La segunda presidencia de Alan García (2006-2011) comenzó con el exitoso crecimiento económico del país recuperándose de la crisis de la primera presidencia de Alan García en la década de 1980. Los presidentes Alberto Fujimori (1990-2000) y Alejandro Toledo (2001-2006) comenzaron con nuevas políticas económicas neoliberales después de la crisis de García.
Luego de que la Oficina Nacional de Procesos Electorales contabilizara el 100,00% de los votos, confirmando que Alan García Pérez era el nuevo Presidente del Perú, el 21 de junio de 2006 el Jurado Nacional de Elecciones lo acreditó como Presidente Electo, sucediendo a Alejandro Toledo , quien fue su rival en el año 2001.
Durante el período de transición, García hizo numerosos anuncios que marcarían su futura gestión. Entre los principales anuncios que realizó, figuran la creación del Ministerio de Pesca y el futuro Ministerio de Cultura y Deportes. También anunció que su Gabinete sería paritario, recibiendo elogios de Lourdes Flores , líder de la oposición, quien centró su campaña en el tema de la igualdad de la mujer.
García Pérez se reunió el 11 de julio con Lourdes Flores, presidenta del Partido Popular Cristiano y líder de Unidad Nacional (Perú) . El evento, que tuvo lugar en la casa de Flores, duró una hora y abordó temas de la realidad del país. García negó haberle ofrecido a Flores un puesto ministerial. Sin embargo, unas semanas después, explicó que le había ofrecido el cargo de primera ministra del Perú y una coalición de gobierno.
El 20 de julio anunció a dos miembros de su gabinete: José Antonio García Belaúnde como ministro de Relaciones Exteriores y Luis Carranza como ministro de Economía y Finanzas. El nombramiento de García Belaúnde fue bien recibido por todos los sectores públicos y privados mientras que Carranza solo fue recibido positivamente por la comunidad empresarial y los expertos en temas económicos. La Confederación General de Trabajadores del Perú y los representantes de la Unión por el Perú calificaron el nombramiento de Carranza como una continuación del modelo neoliberal de Alejandro Toledo y Alberto Fujimori , y como un acercamiento a la derecha de Lourdes Flores , quien calificó el nombramiento de Carranza en el Ministerio como "extraordinario".
Como parte de su vida privada, y tras la publicación de un artículo del periodista César Hildebrandt, el 23 de octubre se confirmó que García tuvo un sexto hijo fuera del matrimonio con su esposa, Pilar Nores . Federico Dantón García Cheesman fue reconocido por el Presidente como su hijo, producto de una relación que se mantuvo cuando se separó de su esposa en 2005. De inmediato, recibió algunos elogios de los diputados por haber admitido públicamente a su hijo, pero otros como Lourdes Flores (líder de la oposición) o el diputado Daniel Abugattás , lo criticaron por ser "infiel" y a Pilar Nores por "aceptar cualquier agravio de su marido".
En octubre de 2007, también anunció la creación de la Oficina Nacional Anticorrupción y el nombramiento de Carolina Lizarraga como directora del organismo. El anuncio fue criticado por la Contraloría, el Procurador General de la República y el Presidente de la Corte Suprema y podría tratarse de una "duplicación de funciones".
El 28 de julio de 2006 se celebró la ceremonia de traspaso del poder. A la ceremonia asistieron el Presidente Luiz Inácio Lula da Silva de Brasil, Evo Morales de Bolivia, Michelle Bachelet de Chile, Nicanor Duarte Frutos de Paraguay, Manuel Zelaya de Honduras, Álvaro Uribe de Colombia, Martín Torrijos Espino de Panamá, Alfredo Palacio González de Ecuador y Antonio Saca de El Salvador, y el Príncipe de Asturias , el Presidente del Senado de Argelia, Abbelkader Bensalah, el Ministro de Cultura de China, Zheng Jian Sung, el Viceprimer Ministro El Ministro y Ministro de Asuntos Exteriores de Luxemburgo, Jean Asselborm, y el Secretario de Estado de Polonia, Andrzeg Krawczyk. En representación de otros países, viajaron representantes de Argentina, Uruguay, Estados Unidos, Rusia, China, Luxemburgo, México, Argelia, Japón y otras delegaciones oficiales. Alan García inició su presidencia a las 11:41 am (hora peruana), rompiendo el protocolo porque la presidenta del Congreso, Mercedes Cabanillas no le puso la cinta presidencial, sino que lo hizo él mismo por su estatura, aunque algunos piensan que lo hizo Esto se debe a su deseo de protagonismo.
García Pérez inició su presidencia el 28 de julio de 2006, presentando numerosos proyectos de ley y decretos que reducían los sueldos de los cargos políticos del Estado peruano. Su ministro de Defensa, Allan Wagner, anunció que se aprobaría la reanudación del gasto militar con Chile , noticia que fue confirmada por el ministro de Asuntos Exteriores de Chile , Alejandro Foxley . El 4 de agosto de 2006, García Pérez se reunió con María Teresa Fernández de la Vega , vicepresidenta primera del Gobierno de España , con quien trató temas sobre las relaciones entre España y Perú. Fernández de la Vega también habló sobre el apoyo de España a las comunidades indígenas del Perú, así como sobre las inversiones en el Perú.
García Pérez viajó el 5 de agosto a Puno y Tacna , acompañado por el Primer Ministro del Perú , Jorge Del Castillo , la Ministra de Transportes y Comunicaciones Verónica Zavala Lombardi y el Congresista César Zumaeta . En su primer viaje al interior del Perú, Puno actuó en la nueva zona y Tacna para darle importancia al puente Almirante Grau y al Departamento de Ferrocarriles de Tacna.
Como parte de su promesa de campaña, el 8 de agosto propuso un referéndum sobre el retorno de la pena de muerte para violadores de menores. Su propuesta fue inmediatamente respaldada por congresistas como Lourdes Alcorta o Luisa María Cuculiza , sin embargo encontró oposición en los vicepresidentes Luis Giampietri y Lourdes Mendoza del Solar . El Congreso de la República del Perú estaría en discusión interna si aceptaría o no la propuesta del Presidente. El anuncio provocó opiniones encontradas incluso dentro del Gabinete.
La ministra de Transportes y Comunicaciones, Verónica Zavala, anunció que durante la gestión de García, se entregó en concesión varios aeropuertos del interior del Perú. Asimismo, Pilar Mazzetti (ministra del Interior) puso en marcha el “Plan Telaraña 2” con la compra de más de 200 motocicletas para la Policía Nacional del Perú . Asimismo, anunció que durante la gestión de García, los policías podrían experimentar aumentos salariales durante los próximos nueve meses conforme la política de austeridad lo permita. El 18 de agosto, recibió a la “fragata BAP Bolognesi”, en un encuentro presidido por él, los vicepresidentes Luis Giampietri y Lourdes Mendoza y el ministro de Defensa , Allan Wagner . Ese mismo día, se aprobó la ley que integra a numerosos taxistas integrados al Sistema de Salud en una ceremonia en el Palacio Presidencial, acompañada por el congresista Mauricio Mulder y varios miembros del partido.
El 20 de agosto, la Construcción anunció un paro nacional contra el gobierno de García Pérez por supuestamente no cumplir con sus promesas de campaña. La clase política, encabezada por Luis Gonzales Posada rechazó esta declaración por considerarla incoherente e incluso Ollanta Humala había sido acusado de provocar esta ley de austeridad. Como se muestra, Alan García se afilió al Seguro Social de Salud (EsSalud), el 22 de agosto de 2006, renunciando al seguro de vida que también tenía Alejandro Toledo.
Recién al día siguiente, la mina Yanacocha cesó sus operaciones por completo, a pesar de las protestas de los pobladores. Rápidamente, Jorge Del Castillo , Juan Valdivia y Pilar Mazzetti fueron tildados de ineficientes en sus cargos por permitir que el conflicto condujera a ese desenlace. El 29 de agosto, luego de difíciles negociaciones en el despacho del Primer Ministro del Perú , se acordó atender las necesidades de Yanacocha Cajamarca y reabrir sus puertas.
El 8 de septiembre de 2006, inició el proyecto contra el analfabetismo, acompañado por el ministro de Educación, José Antonio Chang, y la ministra de Trabajo, Susana Pinilla . Su gobierno invirtió cerca de 350 millones de nuevos soles peruanos anuales para apoyar este proyecto, con la esperanza de acabar con el analfabetismo en 2011. Al día siguiente, recibió su primera gran manifestación contra el gobierno, encabezada por la Confederación General de Trabajadores del Perú y Ollanta Humala, provocando grandes congestiones en las principales vías de Lima. La marcha tenía como objetivo, exigirle a García que cumpliera con sus promesas de campaña.
Para no tener más accidentes, García puso en marcha el plan “Tolerancia Cero”, que busca que aquellos vehículos que no cumplan ni siquiera con una norma de Requista, no puedan circular por las carreteras. Lo acompañaba Verónica Zavala Lombardi. El 8 de enero de 2007 se realizó la evaluación a los docentes del Perú, programa que fue rechazado por el Sindicato de Trabajadores de la Educación del Perú y su secretaria general Caridad Montes por considerarlo inadecuado y además por la satanización de las víctimas que estaban siendo los docentes, proceso que fue propuesto por el presidente García con el beneplácito de importantes dirigentes políticos y sociales. El 11 de enero de 2007, el Congreso rechazó su proyecto de aplicar la pena de muerte a quienes cometan actos de terrorismo, votando por el APRA y los fujimoristas y en contra de los nacionalistas, upepistas, y miembros de la Unidad Nacional y parlamentarios. El mismo día, sin embargo, propuso un referéndum para preguntar al pueblo sobre este asunto, aunque se llevaría a cabo antes de un cambio constitucional ya que la Constitución no permite referendos para restringir derechos fundamentales (en este caso la vida).
Sobre este asunto, ambos dirigentes opositores fueron criticados. Ollanta Humala manifestó su rechazo a las opiniones del Presidente sobre el allanamiento a la Corte Interamericana de Derechos Humanos , alegando que Perú debe acatarlas. Del mismo modo, Lourdes Flores dijo que García no puede volver a "tener caprichos" como los tuvo durante su primer mandato en el caso de la nacionalización de los bancos y no pagar la deuda externa.
En octubre de 2008, se difundieron audios entre funcionarios del gobierno negociando la entrega de bloques petroleros a una empresa extranjera. Luego de que se revelara el audio en el que participaban el Primer Ministro Jorge Del Castillo y el Ministro Juan Valdivia , los miembros del Gabinete renunciaron a sus cargos ante el Presidente Alan García. García lamentó y aceptó la renuncia del gabinete. Tras la renuncia del Consejo de Ministros, el Gobernador de Lambayeque Yehude Simón fue designado Primer Ministro del Perú , sucediendo a Jorge Del Castillo .
El 5 de junio de 2009, la ministra del Interior, Mercedes Cabanillas, ordenó a la policía recuperar los caminos tomados por los indígenas amazónicos que habían bloqueado la región de Bagua. Los indígenas se manifestaron contra los decretos especiales que había promulgado el poder ejecutivo, que regulaban la explotación de tierras no cultivadas para explotar recursos no renovables y renovables. En el intento de desbloquearlos murieron 10 indígenas y 24 policías. Según testigos, los cuerpos de los indígenas muertos fueron arrojados a los ríos. Además, una parte importante de los policías enviados fueron ejecutados por un grupo de indígenas, ya que los policías estaban desarmados. Estos hechos no pudieron ser confirmados ni por el Defensor del Pueblo ni por la misión especial de las Naciones Unidas. Después de eso, el Congreso interrogó al Primer Ministro Yehude Simon y a la Ministra Mercedes Cabanillas, luego presentó una moción de censura contra ambos, que no prosperó. El 8 de julio, Alan García anunció una remodelación del gabinete el 11 de julio y Javier Velásquez fue nombrado Primer Ministro.
El crecimiento del Producto Bruto Interno (PBI) en el 2006 fue de casi 8% y para los dos años siguientes, la cifra osciló cerca del 9%, debido a los efectos de la crisis mundial, en el 2009 creció en 1,12% y en el 2010 la variación fue positiva en 8,78%. Además, un quinquenio en el que el PBI creció en 7,2%, pese a sus proyecciones iniciales de 5,3%. Sin duda, la minería y los precios internacionales de los metales son los responsables de tan importantes cifras. Con reservas internacionales netas de US$ 47.059 millones al cierre de junio, según el Banco Central de Reserva (BCR). Con un adecuado manejo de la economía, el Perú podría salir adelante sin mayores recesiones mundiales que afectaran a los principales compradores, EE.UU., China, etc.
Con distintos matices, parte del auge de las exportaciones peruanas se debió a una agresiva política de firma de TLC que si bien puede haber sido más beneficioso para el Perú -en la protección de la biodiversidad y en el tema de medicamentos, por ejemplo- ha significado la llegada de productos bandera a mercados no explotados. Además del TLC con EE.UU., Chile y China, se han firmado otros con Canadá, Singapur, EFTA (Suiza, Liechtenstein, Islandia y Noruega), Tailandia, Corea del Sur, México y la Unión Europea.
El 27 de julio de 2006, Alan García anunció los integrantes del primer Consejo de Ministros, presidido por Jorge Del Castillo , amigo íntimo de García Pérez y secretario general del APRA. Entre ellos destacan cinco mujeres, el número más alto en la historia del Perú y uno de los más altos de América Latina, así como numerosos trabajadores independientes del régimen de Toledo, mientras que sólo siete miembros del consejo eran apristas. Con la renuncia de Mazzetti en febrero de 2007, se incorporaron al Gabinete cinco mujeres y un miembro del APRA.
Entre el 12 y el 15 de agosto, el ministro de Vivienda, Hernán Garrido Lecca , tuvo una pelea verbal con el congresista y exministro de Estado Carlos Bruce , por supuestamente mentirle al país sobre obras que se realizarían sin licitación. Al día siguiente se reunió con Jorge Del Castillo para arreglar las diferencias. El mismo día, la ministra de Trabajo, Susana Pinilla , dijo que su antecesor, Carlos Almería, había cometido graves actos de corrupción en el programa “Obra Urbana” cobrando por calidad, dinero que sería entregado a su gente de confianza e incluso a Alejandro Toledo. Asimismo, Pilar Mazzetti fue denunciada por supuestamente colocar a su amiga íntima en un puesto en el Ministerio del Interior del Perú que había desaparecido en 2005.
El 25 de agosto de 2006, se presentaron al Congreso del Perú en una sesión anecdótica, con el fin de obtener el voto de confianza. Durante su presentación, el congresista Víctor Andrés García Belaúnde anunció el fallecimiento de Valentín Paniagua , interrumpiendo la presentación del Gabinete de Jorge Del Castillo. Posteriormente se confirmó que no estaba muerto, pero causó alivio en el malestar entre los presentes, quienes le habían rendido un minuto de silencio en un homenaje "póstumo". Luego, el congresista Miro Ruiz , le dio un "rodillazo" al titular del Ministerio de Energía y Minas del Perú ya que, según él y sus electores, el gobierno negocia "de rodillas" con los mineros.
Finalmente, tras el debate en pleno, obtuvo el apoyo del partido APRA, del Grupo Parlamentario de Unidad Nacional y de la Alianza Parlamentaria Fujimorista. Los diputados de la Unión por el Perú se abstuvieron, mientras que el Partido Nacionalista Peruano votó en contra por 68 a 69. El 9 de septiembre de 2006, el ex candidato a Primer Vicepresidente Arturo Woodman fue designado Presidente del Instituto Peruano del Deporte y a pesar de no ser un ministerio, tiene rango de gabinete.
El 24 de febrero de 2007, Pilar Mazzetti renunció al despacho del Interior, primer piso del Gabinete presidido por Jorge Del Castillo. Pilar Mazzetti fue reemplazada en el cargo por el ex vicepresidente Luis Alva Castro , jurando el 26 de febrero de ese año. Un problema similar se produjo cuando Juan José Salazar renunció al cargo de ministro de Agricultura, y fue reemplazado por el economista Ismael Benavides Ferreyros .
En octubre de 2007, el Presidente García anunció cambios ministeriales a través de Jorge Del Castillo, ratificándolo de alguna manera en el cargo. Esto podría considerarse un “hito” en el Perú pues es la primera vez que se habla de cambios ministeriales sin la salida del Primer Ministro del Perú. Entre los rumores salidos de la prensa estaban Verónica Zavala Lombardi, María Zavala Valladares y Carlos Vallejos Sologuren . Asimismo, también se habló de un “enroque” para que Susana Pinilla pase al Ministerio de la Mujer y otro para que Luis Alva Castro pase al Ministerio de Defensa del Perú , aunque también se especuló con que Mercedes Cabanillas tomaría ese cargo.
Sin embargo, el 19 de diciembre se anunciaron los cambios ministeriales y hubo 6 cambios, 2 rotaciones y cuatro nuevos ministros, quienes juraron el 20 de diciembre de 2007. Además, el 13 de mayo de 2008, García creó el Ministerio de Medio Ambiente, siendo su primer titular, Antonio Brack Egg . Juramento el 16 de mayo de ese año, durante la V Cumbre UE-ALC.
Después del escándalo de Bagua en la Amazonia, Yehude Simon renunció junto con todo el gabinete. El 11 de julio de 2009 fue nombrado presidente del Congreso Javier Velásquez . El 14 de septiembre de 2010, Javier Velásquez renunció al cargo de primer ministro del Perú debido a su intención de postularse a la presidencia del Perú, pero no fue elegido en las elecciones primarias. El presidente García nombró primer ministro al ministro de Educación José Antonio Chang , pero sólo duró hasta marzo de 2011, porque necesitaba cuidar su universidad. La ministra de Justicia Rosario Fernández fue designada por García como su última primera ministra y jefa de gabinete. Su presidencia terminó el 28 de julio de 2011, sin entregar la cinta presidencial al presidente electo Ollanta Humala .