La región del Caribe está formada principalmente por llanuras bajas que se extienden desde el extremo norte de los Andes colombianos hasta el mar Caribe y que se caracterizan por una variedad de ecosistemas que incluyen: bosques húmedos, bosques secos, sabanas, humedales y desierto. La Sierra Nevada de Santa Marta se eleva desde las llanuras hasta los picos nevados, separados de los Andes como un área aislada de alta biodiversidad y endemismo . Contiene una de las marismas más grandes de Colombia, la Ciénaga Grande de Santa Marta . El río principal es el Magdalena , que es totalmente navegable en la región y una ruta importante para el flujo de cargamentos hacia y desde el interior de Colombia.
La región del Caribe contiene seis subregiones que difieren en ciertos aspectos naturales.
La península de La Guajira es el punto más septentrional de Sudamérica y mayoritariamente desértica debido a la sombra pluvial de la alta Sierra Nevada de Santa Marta y solo es atravesada por el río Ranchería sin otros cursos de agua importantes en la zona; por lo tanto, el agua es escasa. Una pequeña cadena montañosa, la Serranía de Macuira , se encuentra en la punta de la península y contiene un bosque nuboso enano único completamente rodeado de desierto. Grandes estuarios cerca de Riohacha están protegidos como el SFF Los Flamencos , que tiene como objetivo proteger el hábitat del flamenco americano .
La cuenca del río Magdalena se extiende desde los Andes a través del valle del río Magdalena hasta las llanuras del Caribe, donde los principales afluentes se integran en la llanura de inundación. La enorme Ciénaga Grande de Santa Marta está situada entre el delta y la base de la Sierra Nevada de Santa Marta.
La sabana caribeña se extiende desde el delta hacia el oeste, en dirección al río Sinú . Aquí se encuentra una pequeña cadena montañosa llamada Montes de María , parte de la cual se encuentra protegida como Santuario de Los Colorados.
El río San Jorge nace en el extremo norte de los Andes Occidentales y fluye hacia el noreste para desembocar en el río Cauca . Grandes franjas del valle están cubiertas por ciénagas como la Ciénaga de Ayapel .
El río Sinú fluye por la ecorregión de bosques secos del Valle del Sinú .