El sultán Alauddin Riayat Shah II ibni Almarhum Sultan Mahmud Shah (fallecido en 1564) fue el primer sultán de Johor y gobernó desde 1528 hasta 1564. Fundó el Sultanato de Johor tras la caída de Malaca ante los portugueses en 1511. Fue el segundo hijo de Mahmud. Shah de Malaca . Por lo tanto, Johor fue un estado sucesor de Malaca y los sultanes de Johor siguen el sistema de numeración de Malaca. A lo largo de su reinado, enfrentó constantes amenazas de los portugueses y del emergente Sultanato de Aceh . [ cita necesaria ]
En 1529, Alauddin Riayat fundó su primera capital en Hujung Tanah, conocida como Pekan Tua, 11 km río arriba de Kota Tinggi , tras la muerte de su padre. Río abajo también se fundó Kota Kara, un fuerte fluvial. En 1535, unas 400 tropas portuguesas lideradas por Estêvão da Gama invadieron Johor. Kota Kara fue bombardeada pero los malayos resistieron el ataque. Al cabo de unos días, las tropas portuguesas desembarcaron y bombardearon el fuerte pero también tuvieron que retirarse. Animados por este éxito inicial, los malayos abandonaron su fuerte y lanzaron un contraataque contra los portugueses. Sin embargo, los malayos fueron dispersados por el fuego cruzado de los portugueses, lo que provocó que los portugueses capturaran e incendiaran el fuerte.
Alauddin Riayat se retiró río arriba por el río Johor hasta Sayong Pinang. Su funcionario, Seri Nara Diraja, murió en Sayong Pinang. Alauddin Riayat regresó a Pekan Tua después de un breve período y lo reconstruyó. Pekan Tua fue atacado nuevamente por 400 tropas portuguesas al mando de Estêvão da Gama porque su hermano, Paulo da Gama , y alrededor de otras 30 tropas portuguesas fueron asesinados por los malayos . Tras este ataque, se firmó un tratado de paz entre Johor y los portugueses.
En 1540, Alauddin Riayat Shah trasladó su capital a Johor Lama , más cerca del estuario del río Johor.
Johor también estaba amenazada por Aceh, en el extremo norte de Sumatra. En 1539, Aru , estado vasallo de Johor en la costa este de Sumatra, fue atacado por una flota de 160 barcos con 12.000 soldados compuesta por acehneses, malayos de Malaca, malabaris, gujaratis y turcos. Alauddin Riayat reunió una flota con la ayuda de sus aliados, Perak y Siak, y atacó Aru en 1540. Reconquistó Aru, dejando sólo 14 barcos acehneses a flote y miles de tropas acehneses muertas en la batalla de Sungai Paneh. En 1564, el sultán de Aceh, Alauddin al-Kahar , derrotó a Aru y expulsó a los johoreos de Aru. Alauddin al-Kahar , lanzó entonces un ataque contra Johor Lama desde Aru. El fuerte y la ciudad fueron arrasados y Alauddin Riayat fue capturado y devuelto a Aceh. Más tarde fue asesinado y recibió el título póstumo de Marhum Syahid di Acheh . Fue sucedido por su hijo, Muzaffar Shah II .
Se casó con la princesa Kesuma Dewi de Pahang , hija de Mansur Shah de Pahang.