Originalmente se pretendía que el Tribunal de Justicia de la Unión Africana fuera el " órgano judicial principal " de la Unión Africana ( Protocolo del Tribunal de Justicia de la Unión Africana , artículo 2.2) con autoridad para resolver disputas sobre la interpretación de los tratados de la UA. Sin embargo, la Corte nunca llegó a existir porque la Unión Africana decidió que debería fusionarse con la Corte Africana de Derechos Humanos y de los Pueblos para formar una nueva corte: la Corte Africana de Justicia y Derechos Humanos (CAJDH). Detrás de esta decisión estaba la preocupación por el creciente número de instituciones de la UA, que la UA no podía permitirse el lujo de apoyar. [1]
En 2003 se adoptó un protocolo para crear el Tribunal de Justicia, que entró en vigor en 2009. Sin embargo, fue reemplazado por un protocolo que creó el Tribunal Africano de Justicia y Derechos Humanos.
El protocolo de fusión fue adoptado durante la 11ª Cumbre de la Unión Africana en julio de 2008. La corte unida tendrá su sede en Arusha, Tanzania .