Aspect of protein folding
En el plegamiento de proteínas , un contacto nativo es un contacto entre las cadenas laterales de dos aminoácidos que no son vecinos en la secuencia de aminoácidos (es decir, están separados por más de cuatro residuos en la secuencia primaria para eliminar contactos triviales de i a i+4 a lo largo de las hélices alfa) pero que están espacialmente cerca en la estructura terciaria del estado nativo de la proteína . [1] [2] La fracción de contactos nativos reproducidos en una estructura particular se utiliza a menudo como una coordenada de reacción para medir la desviación del estado nativo de las estructuras producidas durante las simulaciones de dinámica molecular [3] o en puntos de referencia de los métodos de predicción de la estructura de proteínas . [4]
El orden de contacto es una medida de la localidad de los contactos nativos de una proteína; [5] es decir, la distancia de secuencia entre los aminoácidos que forman contactos. Se cree que las proteínas con un orden de contacto bajo se pliegan más rápido [5] [6] y algunas pueden ser candidatas para el plegamiento descendente .
Referencias
- ^ Taketomi, H.; Ueda, Y.; Gō, N. (1975). "Estudios sobre plegamiento, desplegamiento y fluctuaciones de proteínas mediante simulación por computadora. I. El efecto de una secuencia de aminoácidos específica representada por interacciones específicas entre unidades". Revista internacional de investigación de péptidos y proteínas . 7 (6): 445–459. ISSN 0367-8377. PMID 1201909.
- ^ Demharter, Samuel (27 de marzo de 2014). «Contactos nativos | Oxford Protein Informatics Group» . Consultado el 22 de enero de 2024 .
- ^ Best, Robert B.; Hummer, Gerhard; Eaton, William A. (29 de octubre de 2013). "Los contactos nativos determinan los mecanismos de plegamiento de proteínas en simulaciones atomísticas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 110 (44): 17874–17879. doi :10.1073/pnas.1311599110. ISSN 0027-8424. PMC 816414 . PMID 24128758.
- ^ Onuchic, José Nelson; Socci, Nicholas D.; Luthey-Schulten, Zaida; Wolynes, Peter G. (1996-12-01). "Embudos de plegamiento de proteínas: la naturaleza del conjunto de estados de transición". Folding and Design . 1 (6): 441–450. doi :10.1016/S1359-0278(96)00060-0. ISSN 1359-0278.
- ^ ab Plaxco, Kevin W; Simons, Kim T; Baker, David (1998-04-10). "Orden de contacto, ubicación del estado de transición y tasas de replegamiento de proteínas de dominio único11Editado por PE Wright". Journal of Molecular Biology . 277 (4): 985–994. doi :10.1006/jmbi.1998.1645. ISSN 0022-2836.
- ^ Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David (agosto de 2002). "Orden de contacto y predicción de la estructura de proteínas ab initio". Protein Science . 11 (8): 1937–1944. doi :10.1110/ps.3790102. ISSN 0961-8368. PMC 2373674 . PMID 12142448.
