Desde el periodo Sengoku hasta el periodo Azuchi-Momoyama , la provincia de Yamato fue gobernada por Tsutsui Junkei , quien sirvió bajo el mando de Oda Nobunaga , pero después de la muerte de Junkei, Toyotomi Hideyoshi , quien tomó el control del país, envió al sucesor de Junkei, Tsutsui Sadatsugu, a Iga. Él transfirió el territorio a Ueno y le dio Yamato a su hermano menor Hidenaga en su lugar. Hidenaga le dio a su vasallo Honda Toshihisa 15.000 koku de Takatori, y Toshihisa trabajó para mejorar y expandir [1] el castillo de Takatori . Honda Toshimasa, quien sucedió a Toshihisa, sirvió a Hideyoshi después de la muerte de Hidenaga, pero en la [2] batalla de Sekigahara , se puso del lado del ejército oriental y luchó valientemente contra el ejército occidental que atacó Yamato, y recibió 20.000 yenes por su servicio militar. La cantidad se incrementó a 5.000 koku (otra teoría dice que eran 30.000 koku). Además, el clan Honda Owari no tiene relación sanguínea con el clan Honda, incluidos Honda Tadakatsu y Honda Masanobu .
Honda Masatake, hijo de Honda Toshimasa, que le sucedió, era un hábil jugador de Go y salió victorioso en la partida de Go Honinbo en 1610. También demostró su destreza militar al servir en el bando Tokugawa durante el [4] Sitio de Osaka y participar activamente en la restauración y construcción del Castillo de Osaka y la Gran Pagoda en el Monte Koya. Desafortunadamente, falleció sin dejar un heredero en 1637, lo que llevó a la extinción del clan Honda durante un período considerable de tiempo. El gobierno del castillo fue entonces confiado a Kuwayama Ichigen (dominio Yamato-Shinjo) y Koide Yoshichika (dominio Tamba Sonobe). Tras la desaparición de la línea masculina del clan Uemura bajo Uemura Ietaka, los tres señores feudales hacia el final del período Edo fueron adoptados de otras familias. Entre ellos, Uemura Ieyasu, el decimotercer señor del dominio, logró un éxito notable en la salvaguarda de las aguas cerca de Osaka y la supresión de la rebelión Tenchu-gumi. También jugó un papel activo en la defensa de Kioto. Sin embargo, influenciado por Tanisanzan, el clan Uemura sentía un gran respeto por el rey y, en consecuencia, apoyó al ejército del gobierno durante la Guerra Boshin , protegiendo el Palacio Imperial de Kioto . Posteriormente, en colaboración con Oda Nagayoshi, el señor de Yamato Shibamura, suprimieron el antiguo territorio del shogunato en Yamato. El último daimyo, Uemura Iehiro, se convirtió en chihan debido a la restauración de la propiedad de la tierra de Meiji en junio de 1869. En 1871, cuando se abolió el dominio y se establecieron las prefecturas, dimitió como gobernador del dominio, lo que llevó a la disolución del Dominio Takatori. Después de esto, Takatori se incorporó a la Prefectura de Nara a través de la Prefectura de Takatori.