La universidad opera dos centros de investigación a nivel estatal (el C. N. Yang Institute for Theoretical Physics y el Marine Sciences Research Center).La universidad fue fundada en 1957 como el State University College on Long Island con alrededor de 100 estudiantes.[1] El primer campus temporal estaba ubicado en Planting Fields Arboretum State Historic Park en Oyster Bay.[1] Desde 1962, el campus ha estado ubicado en Stony Brook en un terreno donado por el filántropo Ward Melville.Sin embargo, en los años 60 y 70 la universidad tuvo un rápido crecimiento bajo el mandato del presidente John S. Toll.Numerosos edificios fueron renovados, incluyendo el Centro de Actividades Estudiantiles, así como los pabellones residenciales.Aunque Stony Brook es una institución estatal, las donaciones privadas desempeñan un papel cada vez más importante en el desarrollo de la universidad.[2] En los últimos años dos Premios Nobel fueron otorgados a profesores por su trabajo en Stony Brook.
