El Instituto Suizo de Bioinformática SIB es una fundación académica sin fines de lucro que federa actividades de bioinformática en toda Suiza .
El instituto se estableció el 30 de marzo de 1998 y su misión es proporcionar recursos bioinformáticos básicos a la comunidad de investigación de ciencias biológicas nacional e internacional en campos como la genómica , la proteómica y la biología de sistemas , así como liderar y coordinar el campo de la bioinformática en Suiza. En particular, promueve la investigación, desarrolla bancos de datos y tecnologías informáticas y participa en actividades de enseñanza y servicios.
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El instituto se creó originalmente para proporcionar un marco para una financiación estable a largo plazo tanto para la base de datos Swiss-Prot como para el nodo suizo EMBnet . En particular, Swiss-Prot atravesó en 1996 una importante crisis financiera [1] que llevó a los líderes de los cinco grupos de investigación activos en bioinformática en Ginebra y Lausana , Ron Appel , Amos Bairoch , Philipp Bucher, Victor Jongeneel y Manuel Peitsch, a crear HERMANO. [2] Una vez creado, el instituto podría solicitar financiación en virtud de una ley suiza que permite al gobierno financiar hasta el 50% de los gastos de infraestructuras vitales de investigación y enseñanza. [3]
El primer director del instituto fue Victor Jongeneel, seguido por Ernest Feytmans entre 2001 y septiembre de 2007. Desde el 1 de octubre de 2007 hasta julio de 2018, el instituto estuvo dirigido por Ron Appel , uno de sus miembros fundadores. [4] [5] Entre julio de 2018 y marzo de 2022, la SIB estuvo dirigida por Christine Durinx y Ron Appel, como directores ejecutivos conjuntos. A partir del 1 de abril de 2022, Christophe Dessimoz sustituirá a Christine Durinx como directora ejecutiva adjunta. [6] Desde octubre de 2022, Christophe Dessimoz es el único director ejecutivo, tras la jubilación de Ron Appel. [7]
El Instituto Suizo de Bioinformática SIB es una federación de grupos de investigación con bioinformáticos afiliados en 21 instituciones asociadas a SIB, incluidas las universidades de Basilea , Berna , Friburgo , Ginebra , Lausana , Lugano y Zurich , los Institutos Federales de Tecnología de Lausana y Zurich , el Instituto Friedrich Miescher de Investigación Biomédica , el Instituto de Investigación Oncológica de Bellinzona y la Escuela de Administración de Empresas de Ginebra (HEG). Los grupos de investigación actuales del SIB están ubicados en Basilea , Berna , Friburgo , Ginebra , Lausana , Lugano , Zurich , Yverdon , Wädenswil , Bellinzona y Davos .
SIB federa a más de 70 grupos de investigación, servicios e infraestructura, reuniendo a más de 700 científicos en campos tan variados como proteómica , transcriptómica , genómica , biología de sistemas , bioinformática estructural , bioinformática evolutiva , modelado, imágenes, biofísica , genética de poblaciones y bioinformática clínica. La SIB organiza una reunión científica internacional anual, la [BC]2 Basel Computational Biology Conference .
El instituto ofrece una amplia gama de recursos para la comunidad de investigación en ciencias biológicas, la mayoría abiertos y accesibles a través de Expasy , el portal de recursos bioinformáticos de SIB. Incluyen:
SIB desarrolla y mantiene bases de datos de prestigio internacional, incluidas UniProtKB/Swiss-Prot (base de datos de secuencias de proteínas seleccionadas que proporciona un alto nivel de anotación), neXtProt (plataforma de conocimiento de proteínas centrada en el ser humano), SWISS-MODEL Repository (modelos tridimensionales de estructuras de proteínas). , STRING (redes de interacción de proteínas para biología de sistemas), SwissRegulon (redes reguladoras de la transcripción de todo el genoma), Eukaryotic Promoter Database (EPD), SWISS-2DPAGE (base de datos de geles 2D), WORLD-2DPAGE Repository (repositorio de geles 2D), PROSITE (proteínas familias y dominios), MyHits (secuencias y motivos de proteínas), Bgee (base de datos para recuperar y comparar patrones de expresión genética entre especies animales), OpenFlu (base de datos para el virus de la influenza humana y animal), ViralZone (portal de entradas virales de UniProtKB), GlycoSuiteDB ( base de datos de glicanos), SugarBindDB (base de datos de unión de azúcares de patógenos), OrthoDB (el catálogo jerárquico de ortólogos eucariotas), miROrtho (el catálogo de genes de microARN animales), ImmunoDB (genes y familias de genes relacionados con el sistema inmunológico de insectos) y Cellosaurus (un recurso de conocimiento en líneas celulares).
SIB desarrolla y suministra software para la comunidad mundial de investigación en ciencias biológicas, como SWISS-MODEL (modelado de homología de estructura de proteínas), SwissDrugDesign (diseño de fármacos asistido por computadora), Melanie (plataforma de análisis de gel 2D), MSight ( imágenes y análisis LC-MS). software ), OMA (Orthology Matrix), V-pipe (canal de genómica viral), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualización, modelado y análisis de proteínas) y utilidades Newick (procesamiento de árboles filogenéticos de alto rendimiento).
SIB gestiona varias instalaciones centrales de bioinformática que brindan soporte informático y estadístico, así como servicios y asesoramiento a científicos de la vida, permitiéndoles llevar a cabo sus proyectos de investigación y analizar los datos resultantes. Se han creado instalaciones básicas para la investigación en genómica, transcriptómica y proteómica. SIB también mantiene el Centro de Computación de Alto Rendimiento Vital-IT que proporciona recursos computacionales, soporte de desarrollo y consultoría a la comunidad suiza de ciencias biológicas, tanto en el mundo académico como en la industria. La infraestructura Vital-IT se distribuye en tres sitios: Universidad de Lausana , EPFL y Universidad de Ginebra . En el área de Basilea también se proporcionan recursos informáticos y experiencia en bioinformática con sciCORE, el Centro de Biología Computacional de Basilea.
Una de las prioridades de la SIB es promover y coordinar la educación en bioinformática. Los miembros de SIB participan directa o indirectamente en una serie de cursos de bioinformática en todos los niveles educativos (desde la escuela secundaria hasta títulos universitarios y de posgrado), así como en la formación especializada para científicos de la vida. SIB también promueve una red de formación de doctorado en bioinformática, abierta a estudiantes de posgrado de escuelas suizas de educación superior. Los objetivos de esta red son dos:
La SIB también participa en acercar la bioinformática al profano. Comprender la creciente importancia que esta ciencia relativamente reciente tiene en la sociedad actual se está volviendo fundamental. De hecho, en un futuro no muy lejano, los pacientes se referirán a resultados generados directamente por métodos bioinformáticos. Desde el año 2000, con el fin de aumentar la conciencia pública, la SIB ha participado en numerosas ferias científicas, ha creado dos revistas en línea, [8] [9] una exposición al aire libre y, en 2012, una exposición virtual. [10]