Perdió vastos territorios con frecuencia a causa de varias misiones escindidas: en 1855 para establecer la Prefectura Apostólica de Labuan y Borneo , el 22 de diciembre de 1902 para establecer la Prefectura Apostólica de Nueva Guinea Holandesa, el 11 de febrero de 1905 para establecer la Prefectura Apostólica de Borneo Holandés, el 30 de junio de 1911 para establecer la Prefectura Apostólica de Sumatra , el 16 de junio de 1913 para establecer la Prefectura Apostólica de las Islas Menores de la Sonda, el 19 de noviembre de 1919 para establecer la Prefectura Apostólica de Célebes (ahora Sulawesi), el 27 de abril de 1927 para establecer la Prefectura Apostólica de Malang, el 15 de febrero de 1928 para establecer la Prefectura Apostólica de Surabaia, el 20 de abril de 1932 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 25 de junio de 1933 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 22 de junio de 1934 para establecer la Prefectura Apostólica de Sumatra, el 22 de junio de 1935 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 22 de junio de 1936 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 22 de junio de 1937 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 22 de junio de 1938 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 22 de junio de 1939 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung, el 22 de junio de 1940 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung , el 22 de junio de 1941 para establecer la Prefectura Apostólica de Bandung , el 22 de junio de 1942 para establecer la Prefectura Apostólica El 19 de abril de 1932 se estableció la Prefectura Apostólica de Purwokerto, el 25 de junio de 1940 se estableció el Vicariato Apostólico de Semarang y el 9 de diciembre de 1948 se estableció la Prefectura Apostólica de Sukabumi.
Renombrado el 7 de febrero de 1950 en honor a su sede, pasó a ser Vicariato Apostólico de Yakarta .
Promovida el 3 de enero de 1961 como Archidiócesis Metropolitana de Yakarta , dejando definitivamente de estar exenta (dependiendo directamente de la Santa Sede).
Recibió la visita del Papa Pablo VI los días 3 y 4 de diciembre de 1970.
Renombrada el 22 de agosto de 1973 como Arquidiócesis Metropolitana de Yakarta .
Recibió la visita del Papa Juan Pablo II del 9 al 14 de octubre de 1989.
