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Base de datos de toxicogenómica comparada

La Base de datos de toxicogenómica comparada ( CTD ) es un sitio web público y una herramienta de investigación lanzada en noviembre de 2004 que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas/fármacos, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción. La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte .

Fondo

La Base de datos de toxicogenómica comparada (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción, y se lanzó el 12 de noviembre de 2004. [ 1] [2] [3] [4] La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte. [ cita necesaria ]

Metas y objetivos

Uno de los objetivos principales de CTD es avanzar en la comprensión de los efectos de las sustancias químicas ambientales en la salud humana a nivel genético, un campo llamado toxicogenómica .

La etiología de muchas enfermedades crónicas implica interacciones entre factores ambientales y genes que modulan importantes procesos fisiológicos. Los productos químicos son un componente importante del medio ambiente. Se sabe que afecciones como el asma , el cáncer, la diabetes , la hipertensión , la inmunodeficiencia y la enfermedad de Parkinson están influenciadas por el medio ambiente; sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas correlaciones no se comprenden bien. CTD puede ayudar a resolver estos mecanismos. La lista extensa más actualizada de artículos científicos revisados ​​por pares sobre CTD está disponible en su página de publicaciones [5]

Datos básicos

CTD es un recurso único donde los biocuradores [6] [7] leen la literatura científica y seleccionan manualmente cuatro tipos de datos básicos:

Integración de datos

Al integrar los cuatro conjuntos de datos anteriores, CTD construye automáticamente supuestas redes químicas, genes, fenotipos y enfermedades para iluminar los mecanismos moleculares subyacentes a las enfermedades influenciadas por el medio ambiente.

Estas relaciones inferidas se califican y clasifican estadísticamente y pueden ser utilizadas por científicos y biólogos computacionales para generar y verificar hipótesis comprobables sobre los mecanismos toxicogenómicos y cómo se relacionan con la salud humana.

Los usuarios pueden buscar CTD para explorar datos científicos sobre sustancias químicas, genes, enfermedades o interacciones entre cualquiera de estos tres conceptos. Actualmente, [ ¿cuándo? ] CTD integra datos toxicogenómicos para vertebrados e invertebrados.

CTD integra datos o hipervínculos a estas bases de datos:

Referencias

  1. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (septiembre de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD): un recurso para estudios toxicológicos comparativos". Revista de zoología experimental Parte A: Biología experimental comparada . 305 (9): 689–92. doi :10.1002/jez.a.307. PMC  1586110 . PMID  16902965.
  2. ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (agosto de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD): un recurso entre especies para construir redes de interacción entre genes y sustancias químicas". Toxico. Ciencia . 92 (2): 587–95. doi : 10.1093/toxsci/kfl008. PMC 1586111 . PMID  16675512. 
  3. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). "Promoción de estudios moleculares comparativos en la investigación de salud ambiental: una descripción general de la base de datos de toxicogenómica comparada (CTD)". Farmacogenómica J. 4 (1): 5–8. doi : 10.1038/sj.tpj.6500225 . PMID  14735110.
  4. ^ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (mayo de 2003). "La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD)". Reinar. Perspectiva de Salud . 111 (6): 793–5. doi :10.1289/ehp.6028. PMC 1241500 . PMID  12760826. Archivado desde el original el 6 de junio de 2010. 
  5. ^ Página de publicaciones de CTD ctdbase.org
  6. ^ Bourne PE, McEntyre J (octubre de 2006). "Biocuradores: contribuyentes al mundo de la ciencia". Computación más. Biol . 2 (10): e142. Código Bib : 2006PLSCB...2..142B. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157 . PMID  17411327. 
  7. ^ Salimi N, Vita R (octubre de 2006). "El biocurador: conectando y mejorando datos científicos". Computación más. Biol . 2 (10): e125. Código Bib : 2006PLSCB...2..125S. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147 . PMID  17069454. 
  8. ^ ChemIDplus Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU., sin fecha, consultado el 7 de noviembre de 2015
  9. ^ diXa Data Warehouse nd, consultado el 7 de noviembre de 2015
  10. ^ Hendrickx, DM; Aerts, HJWL; Caimento, F.; Clark, D.; Ebbels, TMD; Evelo, CT; Gmünder, H.; Hebels, DGAJ; Herwig, R.; Hescheler, J.; Jennen, DGJ; Jetten, MJA; Kanterakis, S.; Keun, HC; Matser, V.; Overington, JP; Pilicheva, E.; Sarkans, U.; Segura-Lepe, diputado; Sotiriadou, I.; Wittenberger, T.; Wittwehr, C.; Zanzi, A.; Kleinjans, JCS (12 de diciembre de 2014). "diXa: una infraestructura de datos para la evaluación de la seguridad química". Bioinformática . 31 (9): 1505-1507. doi : 10.1093/bioinformática/btu827. PMC 4410652 . PMID  25505093. 
  11. ^ Train online, Datos de enfermedades Laboratorio Europeo de Biología Molecular, sin fecha, consultado el 7 de noviembre de 2015
  12. ^ Taxonomía NCBI

enlaces externos