del ADN dañado debido a la exposición a los rayos UV. [39]

Uno de los mecanismos más plausibles para explicar la reducción del genoma es el reordenamiento cromosómico porque la inserción/eliminación de una porción más grande de la secuencia se observa más fácilmente durante la recombinación homóloga en comparación con la ilegítima, por lo tanto, la propagación de los elementos transponibles tendrá un efecto positivo. afectar la tasa de eliminación. [36] La pérdida de esos genes en las primeras etapas de la miniaturización no solo desempeña esta función sino que debe desempeñar un papel en la evolución de las deleciones consiguientes. Evidencias del hecho de que se produjo un evento de eliminación más grande antes de una eliminación más pequeña surgieron de la comparación del genoma de Bucknera y un ancestro reconstruido, donde los genes que se perdieron de hecho no están dispersos aleatoriamente en el gen del ancestro sino que están agregados y la relación negativa entre el número de genes perdidos y la longitud de los espaciadores. [39] El evento de pequeños indeles locales juega un papel marginal en la reducción del genoma [48] especialmente en las primeras etapas donde un mayor número de genes se vuelven superfluos. [49] [39]

En cambio, se produjeron eventos únicos debido a la falta de presión de selección para la retención de genes, especialmente si formaban parte de una vía que perdió su función durante una eliminación previa. Un ejemplo de esto es la deleción de rec F, gen necesario para la función de rec A, y sus genes flanqueantes. [50] Una de las consecuencias de la eliminación de tal cantidad de secuencias afectó incluso la regulación de los genes restantes. De hecho, la pérdida de una gran parte de los genomas podría provocar una pérdida de secuencias promotoras. De hecho, esto podría impulsar la selección de la evolución de regiones policistrónicas con un efecto positivo tanto para la reducción de tamaño [51] como para la eficiencia de la transcripción. [52]

Evidencia de miniaturización del genoma.

Un ejemplo de miniaturización del genoma se produjo en los microsporidios , un parásito intracelular anaeróbico de artrópodos que evolucionó a partir de hongos aeróbicos.

Durante este proceso, los mitosomas [53] se formaron como consecuencia de la reducción de las mitocondrias a una reliquia desprovista de genomas y actividad metabólica, excepto para la producción de centros de hierro y azufre y la capacidad de ingresar a las células huésped. [54] [55] A excepción de los ribosomas , también miniaturizados, muchos otros orgánulos casi se han perdido durante el proceso de formación del genoma más pequeño que se encuentra en los eucariotas. [36] A partir de su posible ancestro, un hongo zigomicotina , los microsporidios encogieron su genoma eliminando casi 1000 genes y redujeron incluso el tamaño de las proteínas y de los genes codificantes de proteínas. [56] Este proceso extremo fue posible gracias a la selección ventajosa para un tamaño celular más pequeño impuesta por el parasitismo.

Otro ejemplo de miniaturización está representado por la presencia de nucleomorfos , núcleos esclavizados, en el interior de la célula de dos algas diferentes, las criptofitas y las cloraracneas . [57]

Los nucleomorfos se caracterizan por tener uno de los genomas más pequeños conocidos (551 y 380 kb) y, como se observó en el caso de los microsporidios, algunos genomas tienen una longitud notablemente reducida en comparación con otros eucariotas debido a una virtual falta de ADN no codificante. [36] El factor más interesante está representado por la coexistencia de esos pequeños núcleos dentro de una célula que contiene otro núcleo que nunca experimentó tal reducción del genoma. Además, incluso si las células huésped tienen diferentes volúmenes de una especie a otra y una consiguiente variabilidad en el tamaño del genoma, el nucleomorfo permanece invariante, lo que denota un doble efecto de selección dentro de la misma célula.

Ver también

Referencias

  1. ^ ab Dolezel J, Bartoš J, Voglmayr H, Greilhuber J (2003). "Contenido de ADN nuclear y tamaño del genoma de trucha y humano". Citometría Parte A. 51 (2): 127–128. doi :10.1002/cyto.a.10013. PMID  12541287. S2CID  221604791.
  2. ^ ab Hinegardner R (1976). "Evolución del tamaño del genoma". En FJ Ayala (ed.). Evolución molecular . Sinauer Associates, Inc., Sunderland. págs. 179-199.
  3. ^ Greilhuber J, Doležel J, Lysák M, Bennett MD (2005). "El origen, evolución y estabilización propuesta de los términos 'tamaño del genoma' y 'valor C' para describir el contenido del ADN nuclear". Anales de botánica . 95 (1): 255–260. doi : 10.1093/aob/mci019. PMC 4246724 . PMID  15596473. 
  4. ^ Hinegardner R (1968). "Evolución del contenido de ADN celular en peces teleósteos". Naturalista americano . 102 (928): 517–523. doi :10.1086/282564. S2CID  84409620.
  5. ^ Wolf U, Ritter H, Atkin NB, Ohno S (1969). "Poliploidización en la familia de peces Cyprinidae, Orden Cypriniformes. I. Contenido de ADN y conjuntos de cromosomas en varias especies de Cyprinidae". Humangenetik . 7 (3): 240–244. doi :10.1007/BF00273173. PMID  5800705. S2CID  42045008.
  6. ^ Ohno S (1970). Evolución por duplicación de genes . Nueva York: Springer-Verlag. ISBN 0-04-575015-7.
  7. ^ Hardie DC, Gregory TR, Hebert PD (2002). "De píxeles a picogramos: una guía para principiantes sobre la cuantificación del genoma mediante densitometría de análisis de imágenes de Feulgen". Revista de Histoquímica y Citoquímica . 50 (6): 735–749. doi :10.1177/002215540205000601. PMID  12019291. S2CID  33117040.
  8. ^ ab Bennett MD, Leitch IJ (2005). "Evolución del tamaño del genoma en plantas". En TR Gregory (ed.). La evolución del genoma . San Diego: Elsevier. págs. 89-162.
  9. ^ ab Gregory TR (2005). "Evolución del tamaño del genoma en animales". En TR Gregory (ed.). La evolución del genoma . San Diego: Elsevier. págs. 3–87.
  10. ^ Hou Y, Lin S (2009). Redfield RJ (ed.). "Número de gen distinto: relaciones de tamaño del genoma para eucariotas y no eucariotas: estimación del contenido genético para genomas de dinoflagelados". MÁS UNO . 4 (9): e6978. Código Bib : 2009PLoSO...4.6978H. doi : 10.1371/journal.pone.0006978 . PMC 2737104 . PMID  19750009. 
  11. ^ ab Piovesan A, Pelleri MC, Antonaros F, Strippoli P, Caracausi M, Vitale L (2019). "Sobre la longitud, peso y contenido de GC del genoma humano". Notas de BMC Res . 12 (1): 106. doi : 10.1186/s13104-019-4137-z . PMC 6391780 . PMID  30813969. 
  12. ^ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, Kaul R, Swarbreck D, Dunham A, et al. (mayo de 2006). "La secuencia de ADN y anotación biológica del cromosoma 1 humano". Naturaleza . 441 (7091): 315–21. Código Bib :2006Natur.441..315G. doi : 10.1038/naturaleza04727 . PMID  16710414.
  13. ^ Anderson, S.; Más bancario, AT; Barril, BG; de Bruijn, MHL; Coulson, AR; Drouin, J.; Eperon, IC; Nierlich, DP; Roe, Licenciatura en Letras; Sanger, F.; Schreier, PH; Smith, AJH; Staden, R.; Young, IG (abril de 1981). "Secuencia y organización del genoma mitocondrial humano". Naturaleza . 290 (5806): 457–465. Código Bib :1981Natur.290..457A. doi :10.1038/290457a0. PMID  7219534. S2CID  4355527.
  14. ^ "Sin título". Archivado desde el original el 13 de agosto de 2011 . Consultado el 13 de junio de 2012 .
  15. ^ abc Satoh, M; Kuroiwa, T (septiembre de 1991). "Organización de múltiples nucleoides y moléculas de ADN en las mitocondrias de una célula humana". Investigación con células experimentales . 196 (1): 137-140. doi :10.1016/0014-4827(91)90467-9. PMID  1715276.
  16. ^ Zhang D, Keilty D, Zhang ZF, Chian RC (2017). "Mitocondrias en el envejecimiento de los ovocitos: conocimiento actual". Hechos Vistas Vis Obgyn . 9 (1): 29–38. PMC 5506767 . PMID  28721182. 
  17. ^ Dufresne A, Garczarek L, Partensky F (2005). "Evolución acelerada asociada con la reducción del genoma en un procariota de vida libre". Genoma Biol . 6 (2): R14. doi : 10.1186/gb-2005-6-2-r14 . PMC 551534 . PMID  15693943. 
  18. ^ Giovannoni SJ; et al. (2005). "Racionalización del genoma en una bacteria oceánica cosmopolita". Ciencia . 309 (5738): 1242-1245. Código Bib : 2005 Ciencia... 309.1242G. doi : 10.1126/ciencia.1114057. PMID  16109880. S2CID  16221415.
  19. ^ Giovannoni SJ; et al. (2008). "El pequeño genoma de un abundante metilotrofo oceánico costero". Microbiología Ambiental . 10 (7): 1771–1782. doi :10.1111/j.1462-2920.2008.01598.x. PMID  18393994.
  20. ^ ab Moran, NA (2 de abril de 1996). "Evolución acelerada y trinquete de Muller en bacterias endosimbióticas". Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias . 93 (7): 2873–2878. Código bibliográfico : 1996PNAS...93.2873M. doi : 10.1073/pnas.93.7.2873 . ISSN  0027-8424. PMC 39726 . PMID  8610134. 
  21. ^ Wernegreen, JJ; Morán, NA (1 de enero de 1999). "Evidencia de deriva genética en endosimbiontes (Buchnera): análisis de genes codificadores de proteínas". Biología Molecular y Evolución . 16 (1): 83–97. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026040 . ISSN  0737-4038. PMID  10331254.
  22. ^ Spaulding, Allen W.; Dohlen, Carol D. von (2001). "Los endosimbiontes de psílidos exhiben patrones de coespeciación con huéspedes y sustituciones desestabilizadoras en el ARN ribosómico". Biología molecular de insectos . 10 (1): 57–67. doi :10.1046/j.1365-2583.2001.00231.x. ISSN  1365-2583. PMID  11240637. S2CID  46186732.
  23. ^ Y los genomas siguen reduciéndose…
  24. ^ Wernegreen J (2005). "Para bien o para mal: consecuencias genómicas del mutualismo y parasitismo genómico" (PDF) . Opinión actual en genética y desarrollo . 15 (6): 1–12. doi :10.1016/j.gde.2005.09.013. PMID  16230003. Archivado desde el original (PDF) el 22 de julio de 2011.
  25. ^ Moran NA, Plaga GR (2004). "Cambios genómicos tras la restricción del huésped en bacterias". Opinión actual en genética y desarrollo . 14 (6): 627–633. doi :10.1016/j.gde.2004.09.003. PMID  15531157.
  26. ^ Mushegian, AR; Koonin, EV (17 de septiembre de 1996). "Un conjunto de genes mínimo para la vida celular derivado de la comparación de genomas bacterianos completos". Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias . 93 (19): 10268–10273. Código bibliográfico : 1996PNAS...9310268M. doi : 10.1073/pnas.93.19.10268 . ISSN  0027-8424. PMC 38373 . PMID  8816789. 
  27. ^ Huynen, Martijn A.; Bork, compañero (26 de mayo de 1998). "Medición de la evolución del genoma". Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias . 95 (11): 5849–5856. Código bibliográfico : 1998PNAS...95.5849H. doi : 10.1073/pnas.95.11.5849 . ISSN  0027-8424. PMC 34486 . PMID  9600883. 
  28. ^ Maniloff, J (17 de septiembre de 1996). "El genoma celular mínimo:" sobre tener el tamaño adecuado"". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 93 (19): 10004–10006. Código bibliográfico : 1996PNAS...9310004M. doi : 10.1073/pnas.93.19.10004 . ISSN  0027-8424. PMC 38325 . PMID  8816738. 
  29. ^ Drake, JW (1991). "Una tasa constante de mutación espontánea en microbios basados ​​en el ADN". Proc Natl Acad Sci Estados Unidos . 88 (16): 7160–7164. Código bibliográfico : 1991PNAS...88.7160D. doi : 10.1073/pnas.88.16.7160 . PMC 52253 . PMID  1831267. 
  30. ^ Kun, A; Santos, M; Szathmary, E (2005). "Las ribozimas reales sugieren un umbral de error relajado". Nat Genet . 37 (9): 1008–1011. doi :10.1038/ng1621. PMID  16127452. S2CID  30582475.
  31. ^ Lauber, C; Goeman, JJ; Parquet Mdel, C; Thi Nga, P; Snijder, EJ; Morita, K; Gorbalenya, AE (julio de 2013). "La huella de la arquitectura del genoma en la mayor expansión del genoma en virus de ARN". PLOS Patog . 9 (7): e1003500. doi : 10.1371/journal.ppat.1003500 . PMC 3715407 . PMID  23874204. 
  32. ^ Bennet, Michael David; Riley, Ralph (6 de junio de 1972). "Contenido de ADN nuclear y tiempo mínimo de generación en plantas herbáceas". Actas de la Royal Society de Londres. Serie B. Ciencias Biológicas . 181 (1063): 109-135. Código bibliográfico : 1972RSPSB.181..109B. doi :10.1098/rspb.1972.0042. PMID  4403285. S2CID  26642634.
  33. ^ Hof, J. Van't; Gorrión, AH (junio de 1963). "Una relación entre el contenido de ADN, el volumen nuclear y el tiempo mínimo del ciclo mitótico". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 49 (6): 897–902. Código bibliográfico : 1963PNAS...49..897V. doi : 10.1073/pnas.49.6.897 . ISSN  0027-8424. PMC 300029 . PMID  13996145. 
  34. ^ Plebeyo, Barry (junio de 1964). "Funciones del ácido desoxirribonucleico en la herencia". Naturaleza . 202 (4936): 960–968. Código Bib :1964Natur.202..960C. doi :10.1038/202960a0. ISSN  1476-4687. PMID  14197326. S2CID  4166234.
  35. ^ Orgel, LE; Crick, FHC (abril de 1980). "ADN egoísta: el parásito definitivo". Naturaleza . 284 (5757): 604–607. Código Bib :1980Natur.284..604O. doi :10.1038/284604a0. ISSN  1476-4687. PMID  7366731. S2CID  4233826.
  36. ^ abcdef Cavalier-Smith, Thomas (1 de enero de 2005). "La economía, la velocidad y el tamaño importan: fuerzas evolutivas que impulsan la miniaturización y expansión del genoma nuclear". Anales de botánica . 95 (1): 147-175. doi : 10.1093/aob/mci010. ISSN  0305-7364. PMC 4246715 . PMID  15596464. 
  37. ^ Estrasburgo, Eduard (1893). Ueber die wirkungssphäre der Kerne und die Zellgrösse (en alemán). OCLC  80359142.
  38. ^ Huxley, JS (mayo de 1925). "La célula en el desarrollo y la herencia". Naturaleza . 115 (2897): 669–671. Código Bib :1925Natur.115..669H. doi :10.1038/115669a0. ISSN  1476-4687. S2CID  26264738.
  39. ^ abcd Moran, Nancy A.; Mira, Alex (14 de noviembre de 2001). "El proceso de reducción del genoma en el simbionte obligado Buchnera aphidicola". Biología del genoma . 2 (12): investigación0054.1. doi : 10.1186/gb-2001-2-12-research0054 . ISSN  1474-760X. PMC 64839 . PMID  11790257. 
  40. ^ Blattner, Federico R.; Plunkett, Guy; Bloch, Craig A.; Perna, Nicole T.; Burland, Valerie; Riley, Mónica; Collado-Vides, Julio; Glasner, Jeremy D.; Montó, Christopher K.; Mayhew, George F.; Gregor, Jason (5 de septiembre de 1997). "La secuencia completa del genoma de Escherichia coli K-12". Ciencia . 277 (5331): 1453-1462. doi : 10.1126/ciencia.277.5331.1453 . ISSN  0036-8075. PMID  9278503.
  41. ^ abcde Shigenobu, Shuji; Watanabe, Hidemi; Hattori, Masahira; Sakaki, Yoshiyuki; Ishikawa, Hajime (septiembre de 2000). "Secuencia del genoma del simbionte bacteriano endocelular de pulgones Buchnera sp. APS". Naturaleza . 407 (6800): 81–86. Código Bib :2000Natur.407...81S. doi : 10.1038/35024074 . ISSN  1476-4687. PMID  10993077.
  42. ^ Andersson, JO; Andersson, SG (1 de septiembre de 1999). "La degradación del genoma es un proceso continuo en Rickettsia". Biología Molecular y Evolución . 16 (9): 1178-1191. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026208 . ISSN  0737-4038. PMID  10486973.
  43. ^ Andersson, enero O.; Andersson, Siv GE (1 de mayo de 2001). "Pseudogenes, ADN basura y la dinámica de los genomas de Rickettsia". Biología Molecular y Evolución . 18 (5): 829–839. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003864 . ISSN  0737-4038. PMID  11319266.
  44. ^ ab Mira, Alex; Ochman, Howard; Morán, Nancy A. (1 de octubre de 2001). "Sesgo de eliminación y evolución de genomas bacterianos". Tendencias en Genética . 17 (10): 589–596. doi :10.1016/S0168-9525(01)02447-7. ISSN  0168-9525. PMID  11585665.
  45. ^ a b c Andersson, Siv G. E.; Zomorodipour, Alireza; Andersson, Jan O.; Sicheritz-Pontén, Thomas; Alsmark, U. Cecilia M.; Podowski, Raf M.; Näslund, A. Kristina; Eriksson, Ann-Sofie; Winkler, Herbert H.; Kurland, Charles G. (November 1998). "The genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of mitochondria". Nature. 396 (6707): 133–140. Bibcode:1998Natur.396..133A. doi:10.1038/24094. ISSN 1476-4687. PMID 9823893.
  46. ^ Tamas, Ivica; Klasson, Lisa M.; Sandström, Jonas P.; Andersson, Siv G. E. (2001). "Mutualists and parasites: how to paint yourself into a (metabolic) corner". FEBS Letters. 498 (2–3): 135–139. doi:10.1016/S0014-5793(01)02459-0. ISSN 1873-3468. PMID 11412844. S2CID 40955247.
  47. ^ Wernegreen, J. J.; Moran, N. A. (2000-07-22). "Decay of mutualistic potential in aphid endosymbionts through silencing of biosynthetic loci: Buchnera of Diuraphis". Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences. 267 (1451): 1423–1431. doi:10.1098/rspb.2000.1159. PMC 1690690. PMID 10983826.
  48. ^ Petrov, Dmitri A. (2002-06-01). "Mutational Equilibrium Model of Genome Size Evolution". Theoretical Population Biology. 61 (4): 531–544. doi:10.1006/tpbi.2002.1605. ISSN 0040-5809. PMID 12167373.
  49. ^ Gregory, T. Ryan (2003-09-01). "Is small indel bias a determinant of genome size?". Trends in Genetics. 19 (9): 485–488. doi:10.1016/S0168-9525(03)00192-6. ISSN 0168-9525. PMID 12957541.
  50. ^ Gasior, Stephen L.; Olivares, Heidi; Ear, Uy; Hari, Danielle M.; Weichselbaum, Ralph; Bishop, Douglas K. (2001-07-17). "Assembly of RecA-like recombinases: Distinct roles for mediator proteins in mitosis and meiosis". Proceedings of the National Academy of Sciences. 98 (15): 8411–8418. Bibcode:2001PNAS...98.8411G. doi:10.1073/pnas.121046198. ISSN 0027-8424. PMC 37451. PMID 11459983.
  51. ^ Selosse, MA; Alberto, B.; Godelle, B. (1 de marzo de 2001). "Reducir el tamaño del genoma de los orgánulos favorece la transferencia de genes al núcleo". Tendencias en ecología y evolución . 16 (3): 135-141. doi :10.1016/s0169-5347(00)02084-x. ISSN  1872-8383. PMID  11179577.
  52. ^ Scherbakov, DV; Garber, MB (1 de julio de 2000). "Genes superpuestos en genomas de bacterias y fagos". Biología Molecular . 34 (4): 485–495. doi :10.1007/BF02759558. ISSN  1608-3245. S2CID  24144602.
  53. ^ Williams, Bryony AP; Hirt, Robert P.; Lucocq, John M.; Embley, T. Martin (agosto de 2002). "Un remanente mitocondrial en el microsporidio Trachipleistophora hominis". Naturaleza . 418 (6900): 865–869. Código Bib :2002Natur.418..865W. doi : 10.1038/naturaleza00949. ISSN  1476-4687. PMID  12192407. S2CID  4358253.
  54. ^ Keeling, Patrick J.; Rápido, Naomi M. (2002). "Microsporidia: biología y evolución de parásitos intracelulares altamente reducidos". Revista Anual de Microbiología . 56 (1): 93-116. doi : 10.1146/annurev.micro.56.012302.160854. PMID  12142484. S2CID  22943269.
  55. ^ Cavalier-Smith, T. (2001). "¿Qué son los hongos?". En McLaughlin, David J.; McLaughlin, Esther G.; Lemke, Paul A. (eds.). Sistemática y Evolución . La Micota. Springer Berlín Heidelberg. págs. 3–37. doi :10.1007/978-3-662-10376-0_1. ISBN 978-3-662-10376-0. {{cite book}}: |work=ignorado ( ayuda )
  56. ^ Vivarès, Christian P; Gouy, Manolo; Thomarat, Fabienne; Méténier, Guy (1 de octubre de 2002). "Análisis funcional y evolutivo de un genoma de un parásito eucariota". Opinión actual en microbiología . 5 (5): 499–505. doi :10.1016/S1369-5274(02)00356-9. ISSN  1369-5274. PMID  12354558.
  57. ^ Douglas, Susan; Zauner, Stefan; Fraunholz, Martín; Beaton, Margarita; Penny, Susana; Deng, Lang-Tuo; Wu, Xiaonan; Reith, Michael; Cavalier-Smith, Thomas; Maier, Uwe-G. (Abril de 2001). "El genoma altamente reducido de un núcleo de alga esclavizado". Naturaleza . 410 (6832): 1091–1096. Código Bib : 2001Natur.410.1091D. doi : 10.1038/35074092 . ISSN  1476-4687. PMID  11323671.

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