La Liga de Campeones de la CAF 2006 fue la 42.ª edición de la Liga de Campeones de la CAF , el principal torneo de fútbol de clubes de África organizado por la Confederación Africana de Fútbol (CAF). Comenzó el 17 de febrero de 2006 con una ronda preliminar. El Al Ahly de Egipto derrotó al CS Sfaxien de Túnez en la final para ganar su quinto título y por segunda vez consecutiva con un gol de último momento de Mohamed Aboutrika . El Al Ahly se quedó con el trofeo para siempre después de tres copas
1 El empate entre AS Port-Louis 2000 y Coin Nord se jugó a un solo partido por consentimiento mutuo.
2 Wallidan FC se retiró.
3 CIVO United se retiró.
4 CAPS United fue posteriormente expulsado de la competición.
5 El Ahmedi se retiró.
1 El partido se suspendió a los 9 minutos del final de la primera mitad con el Hearts of Oak ganando 2-0, después de que Saint-George SA se retirara en protesta por el arbitraje. El empate fue otorgado al Hearts of Oak .
2 El CAPS United fue expulsado de la competición después del partido de ida, cuando se descubrió que se había presentado información falsa sobre dos jugadores malauíes en su partido de primera ronda contra el AS Inter Star . El AS Inter Star también fue readmitido.
Los partidos de ida se jugaron del 29 de septiembre al 1 de octubre y los de vuelta del 14 al 15 de octubre.
Los máximos goleadores de la Liga de Campeones de la CAF 2006 son los siguientes: