Flybase

Base de datos sobre genética de Drosophilidae

FlyBase es una base de datos bioinformática en línea y el principal depósito de datos genéticos y moleculares de la familia de insectos Drosophilidae . ^{[1] Para la especie y} organismo modelo más estudiado , Drosophila melanogaster , se presenta una amplia gama de datos en diferentes formatos.

La información de FlyBase proviene de una variedad de fuentes que van desde proyectos genómicos a gran escala hasta literatura de investigación primaria. Estos tipos de datos incluyen fenotipos mutantes ; caracterización molecular de alelos mutantes ; y otras desviaciones, mapas citológicos, patrones de expresión de tipo salvaje , imágenes anatómicas, construcciones e inserciones transgénicas, modelos genéticos a nivel de secuencia y clasificación molecular de funciones de productos genéticos. ^[2] Las herramientas de consulta permiten la navegación de FlyBase a través de secuencias de ADN o proteínas, por nombre de gen o mutante, o a través de términos de las diversas ontologías utilizadas para capturar datos funcionales, fenotípicos y anatómicos. La base de datos ofrece varias herramientas de consulta diferentes para proporcionar un acceso eficiente a los datos disponibles y facilitar el descubrimiento de relaciones importantes dentro de la base de datos. ^[3] Los vínculos entre FlyBase y bases de datos externas, como BDGP ^[4] o modENCODE, ^[5] brindan oportunidades para una mayor exploración de otras bases de datos de organismos modelo y otros recursos de información biológica y molecular. ^[6] El proyecto FlyBase lo lleva a cabo un consorcio de investigadores e informáticos de Drosophila de la Universidad de Harvard y la Universidad de Indiana en los Estados Unidos, y la Universidad de Cambridge en el Reino Unido.

FlyBase es una de las organizaciones que contribuyen a la base de datos de organismos modelo genéricos (GMOD). ^[7]

A partir de 2022, ^[actualizar]la página de inicio de FlyBase solicitó una tarifa de acceso al sitio web de 150,00 dólares estadounidenses por persona al año, indicando que "el NHGRI ha reducido la financiación de FlyBase en un 50%". ^[8]

Fondo

Drosophila melanogaster ha sido un organismo experimental desde principios del siglo XX y desde entonces se ha situado a la vanguardia de muchas áreas de investigación. ^[9] A medida que este campo de investigación se extendió y se volvió global, los investigadores que trabajaban en los mismos problemas necesitaban una forma de comunicarse y monitorear el progreso en el campo. Este nicho se llenó inicialmente con boletines comunitarios como el Servicio de Información sobre Drosophila (DIS), que se remonta a 1934, cuando el campo comenzaba a extenderse desde el laboratorio de Thomas Hunt Morgan . El material de estas páginas presentaba "catálogos" regulares de mutaciones y bibliografías de la literatura sobre Drosophila. A medida que se desarrolló la infraestructura informática en los años 80 y 90, estos boletines dieron paso y se fusionaron con las listas de correo de Internet, y éstas eventualmente se convirtieron en recursos y datos en línea. En 1992, los datos sobre la genética y la genómica de D. melanogaster y especies relacionadas estaban disponibles electrónicamente a través de Internet a través de los grupos de informática financiados FlyBase, BDGP (Berkeley Drosophila Genome Project) y EDGP (European Drosophila Genome Project). Estos grupos reconocieron que la mayoría de los tipos de datos comunitarios y de proyectos genómicos se superponían. Decidieron que sería valioso presentar a la comunidad científica una visión integrada de los datos. En octubre de 1992, el Centro Nacional para la Investigación del Genoma Humano de los NIH financió el proyecto FlyBase con el objetivo de diseñar, construir y liberar una base de datos de información genética y molecular relativa a Drosophila melanogaster . FlyBase también recibe el apoyo del Medical Research Council de Londres. ^[10] En 1998, el consorcio FlyBase integró la información en un único servidor genómico de Drosophila. A partir de 2022 ^[actualizar]el proyecto FlyBase fue llevado a cabo por un consorcio de investigadores de Drosophila e informáticos de la Universidad de Harvard , la Universidad de Cambridge (Reino Unido), la Universidad de Indiana y la Universidad de Nuevo México . ^[11]

Contenido

FlyBase contiene una anotación completa del genoma de Drosophila melanogaster que se actualiza varias veces al año. ^[12] También incluyó una bibliografía de búsqueda de investigaciones sobre la genética de Drosophila en el último siglo. Se pudo buscar información sobre los investigadores actuales y un pedigrí parcial de las relaciones entre los investigadores actuales, según el registro del científico participante. ^[13] El sitio también proporciona una gran base de datos de imágenes que ilustran el genoma completo y varias películas que detallan la embriogénesis (ImageBrowser). Los dos principales afluentes de la base de datos son los grandes conjuntos de datos de múltiples especies depositados por el Consorcio de 12 Genomas de Drosophila (Clark et al 2007) y Crosby et al 2007. ^[14]

Estrategias de búsqueda: los informes genéticos de los doce genomas secuenciados de Drosophila están disponibles en FlyBase. Hay cuatro formas principales en que se pueden explorar estos datos: archivos precalculados ^[15] BLAST, ^[16] Gbrowse, ^[17] y páginas de informes genéticos. Los archivos Gbrowse y precalculados están destinados al análisis de todo el genoma, la bioinformática y la genómica comparativa. Las páginas BLAST y de informes genéticos son para un gen, proteína o región específica de la especie.

Cuando se busca citología hay dos herramientas principales disponibles. Utilice Cytosearch ^[18] cuando busque genes o deficiencias mapeados citológicamente que no hayan sido mapeados molecularmente en la secuencia. Utilice Gbrowse cuando busque secuencias, inserciones o sondas Affymetrix mapeadas molecularmente.

Hay dos herramientas de consulta principales en FlyBase. La primera herramienta de consulta principal se llama Jump to Gene (J2G). Esto se encuentra en la parte superior derecha de la barra de navegación azul en cada página de FlyBase. Esta herramienta es útil cuando sabes exactamente lo que estás buscando y quieres ir a la página del informe con esos datos. La segunda herramienta de consulta principal se llama QuickSearch. Este se encuentra en la página de inicio de FlyBase. Esta herramienta es más útil cuando desea buscar rápidamente algo sobre lo que quizás solo sepa un poco. La búsqueda se puede realizar únicamente dentro de D. melanogaster o dentro de todas las especies. Se pueden buscar datos distintos de los genes utilizando el menú 'clase de datos'.

Investigación relacionada

A continuación se proporcionan dos ejemplos de investigaciones relacionadas con FlyBase o que utilizan:

• El primero es un estudio de genes expresados ​​en Toxoptera citricida alate (que significa "que tiene alas") , más comúnmente conocido como pulgón marrón de los cítricos. El pulgón pardo de los cítricos es considerado el principal vector del virus de la tristeza de los cítricos , un patógeno severo que causa pérdidas a las industrias citrícolas en todo el mundo. La forma alada de este pulgón puede volar largas distancias con el viento, lo que le permite propagar el virus de la tristeza de los cítricos en las regiones productoras de cítricos. Para comprender mejor la biología del pulgón marrón de los cítricos y la aparición de genes expresados ​​durante el desarrollo de las alas, los investigadores llevaron a cabo un proyecto a gran escala de secuenciación del extremo 5' de clones de ADNc de pulgones alados. Proyectos similares de secuenciación de etiquetas de secuencia expresada (EST) a gran escala de otros insectos han proporcionado un vehículo para responder preguntas biológicas relacionadas con el desarrollo y la fisiología. Aunque existe una base de datos cada vez mayor en GenBank de tecnologías ecológicamente racionales de insectos, la mayoría son de Drosophila melanogaster, y relativamente pocas derivan específicamente de pulgones. Los investigadores pudieron proporcionar un gran conjunto de datos sobre tecnologías ecológicamente racionales del pulgón alado (alado) marrón de los cítricos y comenzaron a analizar este valioso recurso. Pudieron hacer esto con la ayuda de información sobre Drosophila melanogaster en FlyBase. La supuesta identidad de secuencia se determinó mediante búsquedas BLAST. Las coincidencias de secuencia con puntuaciones de valor E ≤ −10 se consideraron significativas y se clasificaron de acuerdo con el sistema de clasificación Gene Ontology (GO) basado en la anotación de las 5 coincidencias de "mejores resultados" en las búsquedas de BLASTX. Todas las coincidencias de D. melanogaster se catalogaron utilizando FlyBase. Casi todas estas coincidencias de "mejores resultados" se caracterizaron con respecto a los genes funcionalmente anotados en D. melanogaster utilizando FlyBase. La información genética es crucial para avanzar en la comprensión de la biología de los pulgones y desempeñará un papel importante en el desarrollo de futuras estrategias de control no químicas y basadas en genes contra estas plagas de insectos. ^[19]
• Mejora de la anotación de la ontología genética de Drosophila: qué hacen los productos genéticos y dónde lo hacen son preguntas importantes para los biólogos. El proyecto Gene Ontology se estableció hace 13 años para resumir estos datos de manera consistente en diferentes bases de datos mediante el uso de un conjunto común de términos de vocabulario definidos. También codifican relaciones entre términos. El Proyecto de Ontología Genética es una importante iniciativa bioinformática cuyo objetivo es estandarizar la representación de atributos de genes y productos genéticos entre especies y bases de datos. El proyecto también proporciona datos de anotaciones de productos genéticos de los miembros del consorcio GO. ^[20] FlyBase fue uno de los tres miembros fundadores del Gene Ontology Consortium. La anotación GO comprende al menos tres componentes: un término GO que describe la función molecular, el papel biológico o la ubicación subcelular; un "código de evidencia" que describe el tipo de análisis utilizado para respaldar el término GO; y una atribución a una referencia específica. La anotación GO es útil para análisis tanto a pequeña como a gran escala. Puede proporcionar una primera indicación de la naturaleza de un producto genético y, junto con códigos de evidencia, señalar directamente artículos con datos experimentales pertinentes. Las prioridades actuales para la anotación son: homólogos de genes de enfermedades humanas, genes que están altamente conservados en todas las especies, genes involucrados en vías bioquímicas/de señalización y genes tópicos que han demostrado ser de gran interés en publicaciones recientes. FlyBase ha estado contribuyendo con anotaciones GO al proyecto desde que comenzó en agosto de 2006. Las anotaciones GO aparecen en la página Gene Report en FlyBase. Los datos GO se pueden buscar en FlyBase utilizando TermLink y QueryBuilder. El GO es dinámico y puede cambiar a diario, por ejemplo, añadiendo nuevos términos. Para mantenerse al día, FlyBase carga una nueva versión de GO cada una o dos versiones de FlyBase. El conjunto de anotaciones GO se envía al Gobierno de China al mismo tiempo que se lanza una nueva versión de FlyBase. ^[21]

Ver también

• Lista de bases de datos de Drosophila
• Bases de datos de organismos modelo
• Base de gusano
• xenbase

notas y referencias

1. Thurmond, Jim; Goodman, Josué L; Strelets, Víctor B; Attrill, Helen; Gramates, L Sian; Marygold, Steven J; Matthews, Beverly B; Millburn, Gillian; Antonazzo, Julia; Trovisco, Vítor; Kaufman, Thomas C; Calvi, Brian R; Perrimon, Norberto; Gelbart, Susan Russo; Agapite, Julie; Broll, Kris; Crosby, Lynn; Santos, Gilberto dos; Emmert, David; Gramates, L Sian; Caídas, Kathleen; Jenkins, Victoria; Matthews, Beverly; Sutherland, Carol; Tabone, Cristóbal; Zhou, Pinglei; Zytkovicz, Mark; Marrón, Nick; Antonazzo, Julia; Attrill, Helen; Garapati, Phani; Holmes, Alex; Larkin, Aoife; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Peregrina, Clara; Trovisco, Vítor; Urbano, Pepe; Kaufman, Thomas; Calvi, Brian; Czoch, Bryon; Buen hombre, Josh; Strelets, Víctor; Thurmond, Jim; Cripps, Richard; Baker, Phillip (8 de enero de 2019). "FlyBase 2.0: la próxima generación". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D759-D765. doi : 10.1093/nar/gky1003 . PMC  6323960 . PMID  30364959.
2. Crosby, Madeline A; et al. (2007). "FlyBase: genomas por docena". Investigación de ácidos nucleicos . Revistas de Oxford. 35 (Problema de base de datos): D486–D491. doi : 10.1093/nar/gkl827 . PMC 1669768 . PMID  17099233. 
3. Wilson, RJ; Goodman, JL; Strelets, VB (2008). "FlyBase: integración y mejoras a herramientas de consulta". Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D588–93. doi : 10.1093/nar/gkm930. PMC 2238994 . PMID  18160408. 
4. BDGP
5. modENCODE
6. Drysdale, R (2008). "FlyBase: una base de datos para la comunidad de investigación de Drosophila". Drosofila . Métodos Mol. Biol. vol. 420, págs. 45–59. doi :10.1007/978-1-59745-583-1_3. ISBN 978-1-58829-817-1. PMID  18641940.
7. Base de datos de organismos modelo genéricos (GMOD).
8. "Página de inicio". FlyBase . Consultado el 24 de abril de 2022 .
9. Pete Geiger (2002). "Una introducción a la Drosophila Melanogaster". BIOLOGÍA.ARIZONA.EDU. Archivado desde el original el 2 de agosto de 2013.
10. Gelbart, WM; Crosby, M; Mateos, B; Rindone, WP; Chillemi, J; Russo Twombly, S; Emmert, D; Quemador de cenizas, M; Drysdale, RA; Whitfield, E; Millburn, GH; de Grey, A; Kaufman, T; Mateos, K; Gilbert, D; Strelets, V; Tolstoshev, C (1997). "FlyBase: una base de datos de Drosophila. El consorcio FlyBase". Ácidos nucleicos Res . 25 (1): 63–6. doi :10.1093/nar/25.1.63. PMC 146418 . PMID  9045212. 
11. "FlyBase: Acerca de - Consorcio FlyBase". Wiki de Flybase . Consultado el 24 de abril de 2022 .
12. Drysdale, Raquel; Consorcio Flybase (19 de julio de 2008). "FlyBase: una base de datos para la comunidad de investigación de Drosophila". En Dahmann, Christian (ed.). Drosofila . Métodos en Biología Molecular . vol. 420. Totowa, Nueva Jersey, Estados Unidos: Humana Press. págs. 45–59. doi :10.1007/978-1-59745-583-1_3. ISBN 978-1-58829-817-1. PMID  18641940.
13. "Encontrar una persona". Archivado desde el original el 25 de mayo de 2019.^{[ enlace muerto ]}
14. Tweedie, Susan; Ashburner, Michael; Caídas, Kathleen; Leyland, Pablo; McQuilton, Peter; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Osumi-Sutherland, David; Schroeder, Andrés; Sello, Rut; Zhang, Haiyan; El consorcio FlyBase (1 de enero de 2009). "FlyBase: mejora de las anotaciones de la ontología del gen de Drosophila". Investigación de ácidos nucleicos . OUP . 37 (Base de datos): D555 – D559. doi : 10.1093/nar/gkn788. ISSN  0305-1048. PMC 2686450 . PMID  18948289. S2CID  332782. 
15. Archivos precalculados
16. Explosión
17. Explorar
18. Citobúsqueda
19. Cazador, WB; Maldita sea, PM; Bausher, MG; Chaparro, JX; McKendree, W; Se rompe, RG; McKenzie, CL; Sinisterra, XH (2003). "Biología del pulgón: genes expresados ​​​​de Toxoptera citricida alado, el pulgón marrón de los cítricos". J. Ciencia de insectos . 3 : 23. doi : 10.1093/jis/3.1.23. PMC 524662 . PMID  15841239. 
20. "La ontología genética" . Consultado el 31 de mayo de 2017 .
21. Tweedie, Susan; et al. (2009). "FlyBase: mejora de las anotaciones de ontologías de genes de Drosophila". Investigación de ácidos nucleicos . Revistas de Oxford. 37 (Problema de base de datos): D555 – D559. doi : 10.1093/nar/gkn788. PMC 2686450 . PMID  18948289. 

enlaces externos

• Sitio oficial