Los británicos obtuvieron Malabar de manos de Tippu Sultan en 1792, pero Malabar era una provincia plagada de revueltas, disturbios e insurgencia desde 1766, cuando Hyder Ali ocupó toda Malabar. Dos décadas de esfuerzos de Mysore para subyugar esta provincia terminaron en caos y confusión en Malabar, con una parte de su población muerta o emigrada y una economía que alguna vez fue próspera destruida.
Los potentados locales que lucharon junto a los británicos en la guerra contra Tippu no estaban contentos con que los británicos quisieran que los rajás aceptaran la soberanía británica y pagaran tributos junto con la interferencia británica en los asuntos internos. Aunque firmaron tratados en 1792 que aceptaban las demandas británicas, pronto muchos se rebelaron y hundieron al país una vez más en un estado de caos y guerra que caracterizó a la provincia desde 1766.
La política británica al principio fue reinstalar a los antiguos rajás que huyeron a Travancore cuando Hyder Ali invadió Malabar, pero la interferencia británica en el antiguo orden, que restringió los poderes tradicionales de los potentados locales (muchos de los cuales habían ayudado a los británicos en la guerra contra Tippu), junto con los altos niveles de recaudación de impuestos al campesinado, hicieron que una gran parte de la población se descontentara y optara por rebelarse.
La provincia de Malabar se encontraba en estado de desorden desde 1792, cuando los británicos adquirieron el control de Malabar, y esto continuó hasta 1806, cuando persiguieron a los últimos partidarios del Raja de Pazhassi .
Este período de perturbación se puede dividir en dos subperíodos:
Desde 1792 hasta 1798, Pazhassi Raja h de Kottayam , Ravi Varma y sus sobrinos [príncipes de Calicut de Padinjare Kovilakam] y [Kunhu Achan Príncipe heredero de Palghat ] junto con el jefe de Mappila Unni Mootha Muppan y algunos Gouda Polygars de Coimbatore.
Desde 1799 hasta 1806, el rajá Pazhassi se enfrentó a los británicos en el norte de Malabar en las guerras de Cotiote casi solo, ya que el resto de los príncipes y jefes ya habían llegado a un acuerdo con los británicos. Pero un trío de jefes mappila (Chemban Poker, Manjeri Athan Gurikkal y Unni Mootha Muppan) se rebelaron en el sur de Malabar.
Estas cifras turbulentas obligaron a las autoridades británicas a desplegar un gran ejército de entre 10.000 y 15.000 hombres. Se informa de grandes pérdidas de hombres en ambos bandos: los británicos perdieron 4.000 hombres solo en su primera guerra contra el rajá de Pazhassi . Las colinas y montañas cubiertas de bosques que cubrían la mayor parte de Malabar resultaron útiles a los rebeldes, que libraron una guerra de guerrillas para hostigar a los regimientos británicos.
La política fiscal británica provocó un levantamiento a principios de 1803 que fue total y generalizado en Malabar. Los británicos inmediatamente volvieron a aplicar las antiguas tasas fiscales y persuadieron a la furiosa provincia para que se calmara en junio de 1803. Los británicos se reunieron con la mayoría de los rajás y nobles que no se habían unido a la rebelión de Pazhassi y lograron que aceptaran que ellos [los rajás y nobles] hablarían con el pueblo para poner fin a la revuelta y regresar a casa. Este fue un levantamiento espontáneo y la revuelta más severa que los británicos enfrentaron en Malabar desde 1792 hasta 1947.
Los británicos, que temían tener que enfrentarse a una revuelta que duraría veinticinco años, como la de los gobernantes de Mysore, actuaron con más cautela y sabiduría. Convencieron a los rajás, a quienes el pueblo tenía absoluta lealtad, de que permitieran a los británicos anexionarse sus reinos a cambio de un 20 por ciento de la recaudación de ingresos en concepto de pensión. La anexión de Malabar se realizó en etapas, desde 1800 hasta 1807.
Es cierto que los británicos reprimieron a rebeldes como el rajá Pazhassi y sus seguidores junto con los rebeldes Mappila del sur de Malabar, pero eso fue posible solo porque los británicos pudieron llegar a un entendimiento con el resto de los rajás y nobles, lo que significó que rebeldes acérrimos como los mencionados anteriormente tuvieron que enfrentar solos la furia del poderío británico.
Los rebeldes fueron ahorcados, encarcelados o indultados. Ravi Varma y sus sobrinos murieron bajo custodia británica en 1793. Unni Mootha Muppan, que se unió al ejército de Pazhassi Rajah, fue asesinado en 1802. El propio Pazhassi Rajah murió en la guerra, o quizás por suicidio, en 1805. Sobrinos de Pazhassi Rajah, Vira Varma y Ravi Varma fueron arrestados pero indultados. El príncipe de Calicut, Manavikraman, que albergaba a los sobrinos de Pazhassi Rajah, fue arrestado y se suicidó en la cárcel de Dindigul en 1806.
Debido a la política fiscal de los británicos, los miembros de la tribu Kurichia de Wayanad, que anteriormente habían luchado bajo el mando del rajá Pazhassi, se rebelaron, pero la rebelión fue reprimida en cuestión de meses. El líder de la rebelión esperaba renovar la guerra con los británicos y poner a Vira Varma, sobrino del rajá Pazhassi, como líder de la rebelión.
El primer ministro de Travancore, Iravi Tamby, conspiró con Vira Varma, sobrino del rajá Pazhassi, para iniciar una rebelión en Kerala con el fin de expulsar a los británicos. Pero la conspiración fue descubierta y sus líderes fueron fusilados o encarcelados. Vira Varma fue deportado a Madrás, pero fue indultado nuevamente en 1815.