Riboconmutador SAM-V

El riboswitch SAM-V es el quinto riboswitch conocido que se une a la S-adenosil metionina (SAM). Se descubrió por primera vez en la bacteria marina Candidatus Pelagibacter ubique y también se puede encontrar en metagenomas marinos . ^[1] SAM-V presenta una secuencia de consenso y una estructura secundaria similares al sitio de unión del riboswitch SAM-II , pero los análisis bioinformáticos agrupan los dos aptámeros de forma independiente. Estos bolsillos de unión similares sugieren que los dos riboswitches han experimentado una evolución convergente . ^[2]

La unión de SAM se confirmó mediante diálisis de equilibrio . El riboswitch se ha caracterizado como un "riboswitch en tándem": es capaz de regular tanto la traducción como la transcripción . Cuando SAM está presente en alta concentración, SAM-II se unirá a su ligando y formará un tallo terminador para detener la transcripción. Si SAM existe en concentraciones más bajas, SAM-V se transcribirá y, si la concentración de SAM aumenta, puede unirse a SAM y ocluir la secuencia Shine-Dalgarno del marco de lectura abierto aguas abajo . Esta regulación controla partes del metabolismo del azufre de las bacterias marinas . ^[2]

Se ha resuelto la estructura cristalina del riboswitch (PDB 6FZ0). Contiene un pseudonudo . ^[3]

Véase también

^ Meyer MM, Ames TD, Smith DP, et al. (2009). "Identificación de ARN estructurados candidatos en el organismo marino 'Candidatus Pelagibacter ubique'". BMC Genomics . 10 : 268. doi : 10.1186/1471-2164-10-268 . PMC 2704228 . PMID 19531245.
^ ab Poiata E, Meyer MM, Ames TD, Breaker RR (noviembre de 2009). "Una clase de aptámero de riboswitch variante para S-adenosilmetionina común en bacterias marinas". ARN . 15 (11): 2046–2056. doi :10.1261/rna.1824209. PMC 2764483 . PMID 19776155.
^ Huang, Lin; Lilley, David MJ (27 de julio de 2018). "Estructura y unión del ligando del riboswitch SAM-V". Nucleic Acids Research . 46 (13): 6869–6879. doi :10.1093/nar/gky520. ISSN 0305-1048. PMC 6061858 . PMID 29931337.

Kazanov MD, Vitreschak AG, Gelfand MS (2007). "Abundancia y diversidad funcional de riboswitches en comunidades microbianas". BMC Genomics . 8 : 347. doi : 10.1186/1471-2164-8-347 . PMC 2211319 . PMID 17908319.
Zhu Y, Pulukkunat DK, Li Y (2007). "Descifrando la diversidad estructural del ARN y la filogenia sistemática a partir de metagenomas microbianos". Nucleic Acids Res . 35 (7): 2283–2294. doi :10.1093/nar/gkm057. PMC 1874661 . PMID 17389640.
Winkler WC, Breaker RR (2005). "Regulación de la expresión génica bacteriana por riboswitches". Annu. Rev. Microbiol . 59 : 487–517. doi :10.1146/annurev.micro.59.030804.121336. PMID 16153177.
Mandal M, Lee M, Barrick JE, et al. (octubre de 2004). "Un riboswitch dependiente de la glicina que utiliza la unión cooperativa para controlar la expresión génica". Science . 306 (5694): 275–279. Bibcode :2004Sci...306..275M. doi :10.1126/science.1100829. PMID 15472076. S2CID 14311773.
Yooseph S, Sutton G, Rusch DB, et al. (marzo de 2007). "La expedición de muestreo global de océanos Sorcerer II: expandiendo el universo de familias de proteínas". PLOS Biol . 5 (3): e16. doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . PMC 1821046. PMID 17355171 .