La contrarreloj masculina del Campeonato Mundial de Ruta UCI 2006 se llevó a cabo el 21 de septiembre de 2006 en la ciudad austriaca de Salzburgo . La carrera formó parte del Campeonato Mundial de Ruta UCI . El ciclista suizo Fabian Cancellara ganó la medalla de oro y el maillot arcoíris como campeón mundial de contrarreloj de 2006.
A cada Federación Nacional se le permitió inscribir 2 corredores. Al final se seleccionaron 53 corredores para la carrera, aunque el polaco Piotr Mazur no tomó la salida, 52 corredores participaron efectivamente.