Intelligent Systems for Molecular Biology ( ISMB ) es una conferencia académica anual sobre bioinformática y biología computacional organizada por la International Society for Computational Biology (ISCB). El enfoque principal de la conferencia es el desarrollo y la aplicación de métodos computacionales avanzados para problemas biológicos. La conferencia se lleva a cabo todos los años desde 1993 y ha crecido hasta convertirse en una de las reuniones más grandes y prestigiosas en estos campos, albergando a más de 2000 delegados en 2004. [1] [2] Desde la primera reunión, ISMB se ha celebrado en lugares de todo el mundo; desde 2007, las reuniones se han ubicado en Europa y América del Norte en años alternos. Desde 2004, las reuniones europeas se han celebrado conjuntamente con la Conferencia Europea de Biología Computacional (ECCB).
La conferencia principal de la ISMB suele durar tres días y consta de presentaciones, sesiones de pósteres y charlas magistrales . La mayoría de las presentaciones se realizan en múltiples sesiones paralelas; sin embargo, las charlas magistrales se presentan en una sola sesión y se eligen para reflejar una investigación destacada en bioinformática. Entre los oradores principales destacados de la ISMB se incluyen ocho premios Nobel. Los ganadores del Premio ISCB Overton y el Premio ISCB Accomplishment by a Senior Scientist están invitados a dar charlas magistrales como parte del programa. Las actas de la conferencia se publican actualmente en la revista Bioinformatics .
Los orígenes de la conferencia ISMB se encuentran en un taller para investigadores de inteligencia artificial con interés en la biología molecular celebrado en noviembre de 1991. [3] El taller fue organizado por el investigador estadounidense Lawrence Hunter , entonces director del Proyecto de Aprendizaje Automático en la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos en Bethesda, Maryland . [4] Un taller posterior sobre el mismo tema celebrado en 1992, organizado por la NLM y la Fundación Nacional de Ciencias , dejó en claro que se necesitaba una conferencia internacional regular para el campo. Dicha conferencia estaría dedicada a la biología molecular como una aplicación rápidamente emergente de la inteligencia artificial. [5] Después de haber solicitado con éxito subvenciones de la AAAI , los NIH y la Oficina de Investigación de Salud y Medio Ambiente del Departamento de Energía , la primera conferencia ISMB se celebró en julio de 1993, en la NLM. La conferencia fue presidida por Hunter, David Searls (profesor asociado de investigación en la Facultad de Medicina de la Universidad de Pensilvania ) y Jude Shavlik (profesor adjunto de informática en la Universidad de Wisconsin-Madison ) y atrajo a más de 200 asistentes de 13 países, [4] que presentaron 69 artículos científicos. [3]
El éxito de la primera conferencia motivó el anuncio de una segunda conferencia de la ISMB al final de la misma. La ISMB de 1994 se había planeado inicialmente para celebrarse en Seattle . Sin embargo, una reunión competidora obligó a la ISMB a cambiar de sede con poca antelación. La conferencia se celebró en la Universidad de Stanford en agosto de 1994 y fue organizada por Russ Altman , un científico investigador de la Facultad de Medicina de la Universidad de Stanford . [3] Para enfatizar el aspecto internacional de la conferencia, la ISMB de 1995 se celebró en el Robinson College de Cambridge . La ISMB de 1995 también marcó un cambio en el enfoque de la conferencia. Alfonso Valencia, miembro de la Junta Directiva de la ISCB y Director del Instituto Nacional de Bioinformática de España, ha declarado que, en 1995, "la conferencia pasó de ser una conferencia basada en la informática a un punto en el que todos se dieron cuenta de que, si se quiere progresar, tiene que haber un mayor enfoque en la biología". [3]
La ISMB de 1997 se celebró en Halkidiki , Grecia , y marcó la fundación de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [5] La ISCB se formó con el objetivo de gestionar todos los aspectos científicos, organizativos y financieros de la conferencia de la ISMB y de proporcionar un foro para que los científicos abordaran el papel emergente de las computadoras en las ciencias biológicas. La ISCB ha colaborado en la organización de la serie de conferencias de la ISMB desde 1998. [2] El período posterior a la formación de la ISCB también marcó una expansión en el número de asistentes a la ISMB: a la ISMB 2000 (celebrada en la Universidad de California, San Diego ) asistieron más de 1000 delegados, [1] que presentaron 141 artículos científicos. [3] Esta reunión también fue la última vez que la ISMB se celebraría en una universidad, debido a las limitaciones de tamaño. [1]
En 2004, la ISMB se celebró por primera vez de forma conjunta con la Conferencia Europea de Biología Computacional . La conferencia también se celebró en el mismo lugar que la conferencia Genes, Proteins and Computers. Esta reunión, celebrada en Glasgow ( Reino Unido) , fue la mayor conferencia de bioinformática jamás celebrada, [6] a la que asistieron 2.136 delegados, que presentaron 496 artículos científicos. [7] Alfonso Valencia considera que la ISMB/ECCB 2004 fue un hito importante en la historia de la ISMB: "fue la primera en la que el equilibrio entre Europa y los Estados se convirtió en una parte importante de la conferencia. Fue aquí donde establecimos las reglas, las formas y el espíritu de colaboración entre los estadounidenses y los europeos". [3] El éxito de la conferencia conjunta allanó el camino para que las futuras reuniones europeas de la ISMB se celebraran conjuntamente con la ECCB. [3]
A finales de 2006, la ISMB atravesaba dificultades financieras. Dos conferencias (la ISMB 2003, en Brisbane , y la ISMB 2006, en Fortaleza ) habían reducido drásticamente el número de participantes debido a su ubicación, con la correspondiente reducción de los ingresos. [8] Para permitir la asistencia de más delegados, se decidió limitar las sedes de las conferencias a América del Norte y Europa. En enero de 2007, la ISMB y la ECCB acordaron celebrar conferencias conjuntas en Europa cada dos años, comenzando con la ISMB/ECCB 2007. [2] La ISMB se celebraría en América del Norte en los años entre reuniones conjuntas. A partir de 2016 [actualizar], se ha confirmado que este patrón continuará hasta al menos 2019. La ISMB/ECCB 2007 (celebrada en Viena , Austria ) marcó la primera conferencia cuya organización la ISCB asumió la plena responsabilidad. [1] Viena se convirtió en la primera ciudad que ha acogido a la ISMB dos veces con la ISMB/ECCB 2011. Esta "visita de regreso" fue un experimento destinado a reducir el esfuerzo cada vez mayor que se requiere para encontrar lugares adecuados para la conferencia. Aunque el regreso a Viena se consideró sólo parcialmente exitoso debido al aumento de precios, se prevé que Boston (que albergó a la ISMB en 2010 y 2014) se convierta en un sitio "seguro" al que la ISMB pueda regresar periódicamente. [1]
La ISMB celebró su vigésima reunión con la ISMB 2012, celebrada en Long Beach, California . Este evento atrajo a unos 1.600 delegados, [1] que presentaron 268 artículos científicos. [3] Richard H. Lathrop y Lawrence Hunter presentaron una presentación especial, en la que analizaron las reuniones anteriores de la ISMB e intentaron predecir hacia dónde se dirigirá el campo de la bioinformática en el futuro. [9] La ISMB/ECCB 2013 se celebró en Berlín , Alemania , y asistieron unos 2.000 delegados, que presentaron 233 artículos científicos. [10]
La conferencia principal de ISMB generalmente se lleva a cabo durante tres días y consta de presentaciones, sesiones de carteles y charlas magistrales . [1]
Los trabajos académicos en la ISMB se presentaban tradicionalmente en una única vía. [3] Las presentaciones en la ISMB 1994 se dividieron en tres días temáticos, centrándose en la predicción de la estructura secundaria de las proteínas , el análisis de secuencias y las técnicas de IA y aplicaciones bioquímicas, respectivamente. [4] A medida que aumentaba la asistencia a la ISMB, el enfoque de una única vía se volvió cada vez más insostenible y se introdujeron dos vías paralelas en la ISMB/ECCB 2004. Una mayor expansión significó que, para la ISMB 2012, se presentaron más de 200 charlas en nueve vías paralelas [1], incluidas múltiples vías de actas , una vía de aspectos destacados y una vía de tecnología. La introducción de vías paralelas en la ISMB fue controvertida. Christopher Rawlings (director de Biología Computacional y de Sistemas en Rothamsted Research y organizador de la ISMB 1995) ha dicho: "Había mucha gente que quería mantenerlo más fuertemente en el modelo de sistemas inteligentes de IA y tener una reunión donde todos pudieran ir a todo. Pero simplemente creció demasiado. Simplemente no pudimos". [3] A medida que el número de artículos presentados en las actas ha aumentado, la tasa de aceptación ha disminuido drásticamente, del 75% en 1994 al 13% en 2012. [3] Las actas de la ISMB de 1993 a 2000 fueron publicadas por AAAI Press . Desde la ISMB de 2001, las actas se han publicado en la revista Bioinformatics . [11] [12] El número de carteles presentados en la ISMB también ha aumentado drásticamente. Se presentaron 25 carteles en la ISMB de 1994; [4] en las reuniones recientes de la ISMB, se han presentado entre 500 y 1000 carteles en múltiples sesiones de carteles. [1]
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Las charlas magistrales se presentan en una sola pista y generalmente atraen a la mayor audiencia. [2] Estas presentaciones se eligen para destacar la investigación destacada en el campo de la bioinformática . Entre los oradores principales notables de la ISMB se incluyen ocho premios Nobel : Richard J. Roberts (orador principal en 1994, 2006), John Sulston (1995), Manfred Eigen (1999), Gerald Edelman (2000), Sydney Brenner (2003), Kurt Wüthrich (2006), Robert Huber (2006) y Michael Levitt (2015). [5] [13] [14]
En 2012, [actualizar]la ISMB contaba con un presupuesto superior a los 1,5 millones de dólares y, en términos de ingresos, recaudaba cuatro veces más que las demás conferencias de la ISCB (ISCB-América Latina, ISCB-África , ISCB-Asia, Rocky Mountain Bioinformatics Conference, CSHALS y Great Lakes Bioinformatics Conference) en conjunto. [1] Las tarifas de inscripción estándar (en 2013) rondaban los 1.000 dólares para académicos que eran miembros de la ISCB (1.350 dólares para no miembros), con tarifas más bajas para estudiantes y tarifas más altas para delegados corporativos respectivamente. Se ofrecen descuentos para la inscripción anticipada. [15]
Los tutoriales previos a la conferencia han desempeñado un papel importante en la ISMB desde la primera conferencia. [2] Los tutoriales en la ISMB de 1994 incluyeron introducciones a algoritmos genéticos , redes neuronales , IA para biólogos moleculares y biología molecular para científicos informáticos. [4] En la ISMB/ECCB de 2013 se presentaron tutoriales sobre proteómica basada en espectrometría de masas computacional y acceso a datos ENCODE . [16]
A medida que la asistencia a la ISMB aumentó a fines de la década de 1990, se formaron varias reuniones satélite y reuniones de grupos de interés especial (SIG) junto con la conferencia principal. Las reuniones de SIG se llevan a cabo durante uno o dos días antes de la conferencia principal y se centran en un tema específico, lo que permite una discusión más detallada de la que habría tiempo para la conferencia principal. [17] Las reuniones de SIG notables incluyen la Conferencia de código abierto de bioinformática (BOSC), que se ha celebrado anualmente desde 2000 [18] y Bio-Ontologies, que se ha celebrado anualmente desde 1998. [19] Las reuniones satélite suelen durar dos días y se llevan a cabo junto con la ISMB. La 12.ª conferencia CAMDA y la 9.ª reunión 3DSIG se llevaron a cabo como reuniones satélite de la ISMB/ECCB 2013. [20] [21]
