Intelligent Systems for Molecular Biology ( ISMB ) es una conferencia académica anual sobre temas de bioinformática y biología computacional organizada por la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). El foco principal de la conferencia es el desarrollo y aplicación de métodos computacionales avanzados para problemas biológicos. La conferencia se ha celebrado todos los años desde 1993 y ha crecido hasta convertirse en una de las reuniones más grandes y prestigiosas en estos campos, acogiendo a más de 2000 delegados en 2004. [1] [2] Desde la primera reunión, ISMB se ha celebrado en lugares mundial; Desde 2007, las reuniones se han realizado en Europa y América del Norte en años alternos. Desde 2004, las reuniones europeas se celebran conjuntamente con la Conferencia Europea de Biología Computacional (ECCB).
La conferencia principal de ISMB suele durar tres días y consta de presentaciones, sesiones de carteles y charlas magistrales . La mayoría de las presentaciones se realizan en múltiples vías paralelas; sin embargo, las charlas magistrales se presentan en una sola vía y se eligen para reflejar investigaciones destacadas en bioinformática. Entre los oradores principales destacados de la ISMB se encuentran ocho premios Nobel. Los ganadores del Premio ISCB Overton y del Premio ISCB al Logro de un Científico Senior están invitados a dar charlas magistrales como parte del programa. Las actas de la conferencia están publicadas actualmente en la revista Bioinformatics .
Los orígenes de la conferencia ISMB se encuentran en un taller para investigadores de inteligencia artificial interesados en la biología molecular celebrado en noviembre de 1991. [3] El taller fue organizado por el investigador estadounidense Lawrence Hunter , entonces director del Proyecto de Aprendizaje Automático en el Instituto Nacional de Estados Unidos. Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) de los Institutos de Salud en Bethesda, Maryland . [4] Un taller posterior sobre el mismo tema celebrado en 1992, organizado por la NLM y la Fundación Nacional de Ciencias , dejó claro que se requería una conferencia internacional periódica sobre el campo. Una conferencia de este tipo estaría dedicada a la biología molecular como una aplicación de inteligencia artificial que está surgiendo rápidamente. [5] Después de haber solicitado con éxito subvenciones de la AAAI , los NIH y la Oficina de Investigación sobre Salud y Medio Ambiente del Departamento de Energía , la primera conferencia de la ISMB se celebró en julio de 1993, en la NLM. La conferencia estuvo presidida por Hunter, David Searls (profesor asociado de investigación en la Facultad de Medicina de la Universidad de Pensilvania ) y Jude Shavlik (profesor asistente de ciencias de la computación en la Universidad de Wisconsin-Madison ) y atrajo a más de 200 asistentes de 13 países, [4] presentando 69 artículos científicos. [3]
El éxito de la primera conferencia motivó el anuncio de una segunda conferencia ISMB al final de la reunión. Inicialmente se planeó que ISMB 1994 se celebrara en Seattle . Sin embargo, una reunión competitiva obligó a la ISMB a cambiar de sede con poca antelación. La conferencia se celebró en la Universidad de Stanford en agosto de 1994 y fue organizada por Russ Altman , un científico investigador de la Facultad de Medicina de la Universidad de Stanford . [3] Para enfatizar el aspecto internacional de la conferencia, ISMB 1995 se celebró en Robinson College, Cambridge . ISMB 1995 también marcó un cambio en el enfoque de la conferencia. Alfonso Valencia , miembro de la junta directiva del ISCB y director del Instituto Nacional de Bioinformática de España, ha afirmado que, en 1995, "la conferencia pasó de ser una conferencia basada en la informática a un punto en el que todos se dieron cuenta de que, si quieres progresar, tiene que haber Más atención a la biología". [3]
ISMB 1997 se celebró en Halkidiki , Grecia y marcó la fundación de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [5] ISCB se formó con el objetivo de gestionar todos los aspectos científicos, organizativos y financieros de la conferencia ISMB y para proporcionar un foro para que los científicos aborden el papel emergente de las computadoras en las ciencias biológicas. ISCB ha ayudado a organizar la serie de conferencias ISMB desde 1998. [2] El período posterior a la formación de ISCB también marcó una expansión en el número de asistentes a ISMB: a ISMB 2000 (celebrada en la Universidad de California, San Diego ) asistieron más de 1.000 delegados, [1] presentando 141 artículos científicos. [3] Esta reunión fue también la última vez que ISMB se llevaría a cabo en una universidad, debido a limitaciones de tamaño. [1]
En 2004, la ISMB se celebró por primera vez conjuntamente con la Conferencia Europea sobre Biología Computacional . La conferencia también tuvo lugar junto con la conferencia Genes, Proteínas y Computadoras. Esta reunión, celebrada en Glasgow , Reino Unido , fue la conferencia de bioinformática más grande jamás celebrada, [6] a la que asistieron 2.136 delegados y presentaron 496 artículos científicos. [7] Alfonso Valencia considera la ISMB/ECCB 2004 como un hito importante en la historia de la ISMB: "fue la primera donde el equilibrio entre Europa y los Estados se convirtió en una parte importante de la conferencia. Fue aquí donde establecimos el normas y los modos y el espíritu de colaboración entre los americanos y los europeos". [3] El éxito de la conferencia conjunta allanó el camino para futuras reuniones europeas del ISMB que se celebrarán conjuntamente con el ECCB. [3]
A finales de 2006, ISCB atravesaba dificultades financieras. Dos conferencias (ISMB 2003, en Brisbane e ISMB 2006, en Fortaleza ) redujeron drásticamente el número de participantes debido a su ubicación, con la correspondiente reducción de ingresos. [8] Para permitir la asistencia de más delegados, se decidió limitar las ubicaciones de la conferencia a América del Norte y Europa. En enero de 2007, ISMB y ECCB acordaron celebrar conferencias conjuntas en Europa cada dos años, comenzando con ISMB/ECCB 2007. [2] ISMB se celebraría en América del Norte en los años entre reuniones conjuntas. A partir de 2016 [actualizar], se ha confirmado que este patrón continuará hasta al menos 2019. ISMB/ECCB 2007 (celebrada en Viena , Austria ) marcó la primera conferencia cuya organización ISCB asumió total responsabilidad. [1] Viena se convirtió en la primera ciudad en albergar ISMB dos veces con ISMB/ECCB 2011. Esta 'visita de regreso' fue un experimento destinado a reducir el creciente esfuerzo requerido para encontrar lugares adecuados para la conferencia. Aunque el regreso a Viena solo se consideró parcialmente exitoso debido a los aumentos de precios, se prevé que Boston (que albergó ISMB 2010 y 2014) se convierta en un sitio "seguro" al que ISMB pueda regresar periódicamente. [1]
ISMB celebró su vigésima reunión con ISMB 2012, celebrada en Long Beach, California . Este evento atrajo a alrededor de 1.600 delegados, [1] que presentaron 268 artículos científicos. [3] Richard H. Lathrop y Lawrence Hunter presentaron una presentación especial, analizando reuniones anteriores de la ISMB e intentando predecir hacia dónde se dirigirá el campo de la bioinformática en el futuro. [9] ISMB/ECCB 2013 se celebró en Berlín , Alemania , y asistieron alrededor de 2.000 delegados, que presentaron 233 artículos científicos. [10]
La conferencia principal de ISMB suele durar tres días y consta de presentaciones, sesiones de carteles y charlas magistrales . [1]
Los trabajos académicos en ISMB se presentaban tradicionalmente en una sola vía. [3] Las presentaciones en ISMB 1994 se dividieron en tres días temáticos, centrándose en la predicción de la estructura secundaria de proteínas , el análisis de secuencias y las técnicas de inteligencia artificial y aplicaciones bioquímicas, respectivamente. [4] A medida que aumentó la asistencia a ISMB, el enfoque de vía única se volvió cada vez más insostenible y se introdujeron dos vías paralelas en ISMB/ECCB 2004. Una mayor expansión significó que, para ISMB 2012, se presentaron más de 200 charlas en nueve vías paralelas [1] incluyendo múltiples pistas de procedimientos , una pista de aspectos destacados y una pista de tecnología. La introducción de vías paralelas al ISMB fue controvertida. Christopher Rawlings (jefe de Biología Computacional y de Sistemas en Rothamsted Research y organizador de ISMB 1995) ha dicho: "Había mucha gente que quería mantenerlo con más fuerza en el modelo de sistemas inteligentes de IA y tener una reunión a la que todos asistieran". todo. Pero simplemente creció demasiado. Simplemente no pudimos". [3] A medida que aumentó el número de artículos de actas presentados , la tasa de aceptación disminuyó drásticamente, del 75 % en 1994 al 13 % en 2012. [3] Las actas de ISMB de 1993 a 2000 fueron publicadas por AAAI Press . Desde ISMB 2001, las actas se han publicado en la revista Bioinformatics . [11] [12] El número de carteles presentados en ISMB también ha aumentado dramáticamente. Se presentaron 25 carteles en ISMB 1994; [4] En reuniones recientes de la ISMB, se han presentado entre 500 y 1000 carteles en múltiples sesiones de carteles. [1]
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Las charlas magistrales se presentan en una sola pista y generalmente atraen a la mayor audiencia. [2] Estas presentaciones se eligen para destacar investigaciones destacadas en el campo de la bioinformática . Entre los oradores principales destacados de la ISMB se incluyen ocho premios Nobel : Richard J. Roberts (orador principal en 1994, 2006), John Sulston (1995), Manfred Eigen (1999), Gerald Edelman (2000), Sydney Brenner (2003), Kurt Wüthrich ( 2006), Robert Huber (2006) y Michael Levitt (2015). [5] [13] [14]
A partir de 2012, [actualizar]ISMB cuenta con un presupuesto superior a 1,5 millones de dólares y, en términos de ingresos, genera cuatro veces más que las otras conferencias ISCB (ISCB-Latin America, ISCB-Africa , ISCB-Asia, Rocky Mountain Bioinformatics Conference, CSHALS y la Conferencia de Bioinformática de los Grandes Lagos) combinados. [1] Las tarifas de inscripción estándar (a partir de 2013) rondan los 1.000 dólares para los académicos que son miembros de la ISCB (1.350 dólares para los no miembros), con tarifas más bajas para estudiantes y tarifas más altas para delegados corporativos, respectivamente. Se ofrecen descuentos por inscripción anticipada. [15]
Los tutoriales previos a la conferencia han jugado un papel importante en ISMB desde la primera conferencia. [2] Los tutoriales en ISMB 1994 incluyeron introducciones a algoritmos genéticos , redes neuronales , IA para biólogos moleculares y biología molecular para informáticos. [4] En ISMB/ECCB 2013 se presentaron tutoriales sobre proteómica basada en espectrometría de masas computacional y acceso a datos ENCODE. [16]
A medida que la asistencia a la ISMB creció a finales de la década de 1990, se formaron varias reuniones satélite y reuniones de grupos de intereses especiales (SIG) junto con la conferencia principal. Las reuniones del SIG se llevan a cabo uno o dos días antes de la conferencia principal y se centran en un tema específico, lo que permite una discusión más detallada que la que habría tiempo para la conferencia principal. [17] Las reuniones SIG notables incluyen la Conferencia de Código Abierto de Bioinformática (BOSC), que se celebra anualmente desde 2000 [18] y Bio-Ontologies, que se celebra anualmente desde 1998. [19] Las reuniones satélite suelen durar dos días y se llevan a cabo en conjunto con ISMB. La duodécima conferencia CAMDA y la novena reunión 3DSIG se llevaron a cabo como reuniones satélite de ISMB/ECCB 2013. [20] [21]
