stringtranslate.com

CAZy

CAZy es una base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZymes). [1] [2] La base de datos contiene una clasificación e información asociada sobre las enzimas involucradas en la síntesis, el metabolismo y el reconocimiento de carbohidratos complejos , es decir, disacáridos , oligosacáridos , polisacáridos y glicoconjugados . En la base de datos se incluyen familias de glucósido hidrolasas , [3] glicosiltransferasas , [4] polisacárido liasas , [5] esterasas de carbohidratos , [6] y módulos de unión a carbohidratos no catalíticos . [7] La ​​base de datos CAZy también incluye una clasificación de enzimas redox de actividad auxiliar implicadas en la degradación de la lignocelulosa . [8]

CAZy se estableció en 1999 con el fin de proporcionar acceso en línea y constantemente actualizado a la clasificación familiar de CAZymes basada en secuencias de proteínas , [1] que se desarrolló originalmente a principios de la década de 1990 para clasificar las glucósidos hidrolasas . [9] Las nuevas entradas se agregan poco después de que aparecen en las publicaciones diarias de GenBank . La rápida evolución de la secuenciación de ADN de alto rendimiento ha dado como resultado el continuo crecimiento exponencial de la base de datos CAZy, [1] [2] [9] que ahora cubre cientos de miles de secuencias. [10] CAZy continúa siendo curado y desarrollado por el grupo de Glucogenómica de AFMB, un centro de investigación afiliado al Centro Nacional Francés de Investigación Científica y la Universidad de Aix-Marsella . [11] [12]

La base de datos CAZy está acoplada con CAZypedia , que se lanzó en 2007 como una enciclopedia de CAZymes basada en wiki , impulsada por una comunidad de investigación. [13]

Clasificación

CAZy identifica familias de glicosilhidrolasas relacionadas evolutivamente utilizando la clasificación introducida por Bernard Henrissat. [3] [9] [14] A estas familias se les asigna un número para identificarlas, por lo que, por ejemplo, la familia 1 de glicosilhidrolasa contiene enzimas que poseen un pliegue en barril TIM . Estas familias están agrupadas en 14 clanes diferentes que comparten similitudes estructurales. CAZy contiene 94 familias de enzimas glicosiltransferasas, [4] 22 familias de polisacáridos lisasas [5] y 16 familias de esterasas de carbohidratos.

Referencias

  1. ^ abcd Lombard, V.; Golaconda Ramulu, H.; Dráula, E.; Coutinho, primer ministro; Henrissat, B. (2014). "La base de datos de enzimas activas sobre carbohidratos (CAZy) en 2013". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D490–D495. doi : 10.1093/nar/gkt1178. PMC  3965031 . PMID  24270786.
  2. ^ ab Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (enero de 2009). "La base de datos de enzimas activas de carbohidratos (CAZy): un recurso experto en glicogenómica". Ácidos nucleicos Res . 37 (Problema de la base de datos): D233–8. doi : 10.1093/nar/gkn663. PMC 2686590 . PMID  18838391. 
  3. ^ ab Henrissat, B.; Davies, G. (1997). "Clasificación estructural y basada en secuencias de glucósidos hidrolasas". Opinión actual en biología estructural . 7 (5): 637–644. doi :10.1016/S0959-440X(97)80072-3. PMID  9345621.
  4. ^ ab Coutinho, primer ministro; Deleury, E.; Davies, GJ; Henrissat, B. (2003). "Una clasificación familiar jerárquica en evolución para las glicosiltransferasas". Revista de biología molecular . 328 (2): 307–317. doi :10.1016/S0022-2836(03)00307-3. PMID  12691742.
  5. ^ ab Lombard, V.; Bernardo, T.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Coutinho, primer ministro; Henrissat, B. (2010). "Una clasificación jerárquica de polisacáridos liasas para glucogenómica". Revista Bioquímica . 432 (3): 437–444. doi : 10.1042/BJ20101185 . PMID  20925655.
  6. ^ Nakamura, Aline M.; Nascimento, Alessandro S.; Polikarpov, Igor (2017). "Diversidad estructural de carbohidratos esterasas". Investigación e Innovación en Biotecnología . 1 (1): 35–51. doi : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .
  7. ^ Armenta, Silvia; Moreno-Mendieta, Silvia; Sánchez-Cuapio, Zaira; Sánchez, Sergio; Rodríguez-Sanoja, Romina (2017). "Avances en ingeniería molecular de módulos de unión a carbohidratos". Proteínas . 85 (9): 1602-1617. doi :10.1002/prot.25327. PMID  28547780. S2CID  26493197.
  8. ^ Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (marzo de 2013). "Ampliación del repertorio enzimático de la base de datos CAZy para integrar enzimas redox auxiliares". Biocombustibles biotecnológicos . 6 (1): 41. doi : 10.1186/1754-6834-6-41 . PMC 3620520 . PMID  23514094. 
  9. ^ abc Davies GJ, Sinnott ML (2008). "Clasificación de lo diverso: clasificaciones basadas en secuencias de enzimas activas en carbohidratos" (PDF) . El Bioquímico . 30 (4): 26–32. doi : 10.1042/BIO03004026 .
  10. ^ Las estadísticas actuales están disponibles en cada página de la sección Glucósido hidrolasa, Glicosiltransferasa, Polisacárido liasa, Carbohidrato esterasa, Actividad auxiliar y Módulo de unión a carbohidratos.
  11. ^ "Acerca de". CAZy.org . Consultado el 3 de septiembre de 2014 .
  12. ^ "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSELLA UNIV". www.afmb.univ-mrs.fr . Consultado el 3 de septiembre de 2014 .
  13. ^ Consorcio CAZypedia (2018). "Diez años de CAZypedia: una enciclopedia viviente de enzimas activas sobre carbohidratos". Glicobiología . 28 (1): 3–8. doi : 10.1093/glicob/cwx089 . hdl : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . PMID  29040563.
  14. ^ Henrissat, B. (1991). "Una clasificación de glicosilhidrolasas basada en similitudes de secuencia de aminoácidos". La revista bioquímica . 280 (Parte 2): 309–316. doi :10.1042/bj2800309. PMC 1130547 . PMID  1747104. 

enlaces externos