Esto permitió a misioneros de varias órdenes establecerse en misiones con los clanes en todo lo ancho del país.
Este periodo estuvo marcado por el inicio de los conflictos entre los europeos y las tribus africanas.
Los primeros tres misioneros que contactaron con el pueblo sotho fueron: Thomas Arbousset, Eugene Casalis y Constant Gosselin de la Sociedad Misionera Evangélica de París (PEMS), que se establecieron en Morija, llevando a cabo trabajos creando una ortografía para el idioma sotho e instalando la primera imprenta.
Por razones estratégicas y sobre todo para protegerse de los afrikáneres, Basutolandia estableció alianzas con la Colonia británica del Cabo en 1843.
Durante el periodo que siguió se produjeron muchos conflictos entre los sothos, los afrikáneres y los ingleses.