El dos veces campeón defensor Roger Federer derrotó a Andy Roddick en la final por 6-2, 4-6, 7-5, 6-1 para ganar el título de tenis individual masculino en el Abierto de Estados Unidos de 2006. Fue su tercer título del Abierto de Estados Unidos y el noveno título importante en total. Federer se convirtió en el sexto hombre (después de Jack Crawford , Don Budge , Frank Sedgman , Lew Hoad y Rod Laver ) en alcanzar las cuatro finales de Grand Slam en un año calendario, el segundo en hacerlo en la Era Abierta y el primero en hacerlo desde Laver en 1969. Además, alcanzó una décima semifinal consecutiva de Grand Slam (racha que comenzó en el Campeonato de Wimbledon de 2004 ), igualando el récord de Laver e Ivan Lendl .
Este torneo marcó la última aparición profesional del ocho veces campeón de Grand Slam Andre Agassi . Fue derrotado por Benjamin Becker en la tercera ronda. El futuro campeón Juan Martín del Potro hizo su primera aparición en el cuadro principal del US Open, perdiendo ante Alejandro Falla en la primera ronda. Este también fue el primer Grand Slam en el que los futuros números 1 del mundo Novak Djokovic y Andy Murray fueron cabezas de serie, en los puestos 20 y 17, respectivamente.
A continuación se enumeran los jugadores clasificados. Los jugadores se enumeran con la ronda en la que salieron.
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Roger Federer (campeón)
Rafael Nadal (cuartos de final)
Ivan Ljubičić (primera ronda)
David Nalbandian (segunda ronda)
James Blake (cuartos de final) Tommy Robredo (cuarta ronda)
Nikolay Davydenko (semifinales)
Marcos Baghdatis (segunda ronda) Andy Roddick (último)
Fernando González (tercera ronda) David Ferrer (tercera ronda)
Tomáš Berdych (cuarta ronda)
Jarkko Nieminen (primera ronda)
Tommy Haas (cuartos de final).svg/1280px-Flag_of_Australia_(converted).svg.png){kind=small}
Lleyton Hewitt (cuartos de final) Juan Carlos Ferrero (segunda vuelta)
Andy Murray (cuarta ronda) Robby Ginepri (tercera ronda)
Dominik Hrbatý (primera ronda).svg/1280px-Flag_of_Serbia_(2004%E2%80%932010).svg.png){kind=small}
Novak Djokovic (tercera ronda) Gastón Gaudio (tercera ronda) Fernando Verdasco (tercera ronda) Dmitry Tursunov (tercera ronda) José Acasuso (primera ronda)
Richard Gasquet (cuarta ronda).svg/1280px-Flag_of_Belgium_(civil).svg.png){kind=small}
Olivier Rochus (tercera ronda) Gaël Monfils (segunda ronda) Agustín Calleri (primera ronda)
Jonas Björkman (segunda ronda) Sébastien Grosjean (segunda ronda) Juan Ignacio Chela (primera ronda) Kristof Vliegen (primera ronda)Haga clic en el número de semilla de un jugador para ir a su sección de sorteo.