La difracción anómala de longitud de onda única (SAD) es una técnica utilizada en cristalografía de rayos X que facilita la determinación de la estructura de proteínas u otras macromoléculas biológicas al permitir la solución del problema de fase . A diferencia de la difracción anómala de longitud de onda múltiple (MAD), la SAD utiliza un único conjunto de datos en una única longitud de onda apropiada.
En comparación con MAD, SAD tiene un poder de fase más débil y requiere una modificación de la densidad para resolver la ambigüedad de fase. [1] Esta desventaja no es tan importante como la principal ventaja de SAD: la minimización del tiempo que pasa el cristal en el haz, lo que reduce el daño potencial de radiación a la molécula mientras se recopilan datos. SAD también permite una elección más amplia de átomos pesados y se puede realizar sin una línea de luz de sincrotrón. [1] Hoy en día, selenio-SAD se usa comúnmente para la fase experimental debido al desarrollo de métodos para la incorporación de selenometionina en proteínas recombinantes.
A veces se denomina a la SAD "dispersión anómala de longitud de onda única" , pero en esta técnica no se utilizan diferencias dispersivas ya que los datos se recopilan en una única longitud de onda.
Véase también
Referencias
- ^ ab "Diccionario de términos comunes usados en PHENIX". phenix-online.org .
MAD: [...] Las diferencias en la dispersión anómala alrededor del borde permiten el cálculo de ángulos de fase sin la ambigüedad de fase presente en los experimentos SAD, aunque la modificación de la densidad generalmente seguirá siendo necesaria para obtener un mapa fácilmente interpretable. [...] Aunque muy potente, la fase MAD ha disminuido un poco en popularidad en relación con SAD debido a la elección más limitada de átomos pesados, la dificultad de evitar el daño por radiación y el requisito de una línea de luz de sincrotrón. [...] SAD: [...] SAD a menudo se realiza con proteína incorporada con selenometionina, pero se puede usar cualquier átomo con dispersión anómala (incluido el azufre, si los datos son de muy alta calidad).
Lectura adicional
- WA Hendrickson (1985). "Análisis de la estructura de proteínas a partir de mediciones de difracción en múltiples longitudes de onda". Trans. ACA Vol 21.
- J Karle (1980). "Algunos avances en dispersión anómala para la investigación estructural de sistemas macromoleculares en biología". Revista internacional de química cuántica: Simposio de biología cuántica 7, 357–367.
- J. Karle (1989). "Análisis algebraicos lineales de estructuras con un tipo predominante de dispersor anómalo". Acta Crystallogr . A45, 303–307.
- A. Pahler, JL Smith y WA Hendrickson (1990). "Una representación de probabilidad para la información de fase a partir de la dispersión anómala de múltiples longitudes de onda". Acta Crystallogr . A46, 537–540.
- TC Terwilliger (1994). "Fase MAD: estimaciones bayesianas de FA" Acta Crystallogr . D50, 11-16.
- TC Terwilliger (1994). "Fase MAD: tratamiento de las diferencias dispersivas como información de reemplazo isomorfa" Acta Crystallogr . D50, 17–23.
- R. Fourme, W. Shepard, R. Kahn, G l'Hermite & IL de La Sierra (1995). "El método de contraste de disolvente anómalo de longitud de onda múltiple (MASC) en cristalografía macrocolecular". J. Synchrotron Rad . 2, 36–48.
- E. de la Fortelle y G. Bricogne (1997) "Refinamiento de parámetros de átomos pesados de máxima verosimilitud para métodos de difracción anómala de longitud de onda múltiple y reemplazo isomorfo". Métodos en enzimología 276, 472–494.
- WA Hendrickson y CM Ogata (1997) "Determinación de fase a partir de mediciones de difracción anómala de longitud de onda múltiple". Métodos en enzimología 276, 494–523.
- J. Bella y MG Rossmann (1998). "Un algoritmo de fase general para múltiples datos MAD y MIR" Acta Crystallogr. D54, 159–174.
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- B. Vijayakumar y D. Velmurugan (2013). "Uso de iones de europio para la fase SAD de la lisozima en la longitud de onda Cu Kα" Acta Crystallogr . F69, 20–24.
- JP Rose y BC Wang (2016) "Etapas del SAD: Historia, impacto actual y oportunidades futuras" Archivos Biochem Biophys 602, 80-94.
Enlaces externos
- Fases MAD: un tutorial detallado con ejemplos, ilustraciones y referencias.
Programas de ordenador
- Paquete de absorción SSRL — Brennan S, Cowan PL (1992). "Un conjunto de programas para calcular el rendimiento de absorción, reflexión y difracción de rayos X para una variedad de materiales en longitudes de onda arbitrarias". Rev. Sci. Instrum . 63 (1): 850. Bibcode :1992RScI...63..850B. doi :10.1063/1.1142625.
- CHOOCH — Evans G, Pettifer RF (2001). "CHOOCH: un programa para derivar factores de dispersión anómala a partir de espectros de fluorescencia de rayos X". J. Appl. Crystallogr . 34 (1): 82–86. doi :10.1107/S0021889800014655.
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- SHELX — Sheldrick GM (1998). "SHELX: aplicaciones a macromoléculas". En S Fortier (ed.). Métodos directos para resolver estructuras macromoleculares . Dordrecht: Kluwer Academic Publishers. págs. 401–411. ISBN 0-7923-4949-0.
Tutoriales y ejemplos
- Evans, Gwyndaf (octubre de 1994). "El método de difracción anómala de longitudes de onda múltiples utilizando radiación de sincrotrón a energías óptimas de rayos X: aplicación a la cristalografía de proteínas". Tesis doctoral . Universidad de Warwick.
