Ubaidullah Khan (1487-1539) fue el cuarto Khan Shaybanid de Bukhara , que gobernó entre 1534 y 1539. Era hijo de Mahmud y sobrino de Muhammad Shaybani , fundador de la dinastía Shaybanid .
Después de la muerte de Muhammad Shaybani en 1510, las ciudades y tierras controladas por los uzbekos se dividieron entre los miembros de la familia. Bukhara cayó en manos de Ubaidullah Khan, que tuvo que defender contra Babur Emir de Kabul y futuro emperador mogol , y contra los safávidas de Irán en 1511/12. Ubaidullah y Jani Beg, el comandante en jefe del ejército, demostraron ser generales capaces. La derrota de Babur en Gadjdivan en 1512 finalmente aseguró la posesión de la tierra por parte de los uzbekos entre Amu Darya y Syr Darya .
Ubaidullah no sólo fue un militar y político, sino también un erudito, poeta y constructor aficionado. En su época se construyó la mezquita de Kalan en 1514, junto al minarete de Kalyan del siglo XII en el lugar de una antigua mezquita palaciega, y la construcción de la madraza árabe Mir (1535/36) en Bukhara. La madrasa fue financiada por Ubaidullah vendiendo como esclavos a 3.000 chiítas capturados.
Sin embargo, Ubaidullah no logró derrotar al sha iraní Tahmasp I (gobernó entre 1524 y 1576), ya que sus cinco ofensivas en Khorasan finalmente no tuvieron éxito. En septiembre de 1528 sufrió una derrota en la batalla de Turbet-i-Sheikh Jam, donde los iraníes habían desplegado artillería por primera vez. Además, a diferencia de él, sus comandantes no estaban interesados en ocupar Khorasan de forma permanente. Les bastaba el saqueo del país. Asimismo, el uzbeko Khan Abu Sa'id, que gobernó Samarcanda entre 1530 y 1533, no tenía ningún interés en fortalecer el poder interno de Ubaidullah y se negó a ayudarlo.
Finalmente, en 1538, Ubaidullah, ahora el propio Khan, actuó contra el independiente Khwarazm , el posterior Kanato de Khiva , y mató al Khan local Avanish, pero pronto fue expulsado por su hijo Din Muhammed. Poco después de esta derrota, murió y fue enterrado en la madraza árabe de Mir. Estallaron luchas de poder entre los uzbekos que duraron hasta 1556.