El método de secuencia polimórfica amplificada escindida ( CAPS ) es una técnica de biología molecular para el análisis de marcadores genéticos . Es una extensión del método de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción ( RFLP ), que utiliza la reacción en cadena de la polimerasa ( PCR ) para analizar los resultados de forma más rápida.
Al igual que el RFLP, el CAPS funciona según el principio de que las diferencias genéticas entre individuos pueden crear o abolir sitios de restricción de endonucleasas de restricción , y que estas diferencias pueden detectarse en la longitud del fragmento de ADN resultante después de la digestión.
En el método CAPS, la amplificación por PCR se dirige a través del sitio de restricción alterado y los productos se digieren con la enzima de restricción. Cuando se fraccionan mediante electroforesis en gel de agarosa o poliacrilamida , los productos de PCR digeridos darán patrones de bandas fácilmente distinguibles. Alternativamente, el segmento amplificado se puede analizar mediante sondas de oligonucleótidos específicos de alelo (ASO), un proceso que a menudo se puede realizar mediante un simple dot blot .