La región del Caribe está compuesta principalmente por llanuras bajas que se extienden desde el extremo norte de los Andes colombianos hasta el Mar Caribe y que se caracterizan por una variedad de ecosistemas que incluyen: bosques húmedos, bosques secos, sabanas, humedales y desiertos. La Sierra Nevada de Santa Marta se eleva desde las llanuras hasta los picos nevados, separada de los Andes como una zona aislada de alta biodiversidad y endemismo . Contiene uno de los pantanos más grandes de Colombia, la Ciénaga Grande de Santa Marta . El río principal es el Magdalena , que es totalmente navegable en la región y una vía importante para el flujo de envíos hacia y desde el interior de Colombia.
La región del Caribe contiene 6 subregiones que se diferencian en ciertos aspectos naturales.
La Península de la Guajira es el punto más septentrional de América del Sur y mayoritariamente desértica debido a la sombra pluvial de la alta Sierra Nevada de Santa Marta y sólo es atravesada por el río Ranchería sin otros cursos de agua importantes en la zona; por eso el agua es escasa. Una pequeña cadena montañosa, la Serranía de Macuira , se encuentra en la punta de la península y contiene un bosque nuboso enano único completamente rodeado de desierto. Los grandes estuarios cerca de Riohacha están protegidos como SFF Los Flamencos, cuyo objetivo es proteger el hábitat del flamenco americano .
La cuenca del río Magdalena se extiende desde los Andes a través del valle del río Magdalena y hacia las llanuras del Caribe, donde los principales afluentes se integran a la llanura aluvial. La enorme Ciénaga Grande de Santa Marta está situada entre el delta y la base de la Sierra Nevada de Santa Marta.
La sabana caribeña se extiende desde el delta al oeste hacia el río Sinú . Aquí se encuentra una pequeña cadena montañosa llamada Montes de María y parte de ellos están protegidos como Santuario de Los Colorados.
El río San Jorge nace en el extremo norte de los Andes occidentales y fluye hacia el noreste para desembocar en el río Cauca . Grandes extensiones del valle están cubiertas por marismas como la Ciénaga de Ayapel .
El río Sinú discurre por la ecorregión de bosques secos del Valle del Sinú .