Rafael Segundo Sotomayor Gaete (16 de noviembre de 1848 – 16 de febrero de 1918) fue un político chileno y varias veces ministro.
Nació en Cauquenes , hijo de Rafael Sotomayor Baeza y de Pabla del Carmen Gaete Ruiz. Estudió en el Instituto Nacional y luego se graduó de abogado en la Universidad de Chile el 7 de enero de 1871. Durante la Guerra del Pacífico , acompañó a su padre, quien era Ministro de Guerra, como secretario personal y auditor, y tras su muerte, en 1880, asumió como CO de la Guardia de Aduana en Iquique y luego como Intendente de Tarapacá . El 4 de mayo de 1895 se casó con Inés Neuhaus Ugarteche, y juntos tuvieron 6 hijos.
Se afilió al Partido Radical y en 1898 el presidente Federico Errázuriz Echaurren lo designó primero ministro de Hacienda (1898-1899) y luego ministro del Interior (1899). El presidente Germán Riesco lo designó ministro del Interior (1903) y luego ministro de Relaciones Exteriores, Culto y Colonización (1903-1904). En 1906 Sotomayor fue elegido senador por Aconcagua (1906-1912).
El presidente Pedro Montt lo nombró Ministro de Hacienda (1906-1907) y luego Ministro del Interior (1907-1908). Como tal, se le considera responsable de dar la orden de disparar a matar al general Roberto Silva Renard que provocó la masacre de la Escuela Santa María en 1907, donde se estima que murieron entre 1.100 y 3.500 hombres, mujeres y niños. Su reputación nunca se recuperó.
Sotomayor murió de gripe española en los primeros momentos de la pandemia. Se encontraba a bordo del buque Infanta Isabel , frente a Pernambuco , a los 69 años, en viaje de regreso desde Europa, tras haber sido embajador de Chile en Francia.