Weigl compuso varias óperas , tanto italianas como alemanas y de diversos géneros, aunque la mayoría de sus últimas obras son piezas de música sacra. Su obra más conocida fue la ópera Die Schweizerfamilie (1809). También puso música al libreto de Vestas Feuer (1805) de Emanuel Schikaneder , después de que su íntimo amigo Ludwig van Beethoven compusiera una sola escena y luego la abandonara.
Murió en Viena.
Óperas
(estrenada por primera vez en Viena, a menos que se indique lo contrario)
Die unnütze Vorsicht oder Die betrogene Arglist , ópera de títeres en un acto, (1783)
Il pazzo per forza , ópera en dos actos (1788)
La caffettiera bizzarra , komische Oper en tres actos (1790)
Der Strazzensammler oder Ein gutes Herz ziert jeden Stand , komische Oper en un acto (1792)
La principessa d'Amalfi , komische Oper en dos actos (1794)
Das Petermännchen , obra de teatro con canciones en ocho escenas (1794)
Giulietta e Pierotto , dramma giocoso en dos actos (1794)