Las repeticiones de copias bajas ( LCR ), también conocidas como duplicaciones segmentarias ( SD ), son secuencias de ADN presentes en múltiples ubicaciones dentro de un genoma que comparten altos niveles de identidad de secuencia.
Se repite
Las repeticiones o duplicaciones suelen tener entre 10 y 300 kb de longitud y tienen más del 95% de identidad de secuencia . Aunque son raros en la mayoría de los mamíferos, los LCR comprenden una gran parte del genoma humano debido a una expansión significativa durante la evolución de los primates . [1] En los seres humanos, los cromosomas Y y 22 tienen la mayor proporción de SD: 50,4% y 11,9% respectivamente. [2]
La desalineación de los LCR durante la recombinación homóloga no alélica (NAHR) [3] es un mecanismo importante que subyace a los trastornos de microdeleción cromosómica , así como a sus parejas de duplicación recíproca. [4] Muchas LCR se concentran en "puntos críticos", como la región 17p11-12, el 27% de la cual está compuesta por secuencia LCR. NAHR y unión de extremos no homólogos (NHEJ) dentro de esta región son responsables de una amplia gama de trastornos, incluido el síndrome de Charcot-Marie-Tooth tipo 1A , [5] neuropatía hereditaria con tendencia a parálisis por presión , [5] síndrome de Smith-Magenis , [6] y el síndrome de Potocki-Lupski . [3]
Detección
Los dos métodos ampliamente aceptados para la detección de SD [7] son:
- 1. Comparación de ensamblajes del genoma completo (WGAC), en la que se identifican regiones de homología dentro del ensamblaje.
- 2. Detección de secuencia de escopeta de genoma completo (WSSD), en la que la duplicación de regiones se infiere mediante una mayor cobertura de lectura en el sitio de duplicación segmentaria.
Ver también
Referencias
- ^ Johnson, YO (2008). Evolución del gen y el genoma de los primates impulsada por la duplicación segmentaria del cromosoma 16 (PDF) (Ph.D.). Universidad Case Western Reserve .
- ^ Bailey, Jeffrey A.; Eichler, EE (2006). "Duplicaciones segmentarias de primates: crisoles de evolución, diversidad y enfermedad". Naturaleza Reseñas Genética . 7 (7): 552–64. doi :10.1038/nrg1895. PMID 16770338. S2CID 3203768.
- ^ abZhang , F; Potocki, L; Sansón, JB; Liu, P; Sánchez-Valle, A; Robbins-Furman, P; Navarro, AD; Wheeler, PG; Spence, JE; Brasington, CK; Cruz, MA; Lupski, JR (12 de marzo de 2010). "Identificación de duplicaciones poco comunes asociadas al síndrome de Potocki-Lupski recurrente y distribución de tipos y mecanismos de reordenamiento en PTLS". Revista Estadounidense de Genética Humana . 86 (3): 462–70. doi :10.1016/j.ajhg.2010.02.001. PMC 2833368 . PMID 20188345.
- ^ Jeque, TH; Kurahashi, H; Saitta, Carolina del Sur; O'Hare, AM; Hu, P; Roe, Licenciatura en Letras; Driscoll, DA; McDonald-McGinn, DM; Zackai, EH ; Budarf, ML; Emanuel, BS (1 de marzo de 2000). "Repeticiones bajas de copias específicas del cromosoma 22 y síndrome de deleción 22q11.2: organización genómica y análisis del criterio de valoración de la deleción". Genética Molecular Humana . 9 (4): 489–501. doi : 10.1093/hmg/9.4.489 . PMID 10699172.
- ^ ab Inoue, K; Dewar, K; Katsanis, N; Reiter, LT; Lander, ES; Devon, KL; Wyman, DW; Lupski, JR; Birren, B (junio de 2001). "La región genómica de duplicación/deleción de HNPP de CMT1A de 1,4 Mb revela características arquitectónicas únicas del genoma y proporciona información sobre la evolución reciente de nuevos genes". Investigación del genoma . 11 (6): 1018–33. doi :10.1101/gr.180401. PMC 311111 . PMID 11381029.
- ^ Shaw, CJ; Cruz, MA; Lupski, JR (julio de 2004). "Las eliminaciones poco comunes de la región del síndrome de Smith-Magenis pueden ser recurrentes cuando repeticiones alternativas de pocas copias actúan como sustratos de recombinación homóloga". Revista Estadounidense de Genética Humana . 75 (1): 75–81. doi :10.1086/422016. PMC 1182010 . PMID 15148657.
- ^ "Detección de duplicaciones segmentarias en todo el genoma".
