Melbourne Bioinformatics (anteriormente Victorian Life Sciences Computation Initiative, VLSCI) es un centro de conocimientos especializados en ciencias biológicas computacionales. Proporciona apoyo en bioinformática a todos los investigadores y estudiantes en una amplia gama de proyectos y servicios de importancia local y nacional. Los investigadores pueden colaborar con Melbourne Bioinformatics a través de la formación y la consulta con expertos, lo que puede dar lugar a colaboraciones en proyectos con personal académico de la Universidad de Melbourne.
El VLSCI se creó como parte de los planes del gobierno de Victoria para apoyar la biotecnología y fue catalogado como un proyecto de infraestructura clave en el Plan de Acción de Biotecnología de Victoria de 2011. [1] Fue una iniciativa de $100 millones del gobierno de Victoria en asociación con la Universidad de Melbourne y el IBM Life Sciences Research Collaboratory, Melbourne. [2] Otras partes interesadas importantes incluyeron instituciones clave de investigación médica y de salud de Victoria, importantes universidades y organizaciones de investigación pública. [1]
En 2015, el VLSCI pasó a un nuevo modelo de gobernanza tras recibir 6,65 millones de dólares adicionales del Gobierno del Estado de Victoria. El primer IBM Research Collaboratory for Life Sciences estuvo ubicado en el VLSCI durante cinco años. Desde que se trasladó a las oficinas cercanas de IBM Research Australia, el personal del Collaboratory ha seguido trabajando en una serie de proyectos como parte de una asociación más amplia entre la Universidad de Melbourne e IBM bajo el nuevo nombre de Melbourne Bioinformatics. [3] [4]
La instalación de computación de alto rendimiento a escala de peta de Melbourne Bioinformatics fue accesible para los investigadores de Victoria al operar en varias universidades e institutos de investigación en Melbourne. Los clústeres estuvieron entre los 500 mejores del mundo en 2017. [5] Los expertos técnicos estuvieron en el personal para maximizar la experiencia del usuario, cubrir las brechas de habilidades en los equipos de investigación, construir las colaboraciones de investigación interdisciplinarias necesarias y proporcionar habilidades para ampliar los proyectos para usar de manera eficiente la potencia de procesamiento que se estaba entregando. Se brindó desarrollo y capacitación de habilidades en biología computacional , modelado molecular y bioinformática.
En su apogeo, el Peak Computing Facility del VLSCI operaba a 855 teraflops. Los sistemas incluían 'Barcoo', un IBM iDataPlex x86, 'Merri', un IBM iDataPlex x86 y 'Avoca', que comprendía 4 racks de IBM Blue Gene/Q .
La instalación de computación de alto rendimiento (PCF) del VLSCI proporcionó infraestructura informática de alto rendimiento y experiencia computacional a los investigadores de ciencias biológicas de Victoria. La PCF contaba con clústeres estrechamente acoplados con subsistemas de disco muy rápidos, que actualmente funcionan a una capacidad máxima de 855 teraflops. Para ayudar a los investigadores a maximizar el uso del tiempo de computación y aprovechar al máximo los recursos asignados, la PCF contaba con un equipo de administradores de sistemas, programadores y especialistas en aplicaciones a los que se podía acceder a través de su sistema de solicitud de ayuda.
El Centro de Computación de Ciencias de la Vida (LSCC) del VLSCI estaba ubicado físicamente en la Universidad de Melbourne y la Universidad La Trobe , y contaba con un gran número de miembros del personal que trabajaban en varios institutos de investigación, incluido el Instituto Peter Doherty para Infecciones e Inmunidad (Instituto Doherty) durante una parte de la semana. El LSCC era un grupo distribuido de experiencia e infraestructura para la investigación computacional en ciencias de la vida, que prestaba servicios a instituciones de investigación en ciencias de la vida en todo Victoria. Su objetivo era fomentar la colaboración en materia de investigación y el apoyo a un número relativamente pequeño de proyectos externos específicos; actuar como una fuente de recursos comunes, plataformas de software y experiencia para apoyar a los investigadores en ciencias de la vida; ofrecer formación en investigación, educación y desarrollo profesional para bioinformáticos y biólogos computacionales, para apoyar el avance de la comunidad de investigación computacional en ciencias de la vida de Victoria; y apoyar el avance de la computación en ciencias de la vida en su conjunto en Victoria.
Melbourne Bioinformatics, junto con QFAB Bioinformatics , QCIF y el Centro de Computación de Investigación de la Universidad de Queensland, construyeron y operan conjuntamente Galaxy Australia, que es una característica importante del Laboratorio Virtual de Genómica.