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Taberna Apache

Apache Taverna fue una herramienta de software de código abierto para diseñar y ejecutar flujos de trabajo , creada inicialmente por el proyecto myGrid bajo el nombre de Taverna Workbench , luego un proyecto bajo la incubadora Apache. Taverna permitía a los usuarios integrar muchos componentes de software diferentes, incluidos servicios web WSDL SOAP o REST , como los proporcionados por el Centro Nacional de Información Biotecnológica , el Instituto Europeo de Bioinformática , el Banco de Datos de ADN de Japón (DDBJ) , SoapLab, BioMOBY y EMBOSS . El conjunto de servicios disponibles no era finito y los usuarios podían importar nuevas descripciones de servicios en Taverna Workbench. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8]

Taverna Workbench proporcionó un entorno de creación de escritorio y un motor de ejecución para flujos de trabajo científicos. El motor de flujo de trabajo de Taverna también estaba disponible por separado, como API de Java, herramienta de línea de comandos o como servidor.

Taverna fue utilizado por usuarios en muchos dominios, como bioinformática , [9] [10] quimioinformática , [11] medicina , astronomía , [12] ciencias sociales , música y preservación digital . [13]

Algunos de los servicios que se pueden utilizar en los flujos de trabajo de Taverna se pueden descubrir a través de BioCatalogue , un registro público, centralizado y organizado de servicios web de ciencias de la vida. Los flujos de trabajo de Taverna también se pueden compartir con otras personas a través del sitio web social myExperiment para científicos. [14] BioCatalogue y myExperiment son otros dos productos del consorcio myGrid .

Taverna se ha utilizado en más de 350 organizaciones de todo el mundo, tanto académicas como comerciales. En 2011, se han realizado más de 80.000 descargas de Taverna en diferentes versiones.

El 20 de febrero de 2020, Apache Incubator retiró el proyecto y eliminó el código de su sitio web. [15]

Capacidades

Los flujos de trabajo de Taverna pueden invocar servicios web SOAP / WSDL o REST generales y servicios web SADI, BioMart, BioMoby y SoapLab más específicos. También pueden invocar servicios estadísticos R , código Java local, herramientas externas en máquinas locales y remotas (a través de ssh ), realizar XPath y otras manipulaciones de texto, importar una hoja de cálculo e incluir subflujos de trabajo.

Taverna Workbench incluye la capacidad de monitorear la ejecución de un flujo de trabajo y examinar la procedencia de los datos producidos, exponiendo detalles de la ejecución del flujo de trabajo como un gráfico de procedencia RDF W3C PROV -O , [16] dentro de un paquete de objetos de investigación estructurado [17] archivo ZIP que incluye entradas, salidas, valores intermedios y la definición del flujo de trabajo ejecutado; en conjunto, este formato se llama TavernaProv . [18]

Taverna incluye la capacidad de buscar servicios descritos en BioCatalogue para invocarlos desde flujos de trabajo. Sin embargo, no es necesario que los servicios se describan dentro de BioCatalogue para que se incluyan en los flujos de trabajo, ya que se pueden agregar desde una descripción de servicio web WSDL o ingresar como un patrón de URI REST .

Taverna también incluye la capacidad de buscar flujos de trabajo en myExperiment . Taverna Workbench puede descargar, modificar y ejecutar flujos de trabajo descubiertos en myExperiment, y también cargar flujos de trabajo creados para compartirlos con otros mediante los aspectos sociales de myExperiment.

Los flujos de trabajo de Taverna no necesitan ejecutarse dentro de Taverna Workbench. Los flujos de trabajo también pueden ejecutarse mediante:

Taverna permite la canalización y transmisión de datos. [19] Esto significa que los servicios posteriores en el flujo de trabajo pueden comenzar tan pronto como se recibe el primer elemento de datos, sin esperar a que toda la lista de datos esté disponible desde los servicios y las iteraciones anteriores. Los servicios de Taverna se ejecutan en paralelo cuando es posible, ya que los flujos de trabajo de Taverna se basan principalmente en datos en lugar de en controles. [20]

Pantalla de presentación de Taverna Workbench 2.1

Comunidad de código abierto

Taverna ha sido un proyecto de código abierto desde 2003, [21] con colaboradores de múltiples instituciones académicas e industriales. En octubre de 2014, Taverna se convirtió en un proyecto de incubación independiente de Apache, [15] y cambió su nombre a Apache Taverna (incubando) . El proyecto está desarrollando Apache Taverna 3.x, [22] cuya licencia cambió de LGPL 2.1 a Apache License 2.0 .

Enlaces externos

Referencias

  1. ^ Belhajjame K, Wolstencroft K, Corcho O, Oinn T, Tanoh F, William A, Goble C (2008). "Gestión de metadatos en el sistema de flujo de trabajo Taverna". Octavo Simposio Internacional IEEE sobre Computación en Cluster y Grid (CCGRID) de 2008. págs. 651–656. doi :10.1109/CCGRID.2008.17. ISBN 9780769531564.S2CID 9996653  .
  2. ^ Li P, Castrillo JI, Velarde G, Wassink I, Soiland-Reyes S, Owen S, et al. (agosto de 2008). "Realización de análisis estadísticos sobre datos cuantitativos en flujos de trabajo de Taverna: un ejemplo que utiliza R y maxdBrowse para identificar genes expresados ​​de forma diferencial a partir de datos de microarrays". BMC Bioinformatics . 9 : 334. doi : 10.1186/1471-2105-9-334 . PMC 2528018 . PMID  18687127. 
  3. ^ Oinn T, Addis M, Ferris J, Marvin D, Senger M, Greenwood M, et al. (noviembre de 2004). "Taverna: una herramienta para la composición y puesta en práctica de flujos de trabajo bioinformáticos". Bioinformática . 20 (17): 3045–54. doi : 10.1093/bioinformatics/bth361 . PMID  15201187.
  4. ^ Oinn T, Greenwood M, Addis M, Alpdemir MN, Ferris J, Glover K, et al. (2006). "Taverna: Lecciones en la creación de un entorno de flujo de trabajo para las ciencias de la vida" (PDF) . Concurrencia y computación: práctica y experiencia . 18 (10): 1067–1100. doi :10.1002/cpe.993. S2CID  10219281.
  5. ^ Hull D, Wolstencroft K, Stevens R , Goble C , Pocock MR, Li P, Oinn T (julio de 2006). "Taverna: una herramienta para crear y ejecutar flujos de trabajo de servicios". Nucleic Acids Research . 34 (edición del servidor web): W729-32. doi :10.1093/nar/gkl320. PMC 1538887. PMID 16845108  .  Icono de acceso abierto
  6. ^ Kawas E, Senger M, Wilkinson MD (noviembre de 2006). "Extensiones de BioMoby para el software de gestión y ejecución del flujo de trabajo Taverna". BMC Bioinformatics . 7 : 523. doi : 10.1186/1471-2105-7-523 . PMC 1693925 . PMID  17137515. 
  7. ^ Sroka J, Kaczor G, Tyszkiewicz J, Kierzek AM (mayo de 2006). "XQTav: un procesador XQuery para entorno Taverna". Bioinformática . 22 (10): 1280–1. doi : 10.1093/bioinformática/btl101 . PMID  16551662.
  8. ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S, et al. (julio de 2013). "La suite de flujo de trabajo Taverna: diseño y ejecución de flujos de trabajo de servicios web en el escritorio, la web o en la nube". Nucleic Acids Research . 41 (edición del servidor web): W557-61. doi :10.1093/nar/gkt328. PMC 3692062 . PMID  23640334. 
  9. ^ Stevens RD , Robinson AJ, Goble CA (2003). "myGrid: bioinformática personalizada en la red de información" . Bioinformática . 19 (Supl. 1): i302-4. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1041 . PMID  12855473.
  10. ^ Stevens RD , Tipney HJ, Wroe CJ, Oinn TM, Senger M, Lord PW, et al. (agosto de 2004). "Explorando el síndrome de Williams-Beuren usando myGrid". Bioinformática . 20 (Supl. 1): i303-10. doi : 10.1093/bioinformatics/bth944 . PMID  15262813.
  11. ^ Truszkowski A, Jayaseelan KV, Neumann S, Willighagen EL, Zielesny A, Steinbeck C (diciembre de 2011). "Nuevos desarrollos en el entorno de flujo de trabajo abierto de quimioinformática CDK-Taverna". Journal of Cheminformatics . 3 : 54. doi : 10.1186/1758-2946-3-54 . PMC 3292505 . PMID  22166170. 
  12. ^ Hook RN, Romaniello M, Ullgrén M, Järveläinen P, Maisala S, Oittinen T, et al. (2008). "ESO Reflex: un motor de flujo de trabajo gráfico para ejecutar recetas". "Taller de calibración de instrumentos de ESO 2007" . Simposio de Astrofísica de ESO Observatorio Europeo Austral. págs. 169-175. doi :10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN 978-3-540-76962-0.
  13. ^ Raditsch M, Schlarb S, Møldrup-Dalum P, Medjkoune L (2012). "Flujos de trabajo ejecutables de contenido web para ejecución experimental" (PDF) .
  14. ^ Goble CA, Bhagat J, Aleksejevs S, Cruickshank D, Michaelides D, Newman D, et al. (julio de 2010). "myExperiment: un repositorio y una red social para compartir flujos de trabajo de bioinformática". Nucleic Acids Research . 38 (número de servidor web): W677-82. doi :10.1093/nar/gkq429. PMC 2896080 . PMID  20501605. 
  15. ^ ab "Estado de incubación del proyecto Taverna". Apache Incubator . Apache Software Foundation . Consultado el 28 de enero de 2015 .
  16. ^ Belhajjame K, Zhao J, Garijo D, Garrido A, Soiland-Reyes S, Alper P, Corcho O (2013). "Un corpus PROV de flujo de trabajo basado en Taverna y Wings". Actas de los talleres conjuntos EDBT/ICDT 2013 sobre - EDBT '13 . pag. 331. doi : 10.1145/2457317.2457376. ISBN 9781450315999.
  17. ^ Soiland-Reyes S, Gamble M, Haines R (5 de noviembre de 2014). "Research Object Bundle 1.0" (Especificación) . researchobject.org . doi :10.5281/zenodo.12586 . Consultado el 28 de enero de 2015 .
  18. ^ Soiland-Reyes, Stian; Alper, Pinar; Goble, Carole (11 de mayo de 2016). "Seguimiento de la ejecución del flujo de trabajo con TavernaProv". zenodo.org . doi : 10.5281/zenodo.51314 .
  19. ^ "Iteración implícita". Manual de usuario de Taverna 2.5 . myGrid. 9 de septiembre de 2014. Archivado desde el original el 22 de marzo de 2015 . Consultado el 28 de enero de 2015 .
  20. ^ Soiland-Reyes S (13 de diciembre de 2010). "Invocaciones de servicios paralelos". The Taverna Knowledge Blog . knowledgeblog.org . Consultado el 28 de enero de 2015 .
  21. ^ Soiland-Reyes S, Sufi S, Seaborne S (23 de septiembre de 2014). "Taverna Proposal". Wiki de Incubator . Apache Software Foundation . Consultado el 28 de enero de 2015 .
  22. ^ "Descargar Apache Taverna". Apache Software Foundation . Consultado el 28 de enero de 2015 .