El Consorcio RNAi , o TRC, es una asociación público-privada cuya misión es crear bibliotecas de ARN de horquilla pequeña (shRNA) para 15.000 genes humanos y 15.000 de ratón . Estas bibliotecas deberían ayudar a la comunidad científica a analizar la función de los genes mediante RNAi . El consorcio tiene su sede en el Instituto Broad del MIT y la Universidad de Harvard , e incluye 6 instituciones asociadas al MIT y Harvard y 5 organizaciones internacionales de ciencias de la vida. Sigma-Aldrich y Open Biosystems ponen a disposición clones de RNAi verificados y bibliotecas completas .
Se selecciona un conjunto de horquillas candidatas en función de la primera transcripción Refseq de cada gen NCBI . Deben ser de 21 meros, estar al menos a 25 pb del inicio de la secuencia codificante y no más cerca de 150 pb de su final. Los candidatos se califican en función de varias reglas empíricas (consulte el sitio web del Broad Institute para obtener una lista completa [1]) y luego se comparan con dos conjuntos de transcriptomas . Se prefieren las horquillas que son únicas para un grupo Unigene y un identificador RefSeq NM. Por último, los candidatos se espacian para tener una horquilla en la región no traducida 3' y cuatro en la secuencia codificante.
Las horquillas seleccionadas se clonan en el vector pLKO1, que es un plásmido multipropósito que puede propagarse en bacterias , transfectarse en líneas celulares de mamíferos o usarse para la generación de lentivirus . Contiene genes de resistencia contra ampicilina y puromicina .
La primera versión de las bibliotecas de ARNhc lentivirales del TRC consta de aproximadamente 35.000 construcciones de ARNhc contra 5.300 genes humanos (25.000 clones) y 2.200 genes murinos (10.000 clones). La segunda versión de la biblioteca de ARNhc humano contenía 9.500 clones adicionales. Las versiones se producen aproximadamente cada trimestre. Se prevé que la finalización de las bibliotecas murinas y humanas esté prevista para finales de 2006 o principios de 2007.