La temporada de 1996 fue el quinto año completo de fútbol competitivo en el país báltico como nación independiente. Después de una mala racha en 1995 (doce derrotas en doce partidos), la selección nacional de fútbol de Estonia comenzó a disputar el torneo clasificatorio para la Copa Mundial de la FIFA 1998 en Francia . El equipo tenía un nuevo entrenador: el islandés Teitur Thordarson .
El 26 de diciembre de 1996 Estonia jugó contra el equipo del País Vasco , que no es miembro de la FIFA ; este partido no contribuyó a los puntos de clasificación ni a los totales de partidos internacionales.
