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Cloroflexia

Las cloroflexias son una clase de bacterias del filo Chloroflexota . Las cloroflexias son típicamente filamentosas y pueden desplazarse mediante deslizamiento bacteriano . Su nombre deriva del orden Chloroflexales . [1]

Etimología

El nombre "Chloroflexi" es un plural neolatino de "Chloroflexus", que es el nombre del primer género descrito. El sustantivo es una combinación del griego chloros (χλωρός) [2] que significa "amarillo verdoso" y el latín flexus (de flecto ) [3] que significa "doblado" para significar "una curvatura verde". [4] El nombre no se debe al cloro, un elemento confirmado como tal en 1810 por Sir Humphry Davy y llamado así por su color verde pálido.

Taxonomía y firmas moleculares

La clase Chloroflexia es un grupo de bacterias fotosintéticas de ramificación profunda (con la excepción de las especies Herpetosiphon y Kallotenue ) que actualmente constan de tres órdenes: Chloroflexales , Herpetosiphonales y Kallotenuales. [1] [5] [6] [7] [8] Los Herpetosiphonales y Kallotenuales constan cada uno de un solo género dentro de su propia familia, Herpetosiphonaceae ( Herpetosiphon ) y Kallotenuaceae ( Kallotenue ), respectivamente, mientras que los Chloroflexales son más diversos filogenéticamente. [1] [5] [7]

Características distintivas microscópicas

Los miembros del filo Chloroflexota son monodermos y se tiñen principalmente como Gram negativos, mientras que la mayoría de las especies bacterianas son didermos y se tiñen como Gram negativos , con las excepciones Gram positivas de Bacillota (Gram positivos con bajo GC), Actinomycetota (Gram positivos con alto GC) y Deinococcota (Gram positivos, didermos con peptidoglicano espeso). [9] [10] [11]

Caracteres genéticos distintivos

El análisis genómico comparativo ha refinado recientemente la taxonomía de la clase Chloroflexia , dividiendo a los Chloroflexales en el suborden Chloroflexineae , que consiste en las familias Oscillachloridaceae y Chloroflexaceae , y el suborden Roseiflexineae, que contiene a la familia Roseiflexaceae . [1] La taxonomía revisada se basó en la identificación de una serie de indeles de firma conservados (CSI) que sirven como marcadores moleculares altamente confiables de ascendencia compartida. [12] [13] [14] [15]

Características fisiológicas distintivas

Un apoyo adicional para la división de los Chloroflexales en dos subórdenes son las diferencias observadas en las características fisiológicas, donde cada suborden se caracteriza por distintos carotenoides , quinonas y perfiles de ácidos grasos que están constantemente ausentes en el otro suborden. [1] [16] [17]

Además de demarcar rangos taxonómicos, los CSI pueden desempeñar un papel en las características únicas de los miembros dentro del clado: en particular, un inserto de cuatro aminoácidos en la proteína piruvato flavodoxina/ferredoxina oxidorreductasa, una proteína que desempeña papeles importantes en los organismos fotosintéticos, se ha encontrado exclusivamente entre todos los miembros del género Chloroflexus , y se cree que desempeña un papel funcional importante. [18] [19]

Se han realizado trabajos adicionales utilizando CSI para demarcar la posición filogenética de Chloroflexia en relación con otros grupos fotosintéticos como las cianobacterias. [20] Chloroflexia comparte una serie de CSI con Chlorobiota en las proteínas que sintetizan clorofila. Como los dos linajes no están estrechamente relacionados, la interpretación es que los CSI son el resultado de un evento de transferencia horizontal de genes entre los dos. Chloroflexia a su vez adquirió estas proteínas mediante otra transferencia horizontal de genes de una cianobacteria marina del "Clado C". [21]

Filogenia

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada es la siguiente: [1] [5] [28]

Clase Chloroflexia Gupta et al. 2013

Véase también

Referencias

  1. ^ abcdef Gupta RS, Chander P, George S (2013). "Marco filogenético y firmas moleculares para la clase Chloroflexia y sus diferentes clados; propuesta para la división de la clase Chloroflexia class. nov. [corregida] en el suborden Chloroflexineae subord. nov., que consiste en la familia enmendada Oscillochloridaceae y la familia Chloroflexaceae fam. nov., y el suborden Roseiflexineae subord. nov., que contiene la familia Roseiflexaceae fam. nov". Antonie van Leeuwenhoek . 103 (1): 99–119. doi :10.1007/s10482-012-9790-3. PMID  22903492.
  2. ^ χλωρός. Liddell, Henry George ; Scott, Robert ; Un léxico griego-inglés en el Proyecto Perseo
  3. ^ Lewis, Charlton T. y Charles Short, A Latin Dictionary . Oxford: Clarendon Press, 1879. Versión en línea en Perseus
  4. ^ Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; James T. Staley (26 de julio de 2005) [1984]. "Ensayos introductorios". En Garrity, George M. (ed.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2A (2.ª ed.). Nueva York: Springer (edición original: Londres: Williams & Wilkins). pág. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. Biblioteca Británica n.º GBA561951.
  5. ^ abc Cole JK, Gieler BA, Heisler DL, Palisoc MM, Williams AJ, Dohnalkova AC, Ming H, Yu TT, Dodsworth JA, Li WJ, Hedlund BP (2013). "Kallotenue papyrolyticum gen. nov., sp. nov., un termófilo celulolítico y filamentoso que representa un nuevo linaje (Kallotenuales ord. nov., Kallotenuaceae fam. nov.) dentro de la clase Chloroflexia". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 63 (Parte 12): 4675–82. doi :10.1099/ijs.0.053348-0. PMID  23950149.
  6. ^ Gupta RS, Mukhtar T, Singh B (1999). "Relaciones evolutivas entre procariotas fotosintéticos ( Heliobacterium chlorum , Chloroflexus aurantiacus , cianobacterias, Chlorobium tepidum y proteobacterias): implicaciones con respecto al origen de la fotosíntesis". Mol Microbiol . 32 (5): 893–906. doi :10.1046/j.1365-2958.1999.01417.x. PMID  10361294.
  7. ^ ab Sayers; et al. "Chloroflexia". base de datos de taxonomía. Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 25 de octubre de 2016 .
  8. ^ Euzeby J (2013). "Lista de nuevos nombres y nuevas combinaciones publicadas previamente de manera efectiva, pero no válida". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 63 : 1577–1580. doi :10.1099/ijs.0.052571-0.
  9. ^ Sutcliffe, IC (2010). "Una perspectiva a nivel de filo sobre la arquitectura de la envoltura celular bacteriana". Tendencias en microbiología . 18 (10): 464–470. doi :10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  10. ^ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). "El análisis comparativo del proteoma de Acidaminococcus intestini respalda una relación entre la biogénesis de la membrana externa en Negativicutes y Proteobacteria" (PDF) . Arch. Microbiol . 196 (4): 307–310. doi :10.1007/s00203-014-0964-4. PMID  24535491.
  11. ^ Gupta RS (2003). "Relaciones evolutivas entre bacterias fotosintéticas". Photosynth Res . 76 (1–3): 173–183. doi :10.1023/A:1024999314839. PMID  16228576.
  12. ^ Gupta, RS (2016). "Impacto de la genómica en la comprensión de la evolución y la clasificación microbiana: la importancia de las opiniones de Darwin sobre la clasificación". FEMS Microbiol. Rev. 40 ( 4): 520–553. doi : 10.1093/femsre/fuw011 . PMID:  27279642.
  13. ^ Gupta, RS (1998). "Filogenias de proteínas y secuencias distintivas: una reevaluación de las relaciones evolutivas entre arqueobacterias, eubacterias y eucariotas". Microbiology and Molecular Biology Reviews . 62 (4): 1435–1491. doi :10.1128/MMBR.62.4.1435-1491.1998. PMC 98952 . PMID  9841678. 
  14. ^ Rokas, A.; Holland, PW (2000). "Cambios genómicos raros como herramienta para la filogenética". Tendencias en ecología y evolución . 15 (11): 454–459. doi :10.1016/S0169-5347(00)01967-4. PMID  11050348.
  15. ^ Gupta, RS; Griffiths, E. (2002). "Cuestiones críticas en la filogenia bacteriana". Biología de poblaciones teórica . 61 (4): 423–434. doi :10.1006/tpbi.2002.1589. PMID  12167362.
  16. ^ Hanada, S.; Pierson, BK (2006). "La familia Chloroflexaceae". En Dworkin, M.; Falkow, S.; Rosenberg, E.; Schleifer, KH; Stackebrandt, E. (eds.). Los procariotas: un manual sobre la biología de las bacterias . Nueva York: Springer. págs. 815–842.
  17. ^ Pierson, BK; Castenholz, RW (1992). "La familia Chloroflexaceae". En Balows, A.; Truper, HG; Dworkin, M.; Harder, W.; Schleifer, KH (eds.). Los procariotas . Nueva York: Springer. págs. 3754–3775.
  18. ^ Gupta RS (2010). "Firmas moleculares de los principales filos de bacterias fotosintéticas y sus subgrupos". Photosynth. Res . 104 (2–3): 357–372. doi :10.1007/s11120-010-9553-9. PMID  20414806.
  19. ^ Stolz, FM; Hansmann, I. (1990). "Un RFLP de MspI detectado por la sonda pFMS76 D20S23 aislada de una biblioteca de ADN específica del cromosoma 20 clasificada por flujo". Nucleic Acids Research . 18 (7): 1929. doi :10.1093/nar/18.7.1929. PMC 330654 . PMID  1692410. 
  20. ^ Khadka B, Adeolu M, Blankenship RE , Gupta RS (2016). "Nuevos conocimientos sobre el origen y la diversificación de la fotosíntesis basados ​​en análisis de indeles conservados en las proteínas del centro de reacción central". Photosynth Res . 131 (2): 159–171. doi :10.1007/s11120-016-0307-1. PMID  27638319.
  21. ^ Gupta RS (2012). "Origen y propagación de la fotosíntesis en función de las características de secuencia conservadas en proteínas clave de la biosíntesis de bacterioclorofila". Mol Biol Evol . 29 (11): 3397–412. doi : 10.1093/molbev/mss145 . PMID  22628531.
  22. ^ "El LTP" . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
  23. ^ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
  24. ^ "Notas de la versión LTP_08_2023" (PDF) . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
  25. ^ "GTDB release 07-RS207". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .
  26. ^ "bac120_r207.sp_labels". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .
  27. ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .
  28. ^ Clasificación de Chloroflexi en LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 de noviembre de 2020). "La lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) se traslada al DSMZ". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  29. ^ Wu, Q.; Watts, JEM; Sowers, KR; May, HD (2002). "Identificación de una bacteria que cataliza específicamente la decloración reductiva de bifenilos policlorados con cloro doblemente flanqueado". Microbiología aplicada y ambiental . 68 (2): 807–812. doi :10.1128/AEM.68.2.807-812.2002. PMC 126686 . PMID  11823222. 

Lectura adicional

Enlaces externos

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