La Base de datos de toxicogenómica comparada ( CTD ) es un sitio web público y una herramienta de investigación lanzada en noviembre de 2004 que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas/fármacos, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción. La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte .
Fondo
La Base de datos de toxicogenómica comparada (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción, y se lanzó el 12 de noviembre de 2004. [ 1] [2] [3] [4]
La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte. [ cita necesaria ]
Metas y objetivos
Uno de los objetivos principales de CTD es avanzar en la comprensión de los efectos de las sustancias químicas ambientales en la salud humana a nivel genético, un campo llamado toxicogenómica .
La etiología de muchas enfermedades crónicas implica interacciones entre factores ambientales y genes que modulan importantes procesos fisiológicos. Los productos químicos son un componente importante del medio ambiente. Se sabe que afecciones como el asma , el cáncer, la diabetes , la hipertensión , la inmunodeficiencia y la enfermedad de Parkinson están influenciadas por el medio ambiente; sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas correlaciones no se comprenden bien. CTD puede ayudar a resolver estos mecanismos. La lista extensa más actualizada de artículos científicos revisados por pares sobre CTD está disponible en su página de publicaciones [5]
Datos básicos
CTD es un recurso único donde los biocuradores [6] [7] leen la literatura científica y seleccionan manualmente cuatro tipos de datos básicos:
- Interacciones entre genes químicos
- Asociaciones de enfermedades químicas
- Asociaciones gen-enfermedad
- Asociaciones químico-fenotípicas
Integración de datos
Al integrar los cuatro conjuntos de datos anteriores, CTD construye automáticamente supuestas redes químicas, genes, fenotipos y enfermedades para iluminar los mecanismos moleculares subyacentes a las enfermedades influenciadas por el medio ambiente.
Estas relaciones inferidas se califican y clasifican estadísticamente y pueden ser utilizadas por científicos y biólogos computacionales para generar y verificar hipótesis comprobables sobre los mecanismos toxicogenómicos y cómo se relacionan con la salud humana.
Los usuarios pueden buscar CTD para explorar datos científicos sobre sustancias químicas, genes, enfermedades o interacciones entre cualquiera de estos tres conceptos. Actualmente, [ ¿cuándo? ] CTD integra datos toxicogenómicos para vertebrados e invertebrados.
CTD integra datos o hipervínculos a estas bases de datos:
Referencias
- ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (septiembre de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD): un recurso para estudios toxicológicos comparativos". Revista de zoología experimental Parte A: Biología experimental comparada . 305 (9): 689–92. doi :10.1002/jez.a.307. PMC 1586110 . PMID 16902965.
- ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (agosto de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD): un recurso entre especies para construir redes de interacción entre genes y sustancias químicas". Toxico. Ciencia . 92 (2): 587–95. doi : 10.1093/toxsci/kfl008. PMC 1586111 . PMID 16675512.
- ^ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). "Promoción de estudios moleculares comparativos en la investigación de salud ambiental: una descripción general de la base de datos de toxicogenómica comparada (CTD)". Farmacogenómica J. 4 (1): 5–8. doi : 10.1038/sj.tpj.6500225 . PMID 14735110.
- ^ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (mayo de 2003). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD)". Reinar. Perspectiva de Salud . 111 (6): 793–5. doi :10.1289/ehp.6028. PMC 1241500 . PMID 12760826. Archivado desde el original el 6 de junio de 2010.
- ^ Página de publicaciones de CTD ctdbase.org
- ^ Bourne PE, McEntyre J (octubre de 2006). "Biocuradores: contribuyentes al mundo de la ciencia". Computación más. Biol . 2 (10): e142. Código Bib : 2006PLSCB...2..142B. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157 . PMID 17411327.
- ^ Salimi N, Vita R (octubre de 2006). "El biocurador: conectando y mejorando datos científicos". Computación más. Biol . 2 (10): e125. Código Bib : 2006PLSCB...2..125S. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147 . PMID 17069454.
- ^ ChemIDplus Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU., sin fecha, consultado el 7 de noviembre de 2015
- ^ diXa Data Warehouse nd, consultado el 7 de noviembre de 2015
- ^ Hendrickx, DM; Aerts, HJWL; Caimento, F.; Clark, D.; Ebbels, TMD; Evelo, CT; Gmünder, H.; Hebels, DGAJ; Herwig, R.; Hescheler, J.; Jennen, DGJ; Jetten, MJA; Kanterakis, S.; Keun, HC; Matser, V.; Overington, JP; Pilicheva, E.; Sarkans, U.; Segura-Lepe, diputado; Sotiriadou, I.; Wittenberger, T.; Wittwehr, C.; Zanzi, A.; Kleinjans, JCS (12 de diciembre de 2014). "diXa: una infraestructura de datos para la evaluación de la seguridad química". Bioinformática . 31 (9): 1505-1507. doi : 10.1093/bioinformática/btu827. PMC 4410652 . PMID 25505093.
- ^ Train online, Datos de enfermedades Laboratorio Europeo de Biología Molecular, sin fecha, consultado el 7 de noviembre de 2015
- ^ Taxonomía NCBI
enlaces externos
- Base de datos de toxicogenómica comparada
- Laboratorio Biológico MDI