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UTOPIA (herramientas bioinformáticas)

UTOPIA ( User-friendly Tools for Operating Informatics Applications ) es un conjunto de herramientas gratuitas para visualizar y analizar datos bioinformáticos . Basado en un modelo de datos impulsado por ontología , contiene aplicaciones para visualizar y alinear secuencias de proteínas , renderizar estructuras moleculares complejas en 3D y para encontrar y utilizar recursos como servicios web y objetos de datos. [1] [2] [3] [4] Hay dos componentes principales, el conjunto de análisis de proteínas y los documentos UTOPIA.

Suite de análisis de proteínas Utopia

La suite de análisis de proteínas Utopia es una colección de herramientas interactivas para analizar la secuencia y la estructura de las proteínas . En primer plano, se encuentran aplicaciones de visualización intuitivas y con capacidad de respuesta, y detrás de escena, un modelo sofisticado que permite que estas funcionen juntas y oculta gran parte del tedioso trabajo de lidiar con formatos de archivos y servicios web . [1]

Documentos de la utopía

Utopia Documents aporta una perspectiva nueva y fresca a la lectura de la literatura científica, combinando la conveniencia y confiabilidad del formato de documento portátil (pdf) con la flexibilidad y el poder de la web. [3] [5] [6]

Historia

Entre 2003 y 2005, el trabajo sobre UTOPIA fue financiado a través del Centro e-Science North West, con sede en la Universidad de Manchester , por el Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas , el Departamento de Comercio e Industria del Reino Unido y la Red Europea de Biología Molecular (EMBnet) . Desde 2005, el trabajo continúa en el marco de la Red Europea de Excelencia EMBRACE.

CINEMA (Colour INteractive Editor for Multiple Alignments) de UTOPIA, una herramienta para la alineación de secuencias , es la última encarnación de un software desarrollado originalmente en la Universidad de Leeds para ayudar en el análisis de los receptores acoplados a proteína G (GPCR). [7] SOMAP, [8] un procedimiento de alineación múltiple orientado a pantalla se desarrolló a fines de la década de 1980 en el sistema operativo de computadora VMS , utilizó una terminal de video VT100 basada en texto monocromático y presentó ayuda sensible al contexto y menús desplegables algún tiempo antes de que estas fueran características estándar del sistema operativo.

A SOMAP le siguió una herramienta Unix llamada VISTAS [9] (VIsualizing STructures And Sequences) que incluía la capacidad de representar la estructura molecular en 3D y generar gráficos y representaciones estadísticas de las propiedades de la secuencia.

La primera herramienta bajo el nombre de CINEMA [10] desarrollada en la Universidad de Manchester fue una aplicación basada en Java que se ejecutaba a través de páginas web y que todavía está disponible, pero que ya no se mantiene. También se lanzó una versión independiente de Java, llamada CINEMA-MX, [11] , pero ya no está disponible.

Una versión de C++ de CINEMA, llamada CINEMA5, se desarrolló en un principio como parte del proyecto UTOPIA y se lanzó como una aplicación de alineación de secuencias independiente. Ahora ha sido reemplazada por una versión de la herramienta integrada con otras aplicaciones de visualización de UTOPIA y su nombre ha vuelto a ser simplemente CINEMA.

Referencias

  1. ^ ab Pettifer, SR ; Sinnott, JR; Attwood, TK (2004). "UTOPIA—Herramientas fáciles de usar para operar aplicaciones informáticas". Genómica comparativa y funcional . 5 (1): 56–60. doi :10.1002/cfg.359. PMC  2447318 . PMID  18629035.
  2. ^ McDermott, P.; Sinnott, J.; Thorne, D.; Pettifer, S .; Attwood, T. (2006). "Una arquitectura para la visualización y el análisis interactivo de proteínas". Cuarta Conferencia Internacional sobre Vistas Múltiples y Coordinadas en Visualización Exploratoria (CMV'06) . pág. 55. doi :10.1109/CMV.2006.3. ISBN 978-0-7695-2605-8.S2CID 43554573  .
  3. ^ ab Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2009). "Llamada de rescate internacional: ¡el conocimiento perdido en la literatura y el deslizamiento de datos!". Biochemical Journal . 424 (3): 317–333. doi :10.1042/BJ20091474. PMC 2805925 . PMID  19929850. 
  4. ^ Pettifer, S. ; Thorne, D.; McDermott, P.; Marsh, J.; Villéger, A.; Kell, DB ; Attwood, TK (2009). "Visualización de datos biológicos: un enfoque semántico para la integración de herramientas y bases de datos". BMC Bioinformatics . 10 (Supl 6): S19. doi : 10.1186/1471-2105-10-S6-S19 . PMC 2697642 . PMID  19534744. 
  5. ^ Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2010). "Documentos de utopía: vinculación de la literatura académica con los datos de investigación". Bioinformática . 26 (18): i568–i574. doi :10.1093/bioinformatics/btq383. PMC 2935404 . PMID  20823323. 
  6. ^ Pettifer, S .; McDermott, P.; Marsh, J.; Thorne, D.; Villeger, A.; Attwood, TK (2011). "Esto no es una hamburguesa: modelado y representación del artículo académico". Learned Publishing . 24 (3): 207. doi :10.1087/20110309. S2CID  29739751.
  7. ^ Vroling, B.; Thorne, D.; McDermott, P.; Attwood, T.K .; Vriend, G.; Pettifer, S. (2011). "Integración de información específica de GPCR con artículos de texto completo". BMC Bioinformatics . 12 : 362. doi : 10.1186/1471-2105-12-362 . PMC 3179973 . PMID  21910883. 
  8. ^ Parry-Smith, DJ; Attwood, TK (1991). "SOMAP: Un nuevo enfoque interactivo para la alineación de múltiples secuencias de proteínas". Bioinformática . 7 (2): 233–235. doi :10.1093/bioinformatics/7.2.233. PMID  2059849.
  9. ^ Perkins, DN; Attwood, TK (1995). "VISTAS: Un paquete para visualizar estructuras y secuencias de proteínas". Journal of Molecular Graphics . 13 (1): 73–75, 62. doi :10.1016/0263-7855(94)00013-I. PMID  7794837.
  10. ^ Parry-Smith, DJ; Payne, AWR; Michie, AD; Attwood, TK (1998). "CINEMA: un nuevo editor interactivo de color para alineaciones múltiples". Gene . 221 (1): GC57–GC63. doi :10.1016/S0378-1119(97)00650-1. PMID  9852962.
  11. ^ Lord, PW; Selley, JN; Attwood, TK (2002). "CINEMA-MX: Un editor modular de alineamiento múltiple". Bioinformática . 18 (10): 1402–1403. doi : 10.1093/bioinformatics/18.10.1402 . PMID  12376388.