La Tercera Flota estaba formada por 11 barcos que zarparon del Reino de Gran Bretaña en febrero, marzo y abril de 1791 con destino al asentamiento penal de Sydney , con más de 2.000 convictos a bordo. Entre los pasajeros había convictos, personal militar y personas notables enviadas para ocupar altos cargos en la colonia. Más importante aún para la incipiente colonia era que los barcos también transportaban provisiones.
El primer barco que llegó a Sydney fue el Mary Ann con su cargamento de convictas y provisiones el 9 de julio de 1791. El Mary Ann había navegado solo hasta Sydney Cove , y hay cierta discusión sobre si fue el último barco de la Segunda Flota , o el primer barco de la Tercera Flota, o simplemente navegó de forma independiente, como lo hizo el HMS Gorgon . Los barcos que pertenecen inequívocamente a la Tercera Flota partieron todos juntos.
Sin embargo, los barcos que componen cada flota se deciden desde el punto de vista de los colonos de Sydney Cove. Para ellos, el segundo grupo de barcos llegó en 1790 (junio) y el tercer grupo llegó en 1791 (julio-octubre). El Mary Ann llegó en 1791.
El siguiente barco que llegó poco más de tres semanas después, el 1 de agosto de 1791, fue el Matilda . Con el Matilda llegaron noticias de que había otros nueve barcos que se dirigían a Sídney y que se esperaba que llegaran en breve. El último barco, el Admiral Barrington , no llegó hasta el 16 de octubre, casi 11 semanas después del Matilda y 14 semanas después del Mary Ann .
Atlantic , Salamander y William and Ann partieron de Plymouth ; su agente naval era el teniente Richard Bowen. Albemarle , Active , Admiral Barrington , Britannia y Matilda partieron de Portsmouth ; su agente naval era el teniente Robert Parry Young. Queen partió de Cork , Irlanda ; tenía su propio agente naval, el teniente Samuel Blow.
Después de haber entregado a sus convictos, el Active , el Admiral Barrington , el Albemarle y el Queen zarparon rumbo a la India. Los corsarios franceses capturaron al Active y al Albemarle cuando estaban a punto de llegar a casa. Los piratas asesinaron a la mayor parte de la tripulación del Admiral Barrington cerca de Bombay , pero al parecer fue recuperado. Un corsario francés lo capturó en 1797.
El Britannia , el Mary Ann , el Matilda , el Salamander y el William and Ann fueron a pescar ballenas. El Britannia naufragó frente a la costa de Nueva Gales del Sur unos años después, en 1806. El Matilda naufragó en un banco de arena en febrero de 1792.
De la tabla anterior se desprende que durante este viaje murieron 173 convictos varones y 9 convictas mujeres. Aunque esta tasa de mortalidad fue alta, no se acercó ni de lejos a la que se produjo en la Segunda Flota . Entre los convictos que llegaron en la Tercera Flota se encuentran: [1]