El torneo de baloncesto masculino de la División II de la NCAA de 1999 fue el 43.º torneo anual de eliminación simple para determinar al campeón nacional del baloncesto universitario masculino de la División II de la NCAA en los Estados Unidos .
El torneo, que culminó oficialmente la temporada 1998-99 de baloncesto masculino de la División II de la NCAA, contó con cuarenta y ocho equipos de todo el país.
Los Elite Eight, las semifinales nacionales y el campeonato se jugaron nuevamente en el Commonwealth Convention Center en Louisville, Kentucky .
Kentucky Wesleyan (35-2) derrotó a Metro State en la final, 75-60, para ganar su séptimo campeonato nacional de la División II. Este título llegó un año después de la derrota de los Panthers ante UC Davis en el campeonato de 1998.
Ray Harper entrenó a Kentucky Wesleyan . Por segundo año consecutivo, Antonio García, de KWC, fue el jugador más destacado.
Ubicación: Centro de recreación y convocatoria Anfitrión: College of Saint Rose
Ubicación: Gerald Stockton Court Anfitrión: Universidad Estatal del Medio Oeste
Ubicación: Gimnasio T. Edward Davis Anfitrión: Universidad Salem-Teikyo
Ubicación: Auditorio Rice Anfitrión: Wayne State College
Ubicación: Centennial Center Anfitrión: Georgia College & State University
Ubicación: Sportscenter Anfitrión: Kentucky Wesleyan College
Ubicación: Bruce Hall Anfitrión: LeMoyne-Owen College
Ubicación: Pabellón Nicholson Anfitrión: Universidad Central de Washington
Ubicación: Centro de Convenciones Commonwealth Anfitrión: Bellarmine College
