El torneo de baloncesto masculino de la NAIA de 1988 se celebró en marzo en el Kemper Arena de Kansas City, Missouri . El 51.º torneo anual de baloncesto de la NAIA contó con la participación de 32 equipos que jugaron en un formato de eliminación simple. [1]
Esta fue la última vez que un juego por el tercer lugar (entre los equipos semifinalistas nacionales perdedores) determinó el tercer y cuarto lugar del torneo en la cancha.