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Base de datos de orientaciones de proteínas en membranas

La base de datos Orientaciones de Proteínas en Membranas ( OPM ) proporciona posiciones espaciales de las estructuras de proteínas de membrana con respecto a la bicapa lipídica . [1] [2] [3] [4] Las posiciones de las proteínas se calculan utilizando un modelo de solvatación implícito de la bicapa lipídica. [5] [6] Los resultados de los cálculos se verificaron con estudios experimentales de disposición espacial de proteínas transmembrana y periféricas en membranas. [4] [7] [8] [9] [10] [11] [12]

Las estructuras de las proteínas se obtienen del Protein Data Bank . OPM también proporciona una clasificación estructural de las proteínas asociadas a la membrana en familias y superfamilias, topología de membrana , estructura cuaternaria de las proteínas en estado unido a la membrana y el tipo de membrana de destino para cada proteína. Los archivos de coordenadas con límites de membrana calculados se pueden descargar. El sitio permite la visualización de estructuras de proteínas con planos de límites de membrana a través de Jmol .

La base de datos se utilizó ampliamente en estudios experimentales y teóricos de proteínas asociadas a la membrana. [13] [14] [15] [16] [17] Sin embargo, las estructuras de muchas proteínas asociadas a la membrana no se incluyen en la base de datos si su disposición espacial en la membrana no se puede predecir computacionalmente a partir de la estructura tridimensional. Este es el caso cuando todas las partes de anclaje a la membrana de las proteínas ( hélices alfa anfifílicas , residuos no polares expuestos o residuos de aminoácidos lipidados ) faltan en las estructuras experimentales. [4] La base de datos tampoco incluye estructuras de menor resolución con solo átomos de la cadena principal proporcionadas por el Protein Data Bank . Las disposiciones espaciales calculadas de las estructuras de proteínas de menor resolución en la bicapa lipídica se pueden encontrar en otros recursos, como PDBTM. [18]

Referencias

  1. ^ ST NetWatch: bases de datos de proteínas Archivado el 2 de junio de 2013 en Wayback Machine revisión de OPM en la lista NetWatch de transducción de señales de Science
  2. ^ Lomize, Mikhail A.; Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Mosberg, Henry I. (2006). "OPM: base de datos de orientaciones de proteínas en membranas" (PDF) . Bioinformática . 22 (5): 623–625. doi : 10.1093/bioinformatics/btk023 . PMID  16397007.
  3. ^ Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Lomize, Mikhail A.; Mosberg, Henry I. (2006). "Posicionamiento de proteínas en membranas: un enfoque computacional" (PDF) . Protein Science . 15 (6): 1318–1333. doi :10.1110/ps.062126106. PMC 2242528 . PMID  16731967. 
  4. ^ abc Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Lomize, Mikhail A.; Mosberg, Henry I. (2007). "El papel de las interacciones hidrofóbicas en el posicionamiento de las proteínas periféricas en las membranas" (PDF) . BMC Structural Biology . 7 (44): 44. doi : 10.1186/1472-6807-7-44 . PMC 1934363 . PMID  17603894. 
  5. ^ Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). "Modelo de solvente anisotrópico de la bicapa lipídica. 1. Parametrización de la electrostática de largo alcance y efectos de la primera capa de solvatación". Journal of Chemical Information and Modeling . 51 (4): 918–929. doi :10.1021/ci2000192. PMC 3089899 . PMID  21438609. 
  6. ^ Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). "Modelo de solvente anisotrópico de la bicapa lipídica. 2. Energética de la inserción de pequeñas moléculas, péptidos y proteínas en membranas". Journal of Chemical Information and Modeling . 51 (4): 930–946. doi :10.1021/ci200020k. PMC 3091260 . PMID  21438606. 
  7. ^ Malmberg, Nathan J.; Falke, Joseph J. (2005). "Uso de la saturación de potencia de EPR para analizar las geometrías de acoplamiento de membrana de proteínas periféricas: aplicaciones a los dominios C2". Annu Rev Biophys Biomol Struct . 34 : 71–90. doi :10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534. PMC 3637887 . PMID  15869384. 
  8. ^ Spencer, Andrew G.; Thuresson, Elizabeth; Otto, James C.; Song, Inseok; Smith, Tim; DeWitt, David L.; Garavito, R. Michael; Smith, William L. (1999). "Los dominios de unión a la membrana de las sintetasas de endoperóxido H de prostaglandina 1 y 2. Mapeo de péptidos y análisis mutacional". J Biol Chem . 274 (46): 32936–32942. doi : 10.1074/jbc.274.46.32936 . PMID  10551860.
  9. ^ Lathrop, Brian; Gadd, Martha; Biltonen, Rodney L.; Rule, Gordon S. (2001). "Cambios en la afinidad de Ca 2+ tras la activación de la fosfolipasa A 2 de Agkistrodon piscivorus piscivorus ". Bioquímica . 40 (11): 3264–3272. doi :10.1021/bi001901n. PMID  11258945.
  10. ^ Kutateladze, Tatiana; Overduin, Michael (2001). "Mecanismo estructural del acoplamiento de endosomas por el dominio FYVE". Science . 291 (5509): 1793–1796. Bibcode :2001Sci...291.1793K. doi :10.1126/science.291.5509.1793. PMID  11230696.
  11. ^ Tatulian, Suren A.; Qin, Shan; Pande, Abhay H.; He, Xiaomei (2005). "Posicionamiento de proteínas de membrana mediante ingeniería de proteínas novedosa y enfoques biofísicos". J Mol Biol . 351 (5): 939–947. doi :10.1016/j.jmb.2005.06.080. PMID  16055150.
  12. ^ Hristova, Kalina; Wimley, William C.; Mishra, Vinod K.; Anantharamiah, GM; Segrest, Jere P.; White, Stephen H. (2 de julio de 1999). "Una α-hélice anfipática en una interfase de membrana: un estudio estructural utilizando un nuevo método de difracción de rayos X". J Mol Biol . 290 (1): 99–117. doi :10.1006/jmbi.1999.2840. PMID  10388560. S2CID  5704597.
  13. ^ Park, Yungki; Helms, Volkhard (2007). "Sobre la derivación de escalas de propensión para predecir residuos transmembrana expuestos de proteínas de membrana helicoidales". Bioinformática . 23 (6): 701–708. doi : 10.1093/bioinformatics/btl653 . PMID  17237049.
  14. ^ Marsh, Derek; Jost, Micha; Peggion, Cristina; Toniolo, Claudio (2007). "Etiquetas de espín TOAC en la cadena principal de alameticina: estudios de EPR en membranas lipídicas". Biophys. J. 92 (2): 473–481. Bibcode :2007BpJ....92..473M. doi :10.1529/biophysj.106.092775. PMC 1751395 . PMID  17056731.  
  15. ^ Punta, Marco; Forrest, Lucy R.; Bigelow, Henry; Kernytsky, Andrew; Liu, Jinfeng; Rost, Burkhard (2007). "Métodos de predicción de proteínas de membrana". Métodos . 41 (4): 460–474. doi :10.1016/j.ymeth.2006.07.026. PMC 1934899 . PMID  17367718. 
  16. ^ Cherezov, V; Yamashita, E; Liu, W; Zhalnina, M; Cramer, WA; Caffrey, M (8 de diciembre de 2006). "En estructura meso del transportador de cobalamina, BtuB, con una resolución de 1,95 Ångstrom". J. Mol. Biol. 364 (4): 716–734. doi :10.1016/j.jmb.2006.09.022. PMC 1808586 . PMID  17028020.  
  17. ^ Páli, Tibor; Bashtovyy, Denys; Marsh, Derek (2006). "Estequiometría de las interacciones lipídicas con proteínas transmembrana: deducidas a partir de las estructuras 3D". Protein Sci. 15 (5): 1153–1161. doi :10.1110/ps.052021406. PMC 2242517 . PMID  16641489.  
  18. ^ "PDBTM: Banco de datos de proteínas transmembrana". Archivado desde el original el 25 de diciembre de 2013. Consultado el 20 de junio de 2007 .