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S. Joshua Swamidass

S. Joshua Swamidass es un biólogo computacional, médico, académico y autor estadounidense. Es profesor asociado de Medicina Genómica y de Laboratorio y director de la facultad de Bioinformática Traslacional en el Instituto de Informática de la Universidad de Washington en St. Louis . [1]

Swamidass ha publicado más de 150 artículos. Centra su investigación en las aplicaciones del aprendizaje automático estadístico y la teoría de la decisión en el contexto de la biología química y la medicina. También ha trabajado en el descubrimiento de fármacos , el metabolismo de fármacos y la investigación traslacional . Swamidass es el fundador de "Peaceful Science", donde escribe sobre el avance de la práctica cívica de la ciencia. [2] También se desempeña como editor asociado de BMC Medical Informatics and Decision Making. En 2019 publicó The Genealogical Adam and Eve.

En 2022, Swamidass se convirtió en miembro de la Academia Estadounidense para el Avance de la Ciencia. [3]

Educación

Swamidass estudió en la Universidad de California, Irvine , y recibió su licenciatura en Ciencias Biológicas en 2000, y su maestría y doctorado en Ciencias de la Información y la Computación en 2006 y 2007, respectivamente. En 2009, obtuvo su doctorado en Medicina y posteriormente se unió a la Universidad de Washington en St. Louis para completar su Residencia en Patología Clínica. [1]

Carrera

Swamidass fue nombrado instructor en el Departamento de Inmunología y Patología de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington en 2010, y fue ascendido al puesto de profesor adjunto de Medicina Genómica y de Laboratorio en 2011. Se desempeña como líder de la facultad de Bioinformática Traslacional desde 2017, y como profesor asociado de Medicina Genómica y de Laboratorio desde 2018. [1]

Investigación

La investigación de Swamidass se centra principalmente en la inteligencia artificial aplicada a problemas científicos en la intersección de la medicina, la biología y la química. [4] Sus trabajos en este campo han aparecido en WIRED [5] y The Wall Street Journal . [6]

Informática química

En sus estudios de informática química, Swamidass introdujo tres nuevos núcleos: Tanimoto, MinMax e Hybrid, basados ​​en la idea de huellas moleculares. Estudió las propiedades y las ventajas y desventajas de estos núcleos, y también analizó sus aplicaciones en términos de predicción de mutagenicidad, toxicidad y actividad anticancerígena en tres conjuntos de datos disponibles públicamente. [7] En 2013, demostró que los algoritmos de inteligencia artificial pueden predecir las transformaciones metabólicas de las moléculas xenobióticas, y destacó el papel de estos procesos en la seguridad, eficacia y dosis de los medicamentos. [8] También desarrolló y exploró algoritmos relacionados con búsquedas rápidas y exactas de huellas químicas en tiempo lineal y sublineal. [9] Junto con otros coautores, desarrolló un nuevo método de detección, Influence Relevance Voter (IRV), y proporcionó sus ventajas sobre otros SVM y otros métodos. [10] Además, centró su estudio en destacar las oportunidades y los obstáculos para el aprendizaje profundo en biología y medicina. [11]

Metabolismo de fármacos

Swamidass estudió el metabolismo de los fármacos, [12] describió sus impactos en el contexto de la morbilidad y mortalidad de los pacientes y proporcionó nuevas direcciones como el metabolismo conjunto y el modelado de la reactividad. [13] Mientras se centraba en el descubrimiento de fármacos de código abierto con la caja de la malaria, sugirió mecanismos de acción para los compuestos activos en la eliminación de múltiples etapas del ciclo de vida del parásito de la malaria y también definió los procesos para catalizar el descubrimiento de fármacos para docenas de indicaciones diferentes. [14]

El Adán y Eva genealógicos

Swamidass publicó The Genealogical Adam and Eve: The Surprising Science of Universal Ancestry en 2019 basado en las implicaciones de la ascendencia genealógica universal reciente con respecto a la teología de la imagen de Dios, la caída y las personas fuera del jardín. [15] El apéndice incluye el trabajo de Swamidass The Resurrection, Evidence, and The Scientist , que analiza sus razones para creer en la resurrección de Jesús . [16] En su entrevista con “ BibleProject Podcast ”, discutió las diferencias entre la ascendencia genealógica y la ascendencia genética, y exploró el conflicto que existe entre la ciencia evolutiva y el creacionismo. Además, afirmó que "el relato genealógico no prueba [la existencia de Adán y Eva], pero es imposible refutar la existencia de una pareja así hace 6.000 años". [17] Anjeanette Roberts elogió el trabajo de Swamidass y afirmó que en su libro el énfasis en "la ascendencia genealógica es tan claramente bíblica que su ausencia a largo plazo en las conversaciones evangélicas sobre los orígenes humanos es chocante" y el trabajo también ayuda a eliminar "la enemistad y las barreras que dividen a los científicos, teólogos, exégetas, evolucionistas y creacionistas". [18] Nathan H. Lents pensó que el "intento audaz" del libro de encontrar un lugar para Adán y Eva dentro de la comprensión científica de la ascendencia humana podría ayudar a reconciliar a los evangélicos con la ciencia evolucionista y la ciencia en general, pero pensó que es poco probable que persuada a los científicos de un papel para la narrativa del Génesis en los orígenes humanos. [19]

Bibliografía

Libros

Artículos seleccionados

Referencias

  1. ^ abc "S. Joshua Swamidass, MD, PhD".
  2. ^ "Ciencia pacífica".
  3. ^ "Becarios AAAS 2022".
  4. ^ "S. Joshua Swamidass, MD Doctor en Filosofía".
  5. ^ Heilweil, Rebecca (3 de octubre de 2018). "El clero estadounidense se está asociando con los científicos". Wired .
  6. ^ Boldrin, Michele; Swamidass, S. Joshua (25 de julio de 2011). "Una nueva negociación para las aprobaciones de medicamentos". Wall Street Journal .
  7. ^ Ralaivola, Liva; Swamidass, Sanjay J.; Saigo, Hiroto; Baldi, Pierre (2005). "Núcleos de grafos para informática química". Redes neuronales . 18 (8): 1093–1110. doi :10.1016/j.neunet.2005.07.009. PMID  16157471.
  8. ^ Zaretzki, Jed; Matlock, Matthew; Swamidass, S. Joshua (2013). "XenoSite: predicción precisa de sitios de metabolismo mediados por CYP con redes neuronales". Revista de información y modelado químico . 53 (12): 3373–3383. doi :10.1021/ci400518g. PMID  24224933. S2CID  1169242.
  9. ^ Swamidass, SJ; Baldi, P. (2007). "Límites y algoritmos para búsquedas rápidas y exactas de huellas químicas en tiempo lineal y sublineal". Revista de información y modelado químico . 47 (2): 302–317. doi :10.1021/ci600358f. PMC 2527184 . PMID  17326616. 
  10. ^ Swamidass, SJ; Azencott, CA; Lin, TW; Gramajo, H.; Tsai, SC; Baldi, P. (2009). "Votación por relevancia de influencia: un método de selección virtual de alto rendimiento preciso e interpretable". Journal of Chemical Information and Modeling . 49 (4): 756–766. doi :10.1021/ci8004379. PMC 2750043 . PMID  19391629. 
  11. ^ Ching, Travers; et al. (2018). "Oportunidades y obstáculos para el aprendizaje profundo en biología y medicina". Journal of the Royal Society Interface . 15 (141). doi :10.1098/rsif.2017.0387. PMC 5938574 . PMID  29618526. 
  12. ^ Flynn, Noah R.; Dang, Na Le; Ward, Michael D.; Swamidass, S. Joshua (2020). "XenoNet: inferencia y probabilidad de formación de metabolitos intermedios". Revista de información y modelado químico . 60 (7): 3431–3449. doi :10.1021/acs.jcim.0c00361. PMC 8716322 . PMID  32525671. 
  13. ^ Hughes, Tyler B.; Dang, Na Le; Kumar, Ayush; Flynn, Noah R.; Swamidass, S. Joshua (2020). "Bosque metabólico: predicción de las diversas estructuras de los metabolitos de los fármacos". Revista de información y modelado químico . 60 (10): 4702–4716. doi :10.1021/acs.jcim.0c00360. PMC 8716321 . PMID  32881497. 
  14. ^ Van Voorhis, Wesley C.; et al. (2016). "Descubrimiento de fármacos de código abierto con la colección de compuestos Malaria Box para enfermedades olvidadas y más allá". PLOS Pathogens . 12 (7): e1005763. doi : 10.1371/journal.ppat.1005763 . PMC 4965013 . PMID  27467575. 
  15. ^ El Adán y Eva genealógicos La sorprendente ciencia de la ascendencia universal.
  16. ^ Swamidass, S. Joshua (9 de marzo de 2020). «La resurrección, la evidencia y el científico». Archivado desde el original el 4 de abril de 2021. Consultado el 29 de abril de 2022 .
  17. ^ Mackie, Tim; Collins, Jon; Swamidass, S. Joshua (5 de julio de 2021). "Cosmología antigua • Episodio 7". Proyecto Biblia (Podcast).
  18. ^ Roberts, Anjeanette (21 de agosto de 2020). Una invitación a recuperar el misterio y buscar la unidad. Simposio sobre el Adán y la Eva genealógicos. Deerfield, IL: Henry Center for Theological Understanding.
  19. ^ Lents, Nathan H. (4 de octubre de 2019). "El próximo libro deja abierta la posibilidad científica de la existencia de 'Adán y Eva'". USA Today .